Liderando

el diagnóstico

genético

¿Que es un Array CGH?

El array de CGH (Hibridación Genómica Comparada) es la

técnica genómica más novedosa y potente para el diagnóstico clínico

de enfermedades genéticas.

El array de CGH permite analizar, en un solo experimento, todo el

genoma de un individuo en busca de alteraciones debidas a la

ganancia o pérdida de material genético.

Además, esta detección es rápida y fiable, obteniéndose el análisis completo del genoma en

un plazo inferior a 20 días.

El ADN de la muestra se compara con ADN control (sin alteraciones). Ambas

plataforma KaryoNIM®Postnatal, a continuación se escanean y los datos adquiridos se analizan.

Hibridar y Escanear en KaryoNIM® Postnatal

Así funciona un Array de CGH

ADN Control(sin alteraciones)

ADN Paciente

Marcaje Fluorescente

Indicaciones:Los microarrays para alteraciones de número de copia están recomendados como test de primera elección en la evaluación de individuos con las siguientes alteraciones:

• Anomalías y malformaciones múltiples asociadas o no a un síndrome bien delimitado

• Retrasos intelectual y del desarrollo no sindrómicos

• Alteraciones del espectro autista

ACMG PRACTICE GUIDELINES. Array-based technology and recommedations for utilization in medical genetics practice for detecction of chromosomal abnormalities.Melanie Manning,MD,MS FACMG and Louanne Hudgins,MD,FACMG. For the Practice and Guidelines Committe

La prueba más fiable para el diagnóstico genético

Los Array CGH son la prueba de primera elección en el diagnóstico genético

“Los array CGH ofrecen un mayor rendimiento diagnóstico que el cariotipo (15-20% versus 2-3%, excluyendo el síndrome de Down y otras alteraciones cromosómicas bien conocidas) en individuos con retraso intelectual o del desarrollo, alteraciones del espectro autista y múltiples anomalías congénitas, debido a su alta sensibilidad para detectar deleciones o duplicaciones cromosómicas submicroscópicas”

“Las evidencias apoyan el uso de los arrays en lugar del cariotipo como test de diagnóstico genético de primera elección para pacientes con retraso mental y del desarrollo, alteraciones del espectro autista y síndromes polimalformativos”

Consensus Statement: Chromosomal Microarray is a first-tier clinical diagnostic test for individuals with developmental disabilities or congenital anomalies. D.T. Miller, et al., The American Journal of Human Genetics 86, 749-764, May 14, 2010.

Aunque las discapacidades del aprendizaje o intelectuales no son curables, un diagnóstico que permita conocer la enfermedad, el síndrome o la afección que provoca la discapacidad es fundamental para

la planificación apropiada de la gestión (clínica y social) de cada caso, además de hacer posible el consejo genético y cubrir las necesidades educativas presentes y futuras de los individuos.

Consenso para la Implementación de los Arrays (CGH y SNP-Arrays) en la genética clínica. Instituto Roche 2012.

Los Arrays CGH son pruebas coste-efectivas

Duplicación en un niño del gen MECP2 en Xq28 (chrX:153059079-153877929, 820 kb). Autismo sindrómico.

La revisión sistemática de la literatura económica sobre los arrays-CGH realizada ofrece pruebas sobre el coste-efectividad de esta técnica para el diagnóstico de las discapacidades del lenguaje y del aprendizaje. Esto es posible en la medida en que su mayor resolución y sensibilidad, avaladas por revisiones e incluso metaanálisis, permiten un mayor

número de diagnósticos, lo que contribuye a un ahorro de costes debido a la reducción de las pruebas diagnósticas que se suelen realizar cuando no se llega a un diagnóstico mediante la técnica del cariotipo convencional.

Conclusiones y recomendaciones

KaryoNIM® 60K

Es una plataforma de array CGH, desarrollada y diseñada por DNA Alliance. Detecta simultáneamente la presencia o ausencia de alteraciones genéticas y cromosómicas (amplificaciones o deleciones) responsables de 160 síndromes genéticos con una resolución mínima de aproximadamente 275 kilo bases (una resolución al menos 20 veces mayor que el cariotipo convencional). Está especialmente indicado en retraso mental y síndromes polimalformativos.

Descripción Técnica Número de sondas en las regiones sindrómicas seleccionadas: 7500 de sondas

Capacidad de detección media de las regiones sindrómicas: 165 kb Número de sondas en genes críticos: 655 sondas

Cobertura mínima de los genes críticos en las regiones sindrómicas: 5 sondas/gen Número de sondas en el resto del genoma: 48000 sondas

Capacidad de detección media en el resto del genoma: 275 kb.

Plataformas de Array CGH diseñadas para mejorar el diagnóstico genético

KaryoNIM® UPD 180kEsta plataforma de array CGH tiene un diseño que permite detectar, simultáneamente, la presencia o ausencia de alteraciones genéticas y cromosómicas, incluyendo las 500 regiones del genoma descritas y aceptadas por el consorcio ISCA . Además, este microarray incluye también la posibilidad de detectar regiones de pérdida de heterocigosidad debidas a disomía uniparental (UPD), con lo que está especialmente indicado para la detección de enfermedades genéticas ocasionadas por este tipo de mutación, no detectables por el método de array CGH.

Descripción Técnica Número de sondas para la detección de CNVs: 110700 sondas

Capacidad de detección media de CNVs en todo el genoma: 120 kb Número de sondas para la detección de regiones UPD: 59650 sondas

Capacidad de detección media regiones UPD: 10 Mb

KaryoNIM® Autismo 180K

Es una plataforma de array CGH desarrollada y diseñada por DNA Alliance, dirigida a la detección de alteraciones de

resolución mínima de 50 veces mayor la del cariotipo convencion al:1. Regiones críticas afectadas por microdeleciones o por microduplicaciones que se asocian con susceptibilidad a autismo (sindrómica o no sindrómica). En total cubre 45 síndromes relacionados con el autismo. 2. Regiones que incluyen genes individuales cuya duplicación o deleción está directamente asociada con susceptibilidad a autismo, esporádica o familiar. Algunos de estos genes que también están incluidos en regiones críticas, debido a su papel fundamental en la aparición de autismo, han sido especialmente considerados en este diseño. En total cubre 115 genes relacionados con el autismo.

Descripción Técnica Número de sondas en genes críticos de autismo: 15887 sondas

Capacidad de detección media en los genes críticos de autismo: 15 kb Cobertura de los genes críticos en las regiones sindrómicas: 1 sonda cada 3 kb

Número de sondas en el genoma: 150000 sondas Capacidad de detección media en el genoma: 80 kb

KaryoNIM® 400KEs una plataforma de array CGH de muy alta densidad, desarrollada y diseñada por DNA Alliance. Con una resolución mínima de aproximadamente 25 kilobases (al menos 200 veces mayor que el cariotipo convencional), detecta simultáneamente la presencia o ausencia de alteraciones genéticas y cromosómicas (amplificaciones o deleciones) responsables de síndromes genéticos. Este array está especialmente indicado para estudios que requieran una alta resolución en el análisis completo del genoma, pudiendo detectar simultáneamente deleciones que afecten a fragmentos de un único gen (por ejemplo, en enfermedades neurológicas).

Descripción Técnica Número de sondas en el genoma: 411000 sondas

Capacidad de detección media en todo el genoma: 25 kb

Síndromes incluidos en KaryoNIM® 60kSÍNDROMESíndrome de monosomía 1p36Síndrome de microdeleción 1p32-p31Síndrome de trombocitopenia-ausencia del radio (TAR)Síndrome de microdeleción 1q21.1, región de 1.35MbSíndrome de duplicación 1q21.1Síndrome de microdeleción 1q41-q42Síndrome de microdeleción 1q43-q44Síndrome de FeingoldSíndrome de hipotonía-cistinuriaHoloprosencefalia 2Síndrome de microdeleción 2p16.1-p15Síndrome de microdeleción 2p11-p11.2Displasia mesomélica, tipo SavariayanSíndrome de Joubert 4Nefronoftosis 1Síndrome de Mowat-WilsonSinpolidactiliaMalformación split/hand foot 5Síndrome de microdeleción 2q31Síndrome de microdeleción 2q32-q33Síndrome de Waardenburg 1Holoprosencefalia 6Síndrome de braquidactilia-retraso mentalSíndrome CBlefarofimosis, ptosis y epicantus inversoSíndrome de Dandy-WalkerMicroftalmia sindrómica 3Malformación split/hand foot 4Síndrome de microdeleción 3q29Síndrome de duplicación 3q29Síndrome de Wolf-HirschhornSíndrome de microdeleción 4q31Síndrome de Axenfeld RiegerSíndrome de cri-du-chat (incluye región distal)Heterotopia periventricular asociada a anomalías de 5pSíndrome de Cornelia de LangeSíndrome de duplicación 5p13Heterotopia periventricular asociada a deleción 5qSíndrome de microdeleción 5q14.3Leucodistrofia autosómica dominante de aparición en adultosForamina parietal 1Síndrome de SotosSíndrome de microcedeleción 6pter-p24Displasia cleidocranealSíndrome de microdeleción 6q11-q14Síndrome similar a síndrome de Prader-Willi en el cromosoma 6Síndrome de microdeleción 6q24-q25Síndrome de Saethre-ChotzenSíndrome de cefalopolisindactilia de CreigSíndrome de Williams-BeurenSíndrome de duplicación de Williams-BeurenSíndrome de Williams-Beuren asociado a espamos infantilesMalformación split-hand/foot con sordera sensoneuralMalformación split-hand/foot 1Holoprosencefalia 3Hernia diafragmática 2Fémur bífido unilateral con ectrodactilia monodactiliaSíndrome CHARGESíndrome de microdeleción 8q12.1-q21.2Síndrome de mesomelia-sinostosisSíndrome otofaciocervicalSindrome facial similar a máscara de NablusSíndrome de Langer GiedionSíndrome Triconofaríngeo ISíndrome del cromosoma 8 recombinanteDeleción 9p24.3 asociada a disgenesia gonadal 46,XY, parcial o completaSíndrome de microdeleción 9pHoloprosencefelia 7Síndrome de uña-rótulaSíndrome de KleefstraHipoparatiroidismo, sordera sensorineural y enfermedad renalSíndrome de Digeorge 2 (incluye región del gen Nebulette)Síndrome de microdeleción 10q23Malformación split-hand/foot 3Síndrome de microdeleción 10q26Síndrome de Beckwith-WiedemannSíndrome de microdeleción homocigota 11p15-p14Síndrome de mirodeleción 11p13-12Síndrome WAGR

SÍNDROMESíndrome de Potocki-ShafferDisplasia otodentalSídrome de JacobsenSíndrome de Pallister-KillianSíndrome de NoonanSíndrome ulnar-mamarioSíndrome de PatauHoloprosencefalia 5Síndrome de microdeleción 14q11-q22Microfalmia sindrómica 6Síndrome de Prader-WilliSíndrome de AngelmanSíndrome de duplicación 15q11-q13Síndrome de microdeleción 15q13.3Sordera sensorineural e infertilidad masculina ligada al 15q15.3Síndrome de duplicación 15q24Síndrome de microdeleción 15q24Hernia diafragmática congénitaSíndrome de microdeleción 15q26-qterSíndrome de duplicación 16p13.3Síndrome de microdeleción 16p13.3Síndrome de alfa talasemia y retraso mental ligado al cromosoma 16Enfermedad renal poliquística infantil severa con esclerosis tuberosaSíndrome de Rubinstein-TaybiSíndrome de microdeleción 16p12.2-p11.2Síndrome de microdeleción 16p12.1Síndrome de microdeleción 16p11.2, región de 220kbSíndrome de microdeleción 16p11.2, región de 593kbSíndroe de duplicación 16p11.2Síndrome de lisencefalia de Miller-DiekerSíndrome de duplicación 17p13.3CistinosisEnfermedad de Carchot-Marie-Tooth, desmielinizante, tipo 1ANeuropatía hereditaria con sensibilidad a estímulos de presiónSíndrome de Smith-MagenisSíndrome de Potocki-LupskiSíndrome de microdeleción 17q11.2Quistes renales y diabetesSíndrome de microdeleción 17q21.31Sïndrome de duplicación 17q21.31Síndrome de duplicación 17q23.1-q23.2Síndrome de microdeleción 17q23.1-q23.2Displasia campomélicaSíndrome de deleción 18pSíndrome de EdwardsHoloprosencefelia 4Síndrome de Pitt-HopkinsSíndrome de deleción 18qAtresia aural congénitaInversión pericéntrica del cromosoma 18Síndrome de microdeleción 19p13.13Síndrome de duplicación 19p13.13Síndrome de microdeleción 19q13.1Síndrome de Alagille 1Síndrome de DownHoloprosencefalia 1Síndrome del ojo de gato (Cat-Eye)Síndrome de duplicación 22q11.2Síndrome de DigeorgeVelocardiofacialOpitz-GBBBSíndrome de microdeleción 22q11.2 distalSíndrome de microdeleción 22q13.3Enanismo idiopático ligado al X (SHOX)Sindrome de TurnerSíndrome del triple XSíndrome de KlinefelterSíndrome de deleción de genes contiguos de ictiosis complicada ligada al XSíndrome de microdeleción Xp21Distrofia muscular de Duchenne (deleción del gen DMD)Síndrome de microdeleción Xp11.3Síndrome de duplicación Xp11.23-p11.22Retraso mental sindrómico ligado al X tipo TurnerRetraso mental ligado al X con panhipopituitarismoSíndrome de microdeleción Xq28Síndrome de duplicación MECP2Síndrome de duplicación Xq28Cambio de sexo 46,XY 1Síndrome del XYY

OMIM607872613735274000612474612475612530612337164280606407157170612513613564605274609583256100235730186000606708612345612313193500605934600430211750110100220200206900605289609425611936194190613509180500123450608098122470613174612881613443169500168500117550612582119600613544176270612863101400175700194050609757606382220600183600142945222400228250214800600257600383166780608156150230190350179613154230158170610828161200610253146255601362612242600095609625130650606528612469194072

OMIM601224166750147791601803163950181450

-609637613457607932176270105830608636612001611102613406613406142340612626613458610543141750600273180849613604136570613444611913611913247200613215219800118220162500182290610883613675137920610443613533613618613355114290146390

-142946610954601808607842609334613638613638613026118450190685236100115470608363188400192430145410611867606232312865

---

308100300679310200300578300801300706300123300475300260300815400044

--

Síndromes detectables en KaryoNIM® Autismo 180K

Genes detectables en KaryoNIM® Autismo 180K

SÍNDROME Susceptibilidad a esquizofrenia 13Síndrome de microdeleción 1q21.1Síndrome de duplicación 1q21.1Susceptbilidad a autismo 11Síndrome de microdeleción 2p16.1-p15Retraso mental autosómico dominante 1Susceptbilidad a autismo 5Síndrome de retraso mental y braquidactiliaSíndrome de microdeleción 3pter-p25Síndrome de microdeleción 3q29Retraso mental con desórdenes del lenguaje y fenotipo autistaSíndrome de triplicación 4q32.1-q32.2Síndrome de duplicación de Williams-BeurenSíndrome de Williams-BeurenSíndrome CHARGESíndrome Bannayan-Riley-RuvalcabaAniridiaSíndrome de Rett, variante congénitaSíndrome de duplicación 15q11-q13Síndrome de microdeleción 15q13.3Síndrome de microdeleción 15q25Síndrome de microdeleción 16p13.3Síndrome de duplicación 16p13.3Síndrome de microdeleción 16p12.2-p11.2Síndrome de microdeleción 16p12.1Síndrome de microdeleción 16p11.2 de 220kbSíndrome de microdeleción 16p11.2 de 593kbSíndrome de duplicación 17p13.3Síndrome de Potocki-LupskiSíndrome de microdeleción 17q12Síndrome de duplicación 17q21.31Síndrome de duplicación 22q11.2Síndrome de Waardenburg tipo 2ESíndrome de microdeleción 22q13.3Síndrome velocardiofacialSíndrome de Nance-HoranSíndrome de microdeleción Xp22Retraso mental ligado al X 21Retraso mental ligado al X, tipo SideriusSíndrome de retraso mental ligado al X de LubbsModificador de defectos neurofuncionales ligado al XSusceptibilidad a autismo ligada al X 2Susceptibilidad a autismo ligada al X 1Susceptibilidad a autismo ligada al X 3Susceptibilidad a autismo 3

Recogida de MuestrasLas muestras serán recogidas por DNA Alliance, previo aviso, en los centros de obtención. Las muestras deberán ser conservadas a 4ºC hasta su recogida (salvo muestras congeladas, que deberán estar mantenidas mínimo a -20ºC).

Condiciones de las MuestrasSangre periférica: 5ml en Tubo de heparina o EDTA (tapón verde, marrón o morado).

Torundas de saliva:Cepillado bucal según instrucciones. Se recomienda envío de dostorundas por paciente (importante, asegurar el envío en un máximo de 48h desde su obtención).

Muestras de sacrificio citogenético: Se recomienda enviar a 4ºC el botón celular visible para poder realizar la técnica.

Células congeladas en seco (“pellet seco”):Conservación a -20ºC y envío en hielo seco.

Biopsia de tejido: Fragmento de 2 milímetros cúbicos de material recogido en un tubo estéril (tipo Falcon) con 10-15 ml de medio estéril (tipo PBS).

OMIM613025612474612475610836612513156200606053600430613792609425613670613603609757194050214800153480106210613454608636612001614294610543613458613604136570613444611913613215610883614527613533608363611584606232192430302350300380300143300263300260309840300495300425300496608049

GENAFF2

AGMOANKRD11

APCAR

ASMTASTN2

ATP10ABAIAP2BTAF1

BZRAP1C3orf58

CA6CADPS2CAMTA1

CASC4CCDC64

CDH10CDH8CDH9

CDKL5CHD7

CHRNA7CNTN4

CNTNAP2CNTNAP5

CREBBPCTNNA3

DCXDISC1

DLGAP2DMD

DPP10DPP6DPYDEIF4E

FBXO40FGFBP3

FHITFOXG1FOXP1FOXP2

GABRA4GALNT13

GLRA2GNB1L

GPX1GRIP1GRM5GRM8GRPR

HDAC4HOXB1HTR3A

ICA1IL1RAPL1

IMMP2LKCNMA1

OMIM300806613738611192611731313700300015612856605855605475605191610764612200114780609978611501NO OMIMNO OMIM604555603008609974300203608892118511607280604569610519600140607667300121605210605438300377608209126141612779133440609107NO OMIM601153164874605515605317137141608369305990610778138320604597604102601116305670605314142968182139147625300206605977600150

GENKHDRBS2KIAA0442

MAP2MBD3MBD5

MCPH1MDGA2MECP2MEF2C

NBEANDNL2

NFIANIPBL

NLGN1NLGN3NLGN4

NLGN4YNRXN1NRXN2NRXN3

NSD1NXPH1OPHN1

OXTRPARK2

PAX6PCDH10

PCDH9PLN

PRKCB1PTCHD1

PTENPTPN11

PTPRDRAI1

RB1CC1RBFOX1

RELNRFWD2RIMS3SCN2A

SEMA5ASEZ6L2

SHANK2SHANK3SLC1A1

SLC4A10STK39

SYN1SYNGAP1

TBL1XTBX1

TMLHETNIP2TSC2

UBE3AUBL7

GENKHDRBS2KIAA0442

MAP2MBD3MBD5

MCPH1MDGA2MECP2MEF2C

NBEANDNL2

NFIANIPBL

NLGN1NLGN3NLGN4

NLGN4YNRXN1NRXN2NRXN3

NSD1NXPH1OPHN1

OXTRPARK2

PAX6PCDH10

PCDH9PLN

PRKCB1PTCHD1

PTENPTPN11

PTPRDRAI1

RB1CC1RBFOX1

RELNRFWD2RIMS3SCN2A

SEMA5ASEZ6L2

SHANK2SHANK3SLC1A1

SLC4A10STK39

SYN1SYNGAP1

TBL1XTBX1

TMLHETNIP2TSC2

UBE3AUBL7

OMIM610487607270157130603573611472607117611128300005600662604889608243600727608667600568300336300427400028600565600566600567606681604639300127167055602544607108608286603581172405176970300828601728176876601598607642606837605104600514608067NO OMIM182390609297NO OMIM603290606230133550605556607648313440603384300196602054300777610669191092601623609748

Síndromes detectables en KaryoNIM® UPD 180kproducidos por disomía uniparental (UPD)

OMIM176270105830130650180860601410608149

SÍNDROMESíndrome de Prader WilliSíndrome de AngelmanSíndrome de Beckwith-WiedemmanSíndrome de Silver-RussellDiabetes mellitus neonatal Disomía uniparental del cromosoma 14

Regiones ISCA: la información de los genes y regiones incluidos en el consorcio ISCA se encuentran disponibles en la siguiente página web: www. Iscaconsortium.org

1Test de primera elección en diagnóstico postnatal

2 Prueba coste efectiva

3 Resultados en 20 días

4Plataformas de array CGH diseñadas para mejorar el diagnóstico genético

5 Informe redactado para utilización clínica que incluye una respuesta clara

de presencia o ausencia de la alteración genómica analizada para cada uno de los síndromes incluidos en el array

El equipo de DNA Alliance está comprometido a dar el soporte científico-técnico necesario para ofrecer un

diagnóstico genético rápido, seguro y preciso.

Madrid.

Valencia.

info@dnaalliance.com