Universidad de San Carlos de Guatemala Dirección General de Investigación

INFORME FINAL 2010

Programa Universitario de Investigación en alimentos y nutrición

Determinación del agente causal de la enfermedad conocida como Moradillo en los cultivos de tomate y papa en Guatemala, por medio de técnicas moleculares

Coordinador, Ing. Agr. Julio Ernesto Berdúo Sandoval, Investigador, Ing. Agr. Luis Gabriel Méndez

10 de enero de 2011

Instituciones participantes y co-financiantes

Dirección General de Investigación, Facultad de Agronomía, Instituto de

Investigaciones Agronómicas IIA, Universidad de San Carlos de Guatemala

 

 

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INDICE GENERAL

1 RESUMEN ................................................................................................................................... 1

2 INTRODUCCIÓN ......................................................................................................................... 3

3 ANTECEDENTES ....................................................................................................................... 4

3.1 PUNTA MORADA DE LA PAPA ............................................................................................................. 4 3.2 ENFERMEDAD DE LA PAPA Y TOMATE DENOMINADA ZEBRA CHIP ..................................................... 5

4 JUSTIFICACIÓN ......................................................................................................................... 6

5 OBJETIVOS ................................................................................................................................ 8

5.1 GENERAL ........................................................................................................................................... 8 5.1.1 Específicos .................................................................................................................................... 8

6 METODOLOGÍA ......................................................................................................................... 8

6.1 COLECTA DE MATERIAL VEGETAL ..................................................................................................... 8 6.2 DETERMINACIÓN SI LA ENFERMEDAD DENOMINADA MORADILLO ES CAUSADA POR UN AGENTE

BIÓTICO. .......................................................................................................................................................... 9 6.3 DETERMINACIÓN DE LA PRESENCIA DE FITOPLASMAS POR MEDIO DE LA TÉCNICA DEL PCR Y PCR

ANIDADO (NESTED PCR), EN PLANTAS CON SÍNTOMAS DE LA ENFERMEDAD CONOCIDA COMO MORADILLO EN

LOS CULTIVOS DE TOMATE Y PAPA EN GUATEMALA Y SECUENCIACIÓN DE MUESTRAS QUE RESULTEN

POSITIVAS. .................................................................................................................................................... 10 6.4 DETERMINACIÓN DE LA PRESENCIA DEL FITOPLASMA BLTVA CAUSANTE DE LA ENFERMEDAD

PUNTA MORADA DE LA PAPA ......................................................................................................................... 11 6.5 DETERMINACIÓN DE LA PRESENCIA DE LA BACTERIA CANDIDATUS LIBERIBACTER SOLANACEARUM POR

MEDIO DE LA TÉCNICA DEL PCR, EN PLANTAS CON SÍNTOMAS DE LA ENFERMEDAD CONOCIDA COMO

MORADILLO EN LOS CULTIVOS DE TOMATE Y PAPA EN GUATEMALA Y SECUENCIACIÓN DE LAS MUESTRAS

QUE RESULTEN POSITIVAS. ............................................................................................................................ 11 6.6 SECUENCIACIÓN DE MUESTRAS CON RESULTADO POSITIVO PARA C. LIBERIBACTER SOLANACEARUM

Y FITOPLASMAS ............................................................................................................................................. 11 6.6.1 Primer paso ................................................................................................................................ 11 6.6.2 Segundo paso .............................................................................................................................. 12 6.6.3 Tercer paso ................................................................................................................................. 12 6.6.4 Cuarto paso ................................................................................................................................ 12 6.6.5 Quinto paso: ............................................................................................................................... 12 6.6.6 Sexto paso:.................................................................................................................................. 12

7 RESULTADOS .......................................................................................................................... 12

7.1 SECUENCIAS OBTENIDAS DE MUESTRAS CON RESULTADO POSITIVO PARA CANDIDATUS

LIBERIBACTER SOLANACEARUM Y FITOPLASMAS .......................................................................................... 20 7.1.1 Secuencia Candidatus liberibacter solanacearum ..................................................................... 21 7.1.2 Secuencias Candidatus liberibacter solanacearum .................................................................... 21 7.1.3 Secuencias Fitoplasmas .............................................................................................................. 32

8 DISCUSIÓNES .......................................................................................................................... 48

9 CONCLUSIONES...................................................................................................................... 49

10 RECOMENDACIONES ......................................................................................................... 50

 

 

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11 BIBLIOGRAFÍA ..................................................................................................................... 50

INDICE DE ILUSTRACIONES

FIGURAS Figura 1 Planta de tomate con síntomas característicos de la enfermedad ......................... 9

Figura 2 Planta de papa con síntomas característicos de la enfermedad ............................ 9

Figura 3 Electroforesis de muestras de tomate utilizando los cebadores de PCR P1/Tint 13

Figura 4 Electroforesis de muestras de papa y tomate provenientes Jalapa y San Juan Chamelco utilizando los cebadores de PCR P1/Tint. .................................................. 14

Figura 5 Electroforesis de muestras de papa y tomate provenientes de Antigua Guatemala, Zunil, Bárcenas, Amatitlán, Sanarate, Patzizia, Jalapa, Balanyá, Salamá, Purulhá y San Juan Chamelco, (parte1), utilizando los cebadores de PCR fu5/BLTVA para detectar la presencia del fitoplasma BLTVA. ....................................................... 14

Figura 6 Electroforesis de muestras de papa y tomate provenientes de Antigua Guatemala (ANT, D, PT), Zunil (Z), Bárcenas (B), Amatitlán (AM), Sanarate (S), Patzicia (PG), Jalapa (JAL), Balanyá (BY), Salamá (SAL), Purulhá (PUR) y San Juan Chamelco (CHAM), (parte2), utilizando los cebadores de PCR fu5/BLTVA para detectar la presencia del fitoplasma BLTVA. .................................................................................. 16

Figura 7 Electroforesis de muestras de tomate utilizando los cebadores de PCR Cli.poF/O12c. ................................................................................................................ 17

Figura 8 Electroforesis de muestras amplificadas a secuenciadas .................................... 20

TABLAS

Tabla 1 Resultados de electroforesis de muestras de tomate utilizando lo cebadores de

PCR P1/Tint. ................................................................................................................. 13

Tabla 2 Resultados de electroforesis de muestras de tomate y papa (parte 1) utilizando los cebadores de PCR fu5/BLTVA. .................................................................................... 15

Tabla 3 Resultados de electroforesis de muestras de tomate y papa (parte 2) utilizando lo cebadores de PCR fu5/BLTVA. .................................................................................... 16

Tabla 4 Resultados de electroforesis de muestras de tomate utilizando los cebadores de PCR Cli.poF/O12c. ........................................................................................................ 17

Tabla 5 Total de plantas de tomate y papa analizadas y resultados obtenidos. .................. 18

 

 

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1 RESUMEN  

En Guatemala el cultivo de papa y tomate es de mucha importancia para pequeños agricultores ya que constituye una importante fuente de ingreso. En la actualidad se ha observado la aparición de una nueva enfermedad que hasta hace poco se desconocía su agente causal, pero por los síntomas que presenta y que son muy similares a otras dos enfermedades de reciente aparición, por lo que se pensó que se podría tratar de alguna de ellas, las cuales son: la primera denominada punta morada de la papa y que es causada por un fitoplasma denominado BLTVA y la otra la denominada Zebra Chip la cual al parecer es provocada por la bacteria fastidiosa vascular denominada Candidatus liberibacter solanacearum (encontrada recientemente en Nueva Zelanda y Estados Unidos en Solanáceas, asociada con esta enfermedad), ambas enfermedades han sido identificadas recientemente en algunos países (pero aún desconocidas en Guatemala) y que cuyos síntomas son muy similares entre ambas.

Los fitoplasmas son organismos procariotes unicelulares que carecen de pared celular y debido a esto no se han podido aislar In Vitro. Anteriormente se conocían como organismos semejantes a micoplasmas (Agrios 2005, Fletcher y Wayadande 2002). En 1967, microorganismos que carecían de pared celular fueron observados con el microscopio electrónico en el floema de plantas infectadas con uno de varios tipos de enfermedades que causaban amarillamiento y en insectos vectores de esas enfermedades. Más de 200 distintas enfermedades de plantas que afectan numerosos tipos de plantas se ha determinado que son causadas por fitoplasmas (Agrios 2005).

Durante mucho tiempo se creyó que los agentes causales de estas enfermedades eran virus ya que la sintomatología era similar a la causada por virus fitopatógenos, ningún microorganismo podía ser aislado de manera consistente, estos agentes causales eran capaces de pasar a través de filtros que retenían bacterias y no se podía reconocer a ningún microorganismo en observaciones con el microscopio compuesto o de luz. Finalmente, al igual que en el caso de algunas virosis, estos agentes causales eran transmitidos mediante injerto y/o insectos vectores. (Fletcher y Wayadande 2002)

Los fitoplasmas se encuentran casi siempre en la savia de unos cuantos de los tubos cribosos del floema. La mayoría de ellos son transmitidos de una planta a otra por chicharritas (Cerculifer tenellus), pero algunos son transmitidos por psílidos (Bactericera cockerelli). Los fitoplasmas se desarrollan también en el tracto digestivo, hemolinfa, glándulas salivales e intracelularmente en varios de los órganos corporales de sus insectos vectores transmitiendo la enfermedad al alimentarse de plantas sanas (Agrios 2006)

Aunque la caracterización de estos organismos se ha visto limitada por la imposibilidad de cultivarlos In Vitro, la aplicación de tecnología molecular reciente ha dado como resultado una expansión rápida de nuestro conocimiento acerca de los fitoplasmas. (Fletcher y Wayadande 2002)

 

 

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Un subgrupo de enfermedades en plantas caracterizadas por síntomas tipo “amarillamientos” (clorosis foliar, enanismo, falta de vigor y muerte) y además necrosis del floema, visible como un anillo oscuro en secciones de tallos recién cortadas, son causadas por bacterias con pared celular. Estas enfermedades han presentado una serie de retos en su diagnóstico y manejo. La incapacidad, de manera consistente, de cultivar a estos microbios patógenos a partir de plantas afectadas ha llevado erróneamente a indicar a estos agentes causales como virus primero y posteriormente, una vez que los molicutes fueron caracterizados, como fitoplasmas. Aunque la mayoría de estos agentes causales aún presentan dificultades para su cultivo en medios artificiales, nuestro conocimiento de su naturaleza y diversidad ha aumentado considerablemente debido a los métodos recientes de caracterización molecular. (Fletcher y Wayadande 2002)

Las bacterias fastidiosas vasculares que causan enfermedades en plantas no pueden crecer en medios de cultivo simples en ausencia de células de sus hospedantes. Este grupo de bacterias apenas se están comenzando a identificar, nombrar y clasificar. (Agrios 2005).

En el periodo de febrero a noviembre del año 2010 a través del proyecto DIGI 7.85 se logró determinar el agente causal de la enfermedad denominada moradillo la cual se observó en plantaciones de papa y tomate en Guatemala. Esto se logró con la ayuda de métodos tradicionales y métodos moleculares como lo es la técnica del PCR, el PCR anidado y la secuenciación de ADN de determinados genes del agente causal. Se determinó la presencia de fitoplasmas en las muestras analizadas y de las que resultaron positivas se secuenció el ADN obtenido para determinar el agente causal. Luego de la prueba para determinar la presencia de fitoplasmas se realizaró pruebas con cebadores específicos para determinar la presencia del fitoplasma BLTVA. Además se realizaron pruebas para determinar la presencia de la bacteria Candidatus liberibacter (posible agente causal de la enfermedad denominada Zebra Chip) y de algunas muestras con resultado positivo se secuenció el ADN de la región comprendida por el gen 16S, la región intergénica y el gen 23S, esto con el objetivo de determinar si es la misma que se encontró en Nueva Zelanda y Estados Unidos. Los resultados finales obtenidos son: la determinación de la presencia de fitoplasmas en las muestras con los síntomas de la enfermedad denominada moradillo y secuenciación de ADN de las muestras que resulten positivas; de las muestra positivas para fitoplasmas se determinaró la existencia del fitoplasma BLTVA; y se determinanó la presencia de la bacteria Candidatus liberibacter solanacearum asociada con la enfermedad denominada comúnmente moradillo. Conocer el agente causal de una enfermedad muy importante para la implementación de un programa de manejo integrado de la enfermedad.

Esta investigación se desarrolló en el laboratorio de Biotecnología de la Facultad de Agronomía de la Universidad de San Carlos de Guatemala, en el cual se cuenta con equipo como termociclador, baño de maría, centrifugas, micropipetas y otro equipo necesario para el desarrollo satisfactorio de la investigación. El trabajo de secuenciación del ADN se realizó en el laboratorio de

 

 

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la Dra. Amy Charkovski, de la Universidad de Wisconsin, Madison, Estados Unidos. El material vegetal de papa y tomate con síntomas de la enfermedad denominada moradillo se colectó en diferentes regiones productoras de papa y tomate en Guatemala, entre las cuales están: Antigua Guatemala, Bárcenas, Amatitlán, Sanarate, Jalapa, Salamá, San Jerónimo, Purulhá, Quetzaltenango (Concepción, La esperanza, San Martín, Salcajá), Balanyá, Patzicía.

Palabras clave: Bacterias fastidiosas vasculares, fitoplasmas, PCR, PCR anidado (Nested PCR), cebadores, tomate, papa.

2 INTRODUCCIÓN  

En Guatemala el cultivo de papa y tomate es de mucha importancia para pequeños agricultores ya que constituye una importante fuente de ingreso. En la actualidad se ha observado la aparición de una nueva enfermedad que hasta hace poco se desconocía su agente causal, pero por los síntomas que presenta y que son muy similares a otras dos enfermedades de reciente aparición, por lo que se pensó que se podría tratar de alguna de ellas, las cuales son: la primera denominada punta morada de la papa y que es causada por un fitoplasma denominado BLTVA y la otra la denominada Zebra Chip la cual al parecer es provocada por la bacteria fastidiosa vascular denominada Candidatus liberibacter solanacearum (encontrada recientemente en Nueva Zelanda y Estados Unidos en Solanáceas, asociada con esta enfermedad), ambas enfermedades han sido identificadas recientemente en algunos países (pero aún desconocidas en Guatemala) y que cuyos síntomas son muy similares entre ambas.

En el periodo de febrero a noviembre del año 2010 a través del proyecto DIGI 7.85 se logró determinar el agente causal de la enfermedad denominada moradillo la cual se observó en plantaciones de papa y tomate en Guatemala. Esto se logró con la ayuda de métodos tradicionales y métodos moleculares como lo es la técnica del PCR, el PCR anidado y la secuenciación de ADN de determinados genes del agente causal. Se determinó la presencia de fitoplasmas en las muestras analizadas y de las que resultaron positivas se secuenció el ADN obtenido para determinar el agente causal. Luego de la prueba para determinar la presencia de fitoplasmas se realizaró pruebas con cebadores específicos para determinar la presencia del fitoplasma BLTVA. Además se realizaron pruebas para determinar la presencia de la bacteria Candidatus libribacter (posible agente causal de la enfermedad denominada Zebra Chip) y de algunas muestras con resultado positivo se secuenció el ADN de la región comprendida por el gen 16S, la región intergénica y el gen 23S, esto con el objetivo de determinar si es la misma que se encontró en Nueva Zelanda y Estados Unidos. Los resultados finales obtenidos son: la determinación de la presencia de fitoplasmas en las muestras con los síntomas de la enfermedad denominada moradillo y secuenciación de ADN de las muestras que resulten positivas; de las muestra positivas para fitoplasmas se determinaró la existencia del fitoplasma BLTVA; y se

 

 

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determinanó la presencia de la bacteria Candidatus liberibacter solanacearum asociada con la enfermedad denominada comúnmente moradillo. Conocer el agente causal de una enfermedad muy importante para la implementación de un programa de manejo integrado de la enfermedad.

Esta investigación se desarrolló en el laboratorio de Biotecnología de la Facultad de Agronomía de la Universidad de San Carlos de Guatemala, en el cual se cuenta con equipo como termociclador, baño de maría, centrifugas, micropipetas y otro equipo necesario para el desarrollo satisfactorio de la investigación. El trabajo de secuenciación del ADN se realizó en el laboratorio de la Dra. Amy Charkovski, de la Universidad de Wisconsin, Madison, Estados Unidos. El material vegetal de papa y tomate con síntomas de la enfermedad denominada moradillo se colectó en diferentes regiones productoras de papa y tomate en Guatemala, entre las cuales están: Antigua Guatemala, Bárcenas, Amatitlán, Sanarate, Jalapa, Salamá, San Jerónimo, Purulhá, Quetzaltenango (Concepción, La esperanza, San Martín, Salcajá), Balanyá, Patzicía.

3 ANTECEDENTES

3.1 Punta Morada de la papa

Recientemente el fitoplasma denominado como BLTVA (Beet Leafhopper-transmitted virescence agent), ha sido implicado como el agente causal de la enfermedad conocida como punta morada de la papa en la región Columbia Basin de Washington y oregon (Lee et al. 2004)

Los síntomas en plantas de papa y tomate afectadas son: enrollamiento de las puntas y los bordes de las hojas hacia el haz con una decoloración morada, una moderada proliferación de los brotes, entrenudos cortos, hinchamiento de los nudos, tuberización aérea, un decaimiento temprano de la planta (Munyaneza et al. 2007a).

Investigaciones previas han demostrado que el phytoplasma BLTVA infecta a varias plantas de importancia agrícola y entre ellas, varias de la familia solanaceae (Golino et al. 1989)

Protocolos para la detección del fitoplasma BLTVA agente causal de la enfermedad denominada punta morada de la papa en plantas de papa y tomate.

En primer lugar se debe realizar una extracción del ADN, utilizando un método general para la extracción de ADN de tejido vegetal.

Los métodos basados en la técnica del PCR para detectar el fitoplasma BLTVA en plantas que presentan los síntomas característicos de la enfermedad punta morada de la papa, han sido desarrollados por diferentes autores (Munyaneza et al. 2007b, Crosslin et al. 2006, Cobarrubias et al. 2006, El-banna et

 

 

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al. 2007) aunque varían un poco de uno a otro en cuanto a las concentraciones de los reactivos y las condiciones del PCR pero por lo general utilizaron los cebadores universales P1/P7 (los cuales amplifican un fragmento de 1.8 Kb que corresponde a un segmento del ribosoma 16S, la region espaciadora entre el ribosoma 16S y el 23S y una pequeña parte del ribosoma 23S) y los cebadores específicos fU5/BLTVAint (que amplifica un fragmento de aproximadamente 1.2 Kb (Crosslin et al. 2006)) la metodología es la siguiente:

La técnica utilizada por todos fue la denominada PCR anidado (Nested PCR), la cual consiste en realizar en primer lugar un PCR con los cebadores universales P1/P7 directamente con el ADN y luego se realiza el PCR anidado que consiste en otro PCR derivado del primero con los cebadores específicos fU5/BLTVAint (en este caso el cebador especifico para la enfermedad denominada punta morada de la papa, es el denominado BLTVAint, que funciona con phytoplasmas del grupo 16SrVI que es al que pertenece este phytoplasma (Crosslin et al. 2005, Lee et al. 1998, Smart et al. 1996)) o los cebadores R16F2n/R16R2 (Lee et al. 2004).

3.2 Enfermedad de la papa y tomate denominada Zebra Chip

Un nuevo defecto de la papa (Solanum tuberosum), denominado zebra chip

(ZC), ha sido recientemente documentado por ocurrir en plantaciones de producción comercial de papa en el suroeste de los Estados Unidos, México y Guatemala (Secor y Rivera-Varas 2004). Esta enfermedad fue observada por primera vez en el cultivo de papa en México en 1994 y luego fue observada en los Estados Unidos en el año 2000 en el cultivo de papa cerca de Pearsall y Lower Rio Grande Valley en Texas (Secor y Rivera-Varas 2004). Brotes desde 2004 hasta 2006 en México, Texas y otros estados en EE.UU. les han costado a los cultivadores y procesadores en ambos lados de la frontera millones de dólares en pérdidas. Esta enfermedad se caracteriza por que al freír las papas provenientes de tubérculos de papa enfermos se tornan de una coloración café y hace que las papalinas (Chips) sean comercialmente inaceptables (Munyaneza et al. 2008, Munyaneza et al. 2007c)

Varios estudios demuestran la relación entre la existencia de la enfermedad Zebra Chip y la presencia del psílido Bactericera cockerelli, el cual es conocido por ser un insecto vector de fitoplasmas y bacterias fastidiosas del floema, y en este caso lo asocian con la aparición de la enfermedad Zebra Chip. (Keinath 2007, Munyaneza et al. 2008, Munyaneza et al. 2007c, Morris et al. 2009)

Los síntomas de esta enfermedad en la papa y tomate son muy similares a los que presenta la enfermedad denominada punta morada de la papa provocada por el fitoplasma BLTVA. Los síntomas que presenta la enfermedad son: Clorosis, achaparramiento, entrenudos cortos e hinchados, decoloración morada en hojas y tallos superiores, proliferación de brotes axilares y tubérculos aéreos, se observa una coloración café en el sistema vascular en cortes de tallos, hojas corchosas y

 

 

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decaimiento de la planta, hojas pequeñas (Munyaneza et al. 2007b, Abad et al. 2009, Munyaneza et al. 2007c)

Estudios resientes realizados por (Abad et al. 2009), revelan la presencia de la bacteria fastidiosa limitada al floema Candidatus liberibacter en plantas de papa con los síntomas de Zebra Chip (ZC), y suponen que una nueva especie de este género puede estar involucrada en la enfermedad Zebra Chip, para llevar a cabo este estudio realizaron PCR con los cebadores OA2/OI2c con plantas que presentaban los síntomas y las secuencias obtenidas, las compararon con las secuencias de una nueva especie de Candidatus liberibacter identificada en Nueva Zelanda y que afecta a papa en ese país (Accesión en Gen Bank No. EU849020) y en tomate (Accesión en GenBank No. EU834130), encontrando un 99.7% de similitud entre las encontradas en este estudio y las encontradas en Nueva Zelanda. Este es el primer reporte de la detección de Candidatus Liberibacter en papas que presentan la enfermedad de ZC en los Estados Unidos.

Varios de los estudios han estado enfocados a determinar la presencia de fitoplasmas en plantas con los síntomas de Zebra Chip ya que estos son muy similares a los de la denominada punta morada de la papa que es provocada por el fitoplasma BLTVA, de los cuales en algunos casos han resultado positivos y en otros no han encontrado fitoplasmas asociados con la enfermedad. (Abad et al. 2009, Munyaneza et al. 2007b)

4 JUSTIFICACIÓN  

Últimamente en Guatemala se ha observado una enfermedad que está provocando mucho daño en los cultivos de papa y tomate, cuyos síntomas son una coloración morada de las hojas principalmente en las nervaduras, escasa polinización de las flores, enrollamiento de las hojas hacia el haz, malformación de frutos y disminución en la calidad y producción de los mismos, al hacer cortes del tallo se observa una coloración café en el sistema vascular, decaimiento y marchites de las plantas, muerte de las plantas. El agente causal de dicha enfermedad es muy poco conocido en Guatemala, pero se ha observado que está estrechamente relacionada con la aparición del insecto Bactericera cockerelli, que esta reportado por ser uno de los principales vectores de fitoplasmas y bacterias fastidiosas vasculares. En el caso particular de la papa y el tomate existe una enfermedad conocida en Estados Unidos y México así como en algunos otros países que es conocida como Punta morada de la papa y que es provocada por un fitoplasma. Según estudios previos la punta morada de la papa es provocada por el fitomplasma denominado BLTVA (Beet Leafhopper-transmitted virescence agent, clasificado como 16SrVI-A) (Lee et al. 2004).

Según Hamm et al. (2003) citado por (Lee et al. 2004), Una epidemia de la enfermedad de la punta morada de la papa (Solanum tuberosum) ocurrio en la Región Columbia Basin de Washington y Oregon en los años 2002 y 2003,

 

 

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causando gran pérdida económica en la industria de la Papa, al reducir la calidad de la misma. Los síntomas ocasionados por la punta morada de la papa son: Achaparramiento de la planta, abultamiento en los lugares de inserción de la hoja, formación de tubérculos aéreos (para el caso de la papa), proliferación de brotes axilares, clorosis y una decoloración de las hojas superiores, las cuales tienden a tornarse moradas en algunas variedades (Cobarrubias et al. 2006, Lee et al. 2004). Según Almeida et al. 1999; Maramorosch 1998; Cadena et al. 2003, citados por (Cobarrubias, et al 2006) se ha demostrado que los síntomas descritos anteriormente están asociados con la presencia de fitoplasmas.

También se ha reportado otra enfermedad que ha surgido recientemente denominada Zebra Chip la cual se observó por primera vez en México en 1994 y luego en Estados Unidos en el año 2000 (Secor y Rivera-Varas 2004), cuyo agente causal no está bien determinado pero que estudios recientes reportan haber encontrado la bacteria Candidatus liberibacter solanacearum que es una especie nueva recientemente encontrada en Nueva Zelanda que ataca a solanáceas como papa, tomate y Chile pimiento (Morris et al. 2009) y luego en los Estados Unidos encontraron esta misma bacteria asociada con esta enfermedad ( Abad et al. 2009). Varios autores concuerdan con que la enfermedad se presenta en los lugares en los que se encuentra el insecto Bactericera cockerelli (Keinath 2007, Munyaneza et al. 2008, Munyaneza et al. 2007c, Morris et al. 2009). Los síntomas de esta enfermedad son muy similares a los provocados por el fitoplasma que provoca la punta morada de al papa (Munyaneza et al. 2007b, Abad et al. 2009, Munyaneza et al. 2007c), por lo que en diversos estudios se han enfocado a buscar este fitoplasma, pero en algunos casos ha sido negativa la presencia del mismo (Munyaneza et al. 2007b), por lo que se han enfocado a buscar también bacterias fastidiosas que provocan enfermedades en el sistema vascular de las plantas, por lo que han encontrado la bacteria Candidatus liberibacter asociada a la enfermedad ( Abad et al. 2009)

Los síntomas que presenta la enfermedad denominada moradillo en Guatemala son muy similares a los de las dos enfermedades en mención, por lo que surgió la inquietud de determinar la presencia ya sea de fitoplasmas o de la bacteria Candidatus liberibacter en plantas de papa y tomate que presenten los síntomas de esta enfermedad y de la cual aún no está determinado su agente causal. Debido a la dificultad de cultivar In Vitro este tipo de microorganismos la mejor forma de detectarlos es por medio de métodos moleculares y ya existen trabajos realizados con estas técnicas aplicadas al estudio de los mismos.

 

 

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5 OBJETIVOS

5.1 General

Determinar el agente causal de la enfermedad conocida como Moradillo

en los cultivos de tomate y papa en Guatemala, por medio de técnicas moleculares.

5.1.1 Específicos

Determinar si la enfermedad denominada moradillo es causad por un

agente biótico. Determinar la presencia de Phytoplasmas por medio de la técnica del

PCR y PCR anidado (Nested PCR), en plantas con síntomas de la enfermedad conocida como moradillo en los cultivos de tomate y papa en Guatemala y secuenciación de ADN de muestras que resulten positivas.

De existir fitoplasmas se determinará la presencia del fitoplasma BLTVA causante de la enfermedad punta morada de la papa

Determinar la presencia de la bacteria Candidatus liberibacter solanacearum por medio de la técnica del PCR, en plantas con síntomas de la enfermedad conocida como moradillo en los cultivos de tomate y papa en Guatemala y secuenciación de ADN de muestras que resulten positivas.

6 METODOLOGÍA

6.1 Colecta de material vegetal

Esta actividad consistió en colectar material vegetal con la sintomatología de la enfermedad conocida como moradillo o punta morada, la cual se caracteriza por: en el caso del tomate, provoca un enrollamiento de hojas y un cambio de color en las nervaduras de las hojas del verde normal a un color morado, (ver figura 1) en el caso de la papa provoca un amarillamiento en brotes, presentando además una coloración morada en la punta de las hojas y cuando la enfermedad se encuentra en un estado avanzado la planta produce tubérculos aéreos. (Ver figura 2).

 

 

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Figura 1 Planta de tomate con síntomas característicos de la enfermedad

Figura 2 Planta de papa con síntomas característicos de la enfermedad

6.2 Determinación si la enfermedad denominada moradillo es causada por un agente biótico.

Se realizó la colecta del insecto conocido como paratrioza (Bactericera

cockerelli) en cultivos con sintomatología de la enfermedad conocida como Moradillo, luego se realizó la extracción de ADN, después de esto se realizó el análisis molecular utilizando la técnica de PCR y finalmente se determinó con el uso de primers específicos la presencia de Candidatus liberibacter solanacearum, las pruebas para fitoplasma dieron negativas.

 

 

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6.3 Determinación de la presencia de fitoplasmas por medio de la técnica del PCR y PCR anidado (Nested PCR), en plantas con síntomas de la enfermedad conocida como moradillo en los cultivos de tomate y papa en Guatemala y secuenciación de muestras que resulten positivas.

Para realizar la extracción de ADN se utilizó la metodología descrita por

Crosslin 3 2006, el cual utilizó de 200 a 500 ng de tejido vegetal de venas centrales de la hoja, pecíolos y pequeñas porciones de tallo de papa y tomate que presentan los síntomas de la enfermedad. El ADN total se extrajo triturando el tejido vegetal con 1.2 ml de buffer (100 mM, Tris-HCl, pH 8.0, 500 mM NaCl, 50 mM disodium ethylenediamine tetraacetic acid, 10 mM 2-mercaptoethanol), usando un micropistilo. 600 microlitros de la solución se colocaron en un tubo para centrifuga conteniendo 60 microlitros de dodecilsulfato de sodio al 10%, se mezcló, y se incubó a 65°C por 10 min. 200 microlitros de acetato de potasio 5M se agregaron, se mezcló con vortex y la solución se incubó por 10 minutos en hielo. Los restos de células fueron precipitados por centrifugación a 14,000Xg por 10 minutos, y 600 microlitros del sobrenadante clarificado se transferió a un tubo de 1.5 ml nuevo. Luego se adicionaron 300 microlitros de isopropanol, la solución se mezcló por inversión, y se colocó en hielo por 10 min y se centrifugó por 10 min. El precipitado de ADN se lavó con etanol al 70%, se secó al aire y se resuspendió en 300 microlitros de TE.

Se realizó un primer PCR con los cebadores universales P1/P7 y P1/Tint,

se utilizó de 5 a 50 ng de ADN en un total de 25 µl de reacción la cual contenía: buffer para PCR a 1X, MgCl2 a una concentración de 2mM, cada dNTP a 200µM, 0.6 µM de cada cebador, 2 unidades de Taq polimerasa y 1 µl de ADN. Las condiciones de incubación fueron las siguientes: 94°C por 3 minutos, luego 35 ciclos a 94°C por 30 seg., 55°C por 1 minuto, 72°C por 2 minutos y por ultimo una extensión final de 72°C por 10 minutos. Un segundo PCR denominado PCR anidado (Nested PCR) se realizó utilizando los cebadores universales para fitoplasmas fU5/BLTVAint, para lo cual se utilizó 1 ul del producto del primer PCR y las concentraciones de los reactivos y las condiciones de incubación fueron las mismas que las utilizadas en el primer PCR, lo único que cambió fue el tiempo de extensión en cada ciclo la cual fue de 1 minuto. El producto de los PCR se corrió en geles de agarosa al 1.5% en un buffer TBE al 0.5X y se visualizó en un transiluminador.

Se realizó la secuenciación de algunas muestras que resultaron positivas

(observado en geles de agarosa previamente), esta actividad se llevó a cabo en la Universidad de Wisconsin Madison, esto con el fin de determinar la posible asociación de otro fitoplasma (diferente al BLTVA) con la enfermedad. Esto se pudo comprobar comparando las secuencias obtenidas, con secuencias existentes en el banco de genes.

 

 

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6.4 Determinación de la presencia del fitoplasma BLTVA causante de la enfermedad punta morada de la papa

Para las muestras con resultado positivos para fitoplasmas, con el producto

del PCR realizado con los cebadores P1/P7, se realizó un segundo PCR con los cebadores fU5/BLTVAint (el cebador BLTVA es especifico para el fitoplasma conocido como BLTVA agente causal de la enfermedad conocida como punta morada de la papa).

6.5 Determinación de la presencia de la bacteria Candidatus liberibacter solanacearum por medio de la técnica del PCR, en plantas con síntomas de la enfermedad conocida como moradillo en los cultivos de tomate y papa en Guatemala y secuenciación de las muestras que resulten positivas.

Para determinar la presencia de la bacteria Candidatus liberibacter

solanacearum se realizó PCR con los cebadores Clipo.F/OI2c. Se utilizó el ADN extraído para la detección de fitoplasmas y las mismas condiciones de PCR utilizadas con estos.

Se realizó la secuenciación del ADN de muestras que resulten positivas

para la presencia de la bacteria Candidatus liberibacter solanacearum (de ser este el caso), se secuenciarán para ser comparadas en el banco de genes con otras secuencias de esta misma bacteria encontradas en otros cultivos como cítricos y solanáceas como papa y tomate (encontradas en Nueva Zelanda). Esta actividad de secuenciación también se realizó en la Universidad de Wisconsin, Madison.

6.6 Secuenciación de muestras con resultado positivo para C. liberibacter solanacearum y fitoplasmas

El proceso de secuenciación se realizó en seis pasos.

6.6.1 Primer paso

Se preparó la secuencia de interés de la reacción de secuencia. Esto consistió en la amplificación de la misma vía PCR. Una vez culminado el PCR la secuencia se limpió para eliminar los restos de primer y posibles inhibidores de la reacción de secuencia.

Se observó el producto de PCR antes de la limpieza y se corrió en un gel de agarosa al 1.3%, esto se realizó para asegurar de que la secuencia no presentó dobles bandas ni barridos.

 

 

12

6.6.2 Segundo paso

Se cuantificó el producto de PCR limpio. La reacción de secuencia es muy sensible a la concentración del ADN templado, grandes cantidades inhiben la reacción (los reactivos se consumen rápidamente, como resultado se obtienen secuencias truncadas) y las pequeñas cantidades generan intensidades de luz pequeñas que pueden ser confundidas con el ruido de fondo.

6.6.3 Tercer paso

Reacción de secuencia. Esta consistió en el copiado de la secuencia patrón, no es una amplificación de la secuencia como en el caso de la PCR, de allí que la concentración del ADN inicial sea tan restrictiva. La reacción de secuencia necesita de la hebra molde, uno solo de los primers (la inclusión de los dos primers genera dos secuencias superpuestas ilegibles), una enzima polimerasa de ADN, el cofactor de la enzima MgCl2, una solución tampón (buffer), los cuatro desoxinucleotidos (dNTPs) y los cuatro didesoxinucleotidos marcados (ddNTPs).

6.6.4 Cuarto paso

Precipitación de la reacción de secuencia. En este se eliminaron los reactivos sobrantes de la reacción y otras moléculas que puedan interferir en la lectura del secuenciador.

El método de precipitación de la secuencia se realizó utilizando perlas magnéticas para capturar el ADN.

6.6.5 Quinto paso:

Resuspensión de la secuencia marcada en formamida de alta pureza (Formamida Hi-Di).

6.6.6 Sexto paso:

Consistió en el montaje de la muestra en el equipo de secuenciación, se enviaron las muestras al CENTRO DE BIOTECNOLOGIA de la universidad de Wisconsin madison que es un laboratorio especializado en la obtención de las secuencias.

7 RESULTADOS Se realizaron colectas de tejido de tomate y papa con los síntomas característicos de la enfermedad, en zonas productoras de los cultivos en mención. En las muestras analizadas se determió la asociación de Phytoplasmas con la enfermedad conocida como Moradillo en los cultivos de papa y tomate. Se determinó la presencia de Phytoplasmas en muestras de tomate provenientes de: San Jerónimo, Salamá, Purulhá, Antigua Guatemala y Balanyá Chimaltenango, utilizando los cebadores de PCR, P1/Tint.

 

 

13

Figura 3 Electroforesis de muestras de tomate utilizando los cebadores de PCR P1/Tint

Referencia: San Jerónimo, Salamá (1,2,4,5,6,10,11,12,15,17,18), Purulhá (3), Control (32)

Tabla 1 Resultados de electroforesis de muestras de tomate utilizando lo cebadores de PCR P1/Tint.

No. ADN Resultado No. ADN Resultado 1 SL1 + 20 Pur4 -- 2 SL2 + 21 Pur6 -- 3 Pur10 + 22 Pur8 -- 4 SL4 + 23 Pur11 -- 5 SL5 + 24 Lic2 -- 6 SL6 + 25 Lic4 -- 7 SL7 -- 26 By1 -- 8 SL8 -- 27 By2 -- 9 SL9 -- 28 By3 -- 10 SL10 + 29 By4 -- 11 SL11 + 30 By5 -- 12 SL12 + 31 By6 -- 13 SL13 -- 32 Control Positivo + 14 SL14 -- 33 Control Negativo -- 15 Je1 + 34 16 Je2 -- 35 17 Je3 + 36 18 Je4 + 37 19 Je5 -- 38

20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 Mp

  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 Mp

 

 

14

Figura 4 Electroforesis de muestras de papa y tomate provenientes Jalapa y San Juan Chamelco utilizando los cebadores de PCR P1/Tint.

Referencia: Jalapa (1,2,3,5,6,8,9), Control + (10)

Figura 5 Electroforesis de muestras de papa y tomate provenientes de Antigua Guatemala, Zunil, Bárcenas, Amatitlán, Sanarate, Patzizia, Jalapa, Balanyá, Salamá, Purulhá y San Juan Chamelco, (parte1), utilizando los cebadores de PCR fu5/BLTVA para detectar la presencia del fitoplasma BLTVA.

1      2    3      4     5    6      7     8     9    10   11   Mp 

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20

21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40

 

 

15

Tabla 2 Resultados de electroforesis de muestras de tomate y papa (parte 1) utilizando los cebadores de PCR fu5/BLTVA.

No. ADN Resultado No. ADN Resultado 1 D1 - 21 PG3 - 2 D2 - 22 PG4 - 3 D3 - 23 PG5 + 4 Z1 - 24 JAL1 + 5 Z2 - 25 JAL2 + 6 B1 - 26 JAL3 + 7 B2 - 27 JAL4 + 8 B3 - 28 JAL5 + 9 B4 - 29 JAL6 + 10 PT1 - 30 BY1 + 11 PT2 - 31 PG2 + 12 AM1 - 32 BY2 + 13 AM2 - 33 BY3 + 14 AM3 - 34 BY4 + 15 S2 - 35 BY5 + 16 S3 - 36 BY6 + 17 S4 - 37 ANT1 + 18 S5 - 38 ANT2 + 19 PG1 - 39 CONTROL + 20 Mark 40 Mark

Referencia: Antigua Guatemala (ANT, D, PT), Zunil (Z), Bárcenas (B), Amatitlán (AM), Sanarate (S), Patzicia (PG), Jalapa (JAL), Balanyá (BY)

 

 

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Figura 6 Electroforesis de muestras de papa y tomate provenientes de Antigua Guatemala (ANT, D, PT), Zunil (Z), Bárcenas (B), Amatitlán (AM), Sanarate (S), Patzicia (PG), Jalapa (JAL), Balanyá (BY), Salamá (SAL), Purulhá (PUR) y San Juan Chamelco (CHAM), (parte2), utilizando los cebadores de PCR fu5/BLTVA para detectar la presencia del fitoplasma BLTVA.

Tabla 3 Resultados de electroforesis de muestras de tomate y papa (parte 2) utilizando lo cebadores de PCR fu5/BLTVA.

No. ADN Resultado No. ADN Resultado 1 ANT4 + 21 JE5 + 2 SL1 - 22 JE6 + 3 SL2 + 23 PUR1 + 4 SL4 - 24 PUR2 + 5 SL5 - 25 PUR3 + 6 SL6 - 26 PUR4 + 7 SL7 - 27 PUR5 + 8 SL8 - 28 PUR6 + 9 SL9 - 29 PUR7 + 10 SL10 - 30 PUR8 + 11 SL11 - 31 PUR9 + 12 SL12 - 32 PUR10 + 13 SL13 - 33 PUR11 + 14 SL14 - 34 CHAM1 - 15 JE1 - 35 CONTROL + 16 JE2 - 17 JE3 -

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20

21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35

 

 

17

18 JE4 - 19 CONTROL + 20 Mark

Referencia: Antigua Guatemala (ANT), Salamá (SL), Purulhá (PUR), San Jeronimo (JE) y San Juan Chamelco (CHAM)

Se determinó la asociación de Candidatus Liberibacter solanacerarum con la enfermedad conocida como Moradillo en los cultivos de papa y tomate.

Se determinó la presencia de Candidatus liberibacter solanacearum en muestras de tomate y papa provenientes de San Jerónimo, Salamá, Barcenas, Purulhá y Antigua Guatemala.

Figura 7 Electroforesis de muestras de tomate utilizando los cebadores de PCR Cli.poF/O12c.

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 Mp

20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 Mp

Referencia: San Jerónimo (20), Purulhá (21,22,23,27,28,29,30,31), Antigua Guatemala (34), Control positivo (37)

Tabla 4 Resultados de electroforesis de muestras de tomate utilizando los cebadores de PCR Cli.poF/O12c.

No. ADN Resultado No. ADN Resultado 1 SL1 -- 20 Je6 + 2 SL2 -- 21 Pur1 + 3 SL3 -- 22 Pur2 + 4 SL4 -- 23 Pur3 + 5 SL5 -- 24 Pur4 -- 6 SL6 -- 25 Pur5 -- 7 SL7 -- 26 Pur6 --

 

 

18

8 SL8 -- 27 Pur7 + 9 SL9 -- 28 Pur8 + 10 SL10 -- 29 Pur9 + 11 SL11 -- 30 Pur10 + 12 SL12 -- 31 Pur11 + 13 SL13 -- 32 Lic1 -- 14 SL14 -- 33 Lic2 -- 15 Je1 -- 34 Lic3 + 16 Je2 -- 35 Lic4 -- 17 Je3 -- 36 Mc1 -- 18 Je4 -- 37 Control Positivo + 19 Je5 -- 38 Control Negativo --

Referencia: Antigua Guatemala (Lic), Salamá (SL), Purulhá (PUR) y San Jeronimo (JE)

También se realizó el análisis molecular del insecto llamado comúnmente Paratrioza (Bactericera cockerelli) vector de la enfermedad, dando un resultado positivo para el análisis molecular de Candidatus liberibacter solanacearum.

Tabla 5 Total de plantas de tomate y papa analizadas y resultados obtenidos.

No

muestra. Identificación

ADN Phytoplasmas

P1/tint BLTVA

C. Liberibacter

1 D1 - - - 2 D2 - - + 3 D3 - - - 4 Z1 - - - 5 Z2 - - - 6 B1 - - + 7 B2 - - - 8 B3 - - - 9 B4 - - - 10 PT1 (TC) - - + 11 PT2 - - - 12 AM1 - - + 13 AM2 - - + 14 AM3 - - + 15 S2 - - - 16 S3 - - - 17 S4 - - - 18 S5 - - - 19 PG1 - - - 20 PG2 - - - 21 PG3 - - -

 

 

19

22 PG4 - + - 23 PG5 - + - 24 JAL1 + + - 25 JAL2 + + - 26 JAL3 + + - 27 JAL4 + + - 28 JAL5 + + - 29 JAL6 + + - 30 BY1 - + - 31 BY2 - + - 32 BY3 - + - 33 BY4 - + - 34 BY5 - + - 35 BY6 - + - 36 ANT1 - + - 37 ANT2 - + - 38 ANT3 - - + 39 ANT4 + + - 40 SL1 + - - 41 SL2 + + - 42 SL4 + - - 43 SL5 + - - 44 SL6 + - - 45 SL7 - - - 46 SL8 - - - 47 SL9 - - - 48 SL10 + - - 49 SL11 + - - 50 SL12 + - - 51 SL13 - - - 52 SL14 - - - 53 JE1 + - + 54 JE2 - - + 55 JE3 + - + 56 JE4 + - - 57 JE5 - + - 58 JE6 - + + 59 PUR1 - + + 60 PUR2 - + + 61 PUR3 - + + 62 PUR4 - + - 63 PUR5 - + - 64 PUR6 - + - 65 PUR7 - + + 66 PUR8 - + +

 

 

20

67 PUR9 - + + 68 PUR10 + + + 69 PUR11 - + + 70 CHAM1 - - - Paratrioza - +

7.1 Secuencias obtenidas de muestras con resultado positivo para Candidatus liberibacter solanacearum y fitoplasmas

Figura 8 Electroforesis de muestras amplificadas a secuenciadas

Referencia: Marcador de peso (1,12,13), Candidatus (2,3,4,5,6), fitoplasmas (7,8,9,10,11,14,15,16,17)

   13     14     15    16     17     

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

13 14 15 16 17

 

 

21

7.1.1 Secuencia Candidatus liberibacter solanacearum

GCGCTTATTTTTAATAGGAGCGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAATCTACCTTT TTCTACGGGATAACGCACGGAAACGTGTGCTAATACCGTATACGCCCTGAGAAGGGGAAAGATTTATTGGAGAGAGATGAGCCCGCGTTAGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAATGCCTACCAAGGCTACGATCTATAGCTGGTCTGAGAGGACGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGGGCAACCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCGCCGGAGAAGATAATGACGGTATCCGGAGAAGAAGTCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCGAGCGTTGTTCGGAATAACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGGTAATTAAGTTAGGGGTGAAATCCCAAGGCTCAACCTTGGAACTGCCTTTAATACTGGTTATCTAGAGTTTAGGAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGCAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGCCTGATACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGAGTGCTAGCTGTTGGGTGGTTTACCATTCAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATATAGAGGACGATATCAGAGATGGTATTTTCTTTTCGGAGACCTTTATACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTACCTCTAGTTGCCATCAAGTTTAGATTTTATCTAGATGTTGGGTACTTTATAGGGACTGCCGGTGATAATCCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTGGTTACAATGGGTTGCGAAGTCGCGAGGC

7.1.2 Secuencias Candidatus liberibacter solanacearum

Muestra 1, procedencia, Puruluhá, cultivo tomate Fast alignment of DNA sequences Candidatus liberibacter.txt and 101220J1_05G_1O12c.seq Ktuple=2 Gap_penalty=7 Upper line: Candidatus liberibacter.txt, from 25 to 1148 Lower line: 101220J1_05G_1O12c.seq, from 7 to 1179 Candidatus liberibacter.txt:101220J1_05G_1O12c.seq identity= 37.96%(429/1130) gap=8.65%(107/1237) 1 GCGCTTATTTTTAATAGGAGCGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAATCTACCTTTTTC ||| | || | | | 1 ..................CATANNAGAAANNAAANNNACNANGGTNNANAANCNANNACT 61 TACGGGATAACGCACGGAAACGTGTGCTAATACCGTATACGCCCTGAGAAGGGGAAAGAT | | | ||| | | | | || | | || 43 TTAANCCCCCCCCCNANAAAGGNGGNANCANTNCNNATNGGNGNCCNAANNAGGGGCCCC 121 TTATTGGAGAGAGATGAGCCCGCGTTAGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAATGCCTACCAA | | | | | | | | | | 103 NCCTNCGNGNNNAACNTNNCGTGGGGNAGGGGCNANNGAGCTCCCCCCCCNANCCCNCNN 181 GGCTACGATCTATAGCTGGTCTGAGAGGACGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCC | | | | ||| | | | | 163 TAGGCACTTNGTGGTCCNAAGGAGNGAACCNNTNNGCCCCCATTNGNNACCNNANNANAC

 

 

22

241 CAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGGGCAACCCTGATCCAG | | || | ||| | | | | | 223 CGGNNCNNNGNNCCCNNCAANNGGGGGANACNCCANCCGNGNAAAAGACNANTNTCCNCN 301 CCATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCGCCGGAGAAGATAA || | | ||| | || | 283 GGGGGCAANNCNCGGNACCAAGCNAATNCCCANAAGNAGANAANAAANNCCCCNNNAGNG 361 TGACGGTATCCGGAGAAGAAGTCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAA || || | | | | | | 343 GNNANAACNANTTNTTNTNCCNCCNCNAAAANAAATGNCNTNNCNNCCCNGNANAAGANN 421 GGGGGCGAGCGTTGTTCGGAATAACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGG.....TAATT | |||| | | | | | ||| || | 403 GTCCCCGAGNGAAANTTCNNTNNNGGNCNGNCCANCGNNNANNNGAAGGGGGAGNTACCT 476 AAGTTAGGGGTGAAATCCCAAGGCTCAACCTTGG.......................... || | ||| ||| ||| | 463 TNTTTNNNGNAAAAACNGGAAGCAAANACCCGNGGGAGCCNNGNNGNTNAANTNAGNGGG 510 ..............................AACTGCCTTTAATACTGGTTATCTAGAGTT || || | ||| ||| 523 GGAAAATTCCCAAGGGNTCAACCNTTGGANNNNCCNTTTANNNACNGNCCATCNAGACNN 540 TAGGAGAGGT..GAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGCAGATATTCGGAGGAA | | ||||||||||||| | | || ||||||||||| ||| || ||| 583 TCCGNACACAGGGAGTGGAATTCCGNNCNTNGNGGGAAAATTCGCAGANATTNGGGGGAG 598 CACCAGTGGCGA.AGGCGGCTCACTGGCCTGATACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGG ||||||| || || |||| ||||| |||||||| || || | |||| | || | 643 CACCAGTNTNGANAGACGGCNCACTGNCCTGATACNNACCCTAANGCGCCNNNTCCTGNG 657 GAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGAGTGCTAGCTGT.T | || | | || ||| |||||||| |||| | ||| | | || | | 703 GGGCNANCCGGCNTAGCTACCCTGGNCGTCCNCNCTGNGACCCNNGANNNNNNCCNTCNT 716 GGGTGGTTTACCATTCAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGG | | | ||||||| |||||| | | ||||||| ||||| | |||| || | 763 GNGNGNCNCACCATTCTCGCGCGCAGGCCANCCGNTAAGCACNCCGCCNGNGGAGCACNG 776 TCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGT | || |||||||||||||| |||| || | |||| | | ||||||||||||||||| 823 TNGCNAGATTAAAACTCAANNGAATNGAAGNNGGCCNGNCCCNGCGGTGGAGCATGTGGT 836 TTAATTCGATGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATATAGAGGACGATATCAGA | ||||||||| || || | | || ||||||| | || || |||||| ||||||||| 883 TNAATTCGATGNAANGCNCCNANCCNNGCCAGCCCNT.ACGTANAGAGGANGATATCAGA 896 GATGGTATTTTCTTTTCGGAGACCTTTATACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTG | || | |||||||| | |||||| || 942 GNAGGNANTTTCTTTTNGNAGACCTNNCCCANNNNN...................TCCAN 956 TCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTACCTCTAGTTGCCATCAA | | | 983 NNNNGNNNNNNNNNNNTNTNNNNANNNNNNNNNNNNNNTTNNNAANNNNNNNNNNNNCNT

 

 

23

1016 GTTTAGATT....TTATCTAGATGTTGGGTACTTTATAGGGACTGCCGGTGATAATCCGG ||| | || | | || | | | || 1043 TTTTTAAANNNNCTTTCCAGGGGTTTTAAGANNCTTTNCCNCNGTTTTNAANGTCCCCNT 1072 AGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGGGCTGGGCTACACACGTGCT |||| ||| ||| |||| | | | || | 1103 TNNAAGGGGGGTTGTTGAANGTCCGACTATGNCCCTGGGTTGTCGAAGGTCCGACNATTT 1132 ACAATGGTGGTTACAATGGGTTGCGAAGTCGCGAGGC | | | || || | | 1163 TCCCNCGGTTGTNGAAGTCGTNACAGNCGNCNNCNNCAGCNNNNNAAGAAANGGC Muestra 2, procedencia, Purulhá, cultivo tomate Fast alignment of DNA sequences Candidatus liberibacter.txt and 101220J1_05H_2O12c.seq Ktuple=2 Gap_penalty=7 Upper line: Secuencia Candidatus liberibacter.txt, from 47 to 1135 Lower line: 101220J1_05H_2O12c.seq, from 28 to 1127 Candidatus liberibacter.txt:101220J1_05H_2O12c.seq identity= 73.50%(832/1132) gap=3.58%(42/1174) 1 GCGCTTATTTTTAATAGGAGCGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAATCTACCTTTTTC |||| | 1 ...................NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTNC 61 TACGGGATAACGCACGGAAACGTGTGCTAATACCGTATACGCCCTGAGAAGGGGAAAGAT | | || | | | | || | 42 CCCCCCNNNNNAAANGGGGAAAAAATTTTTTNGANNANNANAATNAAGCCCCCCCNTTAA 121 TTATTGGAGAGAGATGAGCCCGCGTTAGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAATGCCTACCAA | || || | || | | | | | | || | || 102 AANTNANNCTTAGTTGGNGGGGGGTAAAAATNCCNACCCNAANGNNTANCNAATTTNNAA 181 GGCTACGATCTATAGCTGGTCTGAGAGGACGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCC | || | | || | || |||||||| 162 NCTNG......NTTTGANNAGGGACGATCCANCCCCCCCCNGGGGANTGAGAACACGGCC 241 C.AGACTCCTACGGG.AGGCAGCAGT.GGGGAATATTGGACAATGGGGGCAACCCTGATC | |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| 216 CNNGACTCCTACGGGNAGGCANCAGTGGGGGAATATTGGACAATGGGGGCAACCCTGATC 298 CAG.CCATGCCGCGTGAGTGAAG.AAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCGCCGGAGAA || |||| |||||||||||||| | | ||||||||||| ||||||||||| |||||||| 276 CANCCCATNCCGCGTGAGTGAAGAANGCCCTTAGGGTTGNAAAGCTCTTTCCCCGGAGAA 356 GATAATGACGGTATCCGGAGAAGAAGTCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT ||||||||| |||||| || ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| 336 GATAATGACNGTATCCNGANAAGAANTCCCGGCTAANTTCGTNCCAGCAGCCGCGGTAAT

 

 

24

416 ACGAAGGGGGCGAGCGTTGTTCGGAATAACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGGTAATT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 396 ACGAAGGGGGCGAGCGTTGTTCGGAATAACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGGTAATT 476 AAGTTAGGGGTGAAATCCCAAGGCTCAACCTTGGAACTGCCTTTAATACTGGTTATCTAG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 456 AAGTTAGGGGTGAAATCCCAAGGCTCAACCTTGGAACTNCCTTTAATACTGGTTATCTAG 536 AGTTTAGGAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGCAGATATTCGGAGG |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| 516 AGTTTAGGAGAGGTGAGTGGAATTCCNAGTGTAGAGGTGAAATTCGCAGATATTCGGAGG 596 AACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGCCTGATACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGG ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 576 AACNCCNGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGCCTGATACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGG 656 GGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGAGTGCTAGCTGTT ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 636 GGAGCAAACNGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGAGTGCTAGCTGTT 716 GGGTGGTTTACCATTCAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGG ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| 696 GGGTGGTTTACCATTCAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCNCCTGGGGAGTACGG 776 TCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 756 TCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGT 836 TTAATTCGATGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATATAGAGGACGATATCAGA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 816 TTAATTCGATGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATATAGAGGACGATATCAGA 896 GATGGTATTTTCTTTTCGGAGACCTTTATACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTG |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 876 GATGGTATTTTCTTTTNGGAGACCTTTATACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTG 956 TCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTACCTCTAGTTGCCATC.. |||| |||||||||||||||| |||||| || | | ||| | ||| |||||| 936 TCGTAAGATGTTGGGTTAAGTTCCGCAANGACCACNCCCCNGTTTTGAAGTCGCCATCCA 1014 .........AAGTTTAGATTTTATCTAGATGTTGGGTACTTTATAGGGACTGCCGGT.GA |||| || | | || | || |||| || 996 TGGGTTTTGAAGTCGCGANGCACTGGGTTTTGAAAGTCCNCNATNNNCACTGGGTTNCGA 1064 TAATCCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGGGCTGGGCTACA |||| | || | | |||| | | || || | 1056 AGGTCCGACGANGNNCCTGGGTTGTCGAAGGTCCGACGAANNCCCCTNGGTTGTCNAAGT 1124 CACGTGCTACAATGGTGGTTACAATGGGTTGCGAAGTCGCGAGGC | | | 1116 CNCNANGNCCNGGNNNNTAGCNNNNNAAGNAANG

 

 

25

Muestra 3, procedencia Purulhá cultivo, tomate

Fast alignment of DNA sequences Candidatus liberibacter.txt and 3ClipoF.seq Ktuple=2 Gap_penalty=7 Upper line: Candidatus liberibacter.txt, from 8 to 1167 Lower line: 3ClipoF.seq, from 4 to 1226 Candidatus liberibacter.txt:3ClipoF.seq identity= 29.87%(322/1078) gap=18.15%(239/1317) 1 GCGCTTATTTTTAATAGGAGCGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAATCTACCTTTTTC | ||| | | | | || 1 ....NTTTTTNNNNNNNCATNNNNNNNNCCNNNNCTTNTGTTTAAAAAANNNNNAANNNN 61 TACGGGATAACGCACGGAAACGTGTGCTAATACCGTATACGCCCTGAGAAGGGGAAAGAT | || | | | | | || 57 NNNNNNAAAAAAANNTNNNAANNNTNTNNNNAAAAANCCCCTNTNNAANNGGNNNNNNNN 121 TTATTGGAGAGAGATGAGCCCGCGTTAGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAATGCCTACCAA | | ||| || || | 117 NAAAAANNNNNNNNNNANNNNNNNNCAGANNCCCTTTTTNGANNNNNNNNNNNNGNNNNN 181 GGCTACGATCTATAGCTGGTCTGAGAGGACGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCC 177 NNNN........................................................ 241 CAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGGGCAACCCTGATCCAG || 181 ............................NNNNNNNNNTNNNNNNNAACCCCTNATNNNNN 301 CCATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCGCCGGAGAAGATAA | || | || | | | |||| | | | || || |||| 213 NNNTTCCNNNNNGAGTNANAATTGTCTTNNGGTTAAAAGNNNTGTNCNCNGAAAAAATAA 361 TGACGGTATCCGGAGAAGAAG.TCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGA |||| | || || || ||| ||| || | |||| | || | | | ||| ||| | 273 TGACNGCTTCNNGAAAATAAGTTCCGGGGTNACTTGGGGCGCGNNGGCCCGGGNATATNA 420 AGGGGGCGAGCGTTGTTCGGAATAACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGGTAA.TTAAG |||||||||| |||||| || | || |||| | | ||| | || || |||||| || || 333 AGGGGGCGAGNGTTGTTNGGGANAANTGGGGGGNANGGGGGGGTNGGNGGGTAATTTNAG 479 TTAGGGGTGAAATCCCAAGGCTCAACCTTGGAACTGCCTTT................... || |||| | || | || | | || || || 393 TTNGGGGNGGAANGNCNGGGGGGGAACGNGGGGNTGGNCTTTGANGNNGGGGNGNNTCGA 520 ............................................................ 453 GNNTGGGGNGANGNGGAGTGGNAANTCCNAGTTGGAGNGGGGGNGANTCNGAGGATTATT 520 .......AATACTGGTTATCTAGAGTTTAGGAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGG | ||| || | || | | | | || 513 GGGTAGGNACNGNGGTGGTCNGANGGGGNTCGCGGGGNGGGGANNTNGGCNTCCGGGGGG

 

 

26

573 TGAAATTCGCAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGCCTGATACT | | | || | || || | || || 573 GGGGANNNTGGGGNNNAACATGGGAANNCAAAANNCGNGGGNGGGCAAGCNGTGNGCACG 633 GACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCT | | || | |||||| | | | || | | 633 NGGGGGGNGGGCGGTGGGCGTGGCGNGGGGGANTAANGNGAGNGGGGNNATACTCNAGGG 693 GTAAACGATGAGTGCTAGCTGTTGGGTGGTTTACCATTCAGTGGCGCAGCTAACGCATTA | | ||| || || | | || 693 ANNGAGANNGGTNAGGGCCTGGGGGAGGGGATNGTTCGNCNGNCTTTANTANACTNNAGG 753 AGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCC || ||| ||| | | | || || | 753 AGNTGNCCGGGGNGGGNGGNNCNNNNAGNGGNGNGGGGNGAGAGNGGGTGTNCGNNTNNG 813 GCACAAGCG...GTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCC | | | || | || | || | | | 813 GNGTGNGGGGGAGTNTNGAGTGGGNCNGGGGGGANGGCGAGAGNNGGGGGGGGGATNGNN 870 CTTGACATATAGAGGACGATATCAGAGATGGTATTTTCTTTTCGGAGACCTTTATACAGG || | | | | | | | || 873 GGATGGGAGGGAGGGNTNTTTTTNCTNGGTGGGGAGGGTNNTNANNGGGGGNTNGGGGGG 930 TGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCG | | | || | | || | | | | ||| 933 GGGGGGNNNTNNACCCTCGNGTGNGTGGTAGNNGTGGGGNGNGANTTNCCGNNGANGANN 990 CAACCCCTACCTCTAGTTGCCATCAAGTTTAGATTTTATCTAGATGTTGGGTACTTTATA || || | | | | | | | | | 993 GNNNTANNACNNNAGGTNGGGTGGNGNGTGGCANGGTNGGGGAGGGNGNGNGAAANTNTG 1050 GGGACTGCCGGTGATAATCCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTA | | | ||| || | || | | | | 1053 GAGNGGGNGAGTGGANNNNGGG..GNNGGNNCNAAACCCANGNGGGGAAAGGGNGGGGNT 1110 TGGGCTGGGCTACACACGTGCTAC.................................... ||| || | | | 1111 GGGGAGTGGNTNTGCNGCNANNNCGNGNAATANGGGNCGGNGCGGGGGGGGGTGCCNNCN 1134 ......................AATGGTGGTTACAATGGGTTGCGAAGTCGCGAGGC | || ||| | | | | 1171 TAGATGANCGAGTGAGGTGGTGANGTTNGGCNTGGGGGGGNNGANNNGNNNAGNGTNTGG Muestra 4, procedencia Bárcenas Insecto Paratrioza

Fast alignment of DNA sequences Candidatus liberibacter.txt and 101220J1_06B_4O12c.seq Ktuple=2 Gap_penalty=7 Upper line: Candidatus liberibacter.txt, from 14 to 1159 Lower line: 101220J1_06B_4O12c.seq, from 1 to 1146 Candidatus liberibacter.txt:101220J1_06B_4O12c.seq identity= 63.89%(729/1141) gap=2.14%(25/1166)

 

 

27

1 GCGCTTATTTTTAATAGGAGCGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAATCTACCTTTTTC || | | || | 1 .............NTATCNNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTTTTTTCCCCNTNNAA 61 TACGGGATAACGCACGGAAACGTGTGCTAATACCGTATACGCCCTGAGAAGGGGAAAGAT |||| | | || | | ||| ||| | 48 NGGGGGAAAGNANTTTTNTTTTTNNNAAAANANNAACCCCCCCCCTNTTGAATTAAAACT 121 TTATTGGAGAGAGATGAGCCCGCGTTAGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAATGCCTACCAA || | | | | || | | | | | | 108 AANTTNGNGGGGGNAAAGNACCCNNCCCANAGGGNTTCCNNNTNTATTANCTTGGTTTTT 181 GGCTACGATCTATAGCTGGTCTGAGAGGACGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCC | | || | | | || | | 168 GAGNNGGNGNGATNNTNCCNCCCCCNNGGNANTGNNAANAACGGCCCNCCNACTNCTTTT 241 CAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGGGCAACCCTGATCCAG | || | | | | | | | ||||| || ||| |||||| 228 TNGGGGGGGCAAGGCCGGGGGGGGNATTATTTTACAATNGGGGGGGGAANCCTTATCCAG 301 CCATGCCGCGTGAGTG...AAGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCGCCGGAGAAGA || | || | | | | | || ||| ||||| || ||| |||| ||||| 288 CCCTTCCCGCNNTGAGTGAANAANGCCCCCCNGGTNGTAAANCTNNTTCTCCGGCGAAGA 358 TAATGACGGTATCCGGAGAAGAAGT.CCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGG.TAAT ||| || |||| |||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||| | || 348 AAATAACNGTATNNNGAGAAGAAGTCCCCNNCTAAATTTGTGCCAGCAGCCGCGGTTNAT 416 ACGAAGGGGGCGAGCGTTGTTCGGAATAACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGGTAATT | ||||||| ||||||| || | || || ||||||||||||| |||||||||||||| 408 ATNAAGGGGGNGAGCGTTNTTTGNAANAAANAGGCGTAAAGGGCGNGTAGGCGGGTAATT 476 AAGTTAGGGGTGAAATCCCAAGGCTCAACCTTGGAACTGCCTTTAATACTGGTTATCTAG || ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| 468 AATTTAGGGGTGNAATCCCNNGGCTCAACCTTGGAAATGCCTTTNATACTGGTTATNTAG 536 AGTTTAGGAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGCAGATATTCGGAGG |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| 528 AGTTCNGGAGAGGNGAGTGGAATTCCNNGTGTAGAGGTGAAATTNGCAGATATTTGGAGG 596 AACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGCCTGATACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGG ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| 588 AACACCAGTGGNGAAGGCGGCTCACNGGCCTGATACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGG 656 GGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGAGTGCTAGCTGTT || |||||| ||||||||||||| || || ||| | ||||||||||||||||||||||| 648 GGNGCAAACNGGATTAGATACCCNNGTNGTNCACNCNGTAAACGATGAGTGCTAGCTGTT 716 GGGTGGTTTACCATTCAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGG ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| 708 GGGTGGTTTNCCNTTCAGTGGNGCAGCTAACGCATTAANCACTCCNCCTGGGGNGTACGG 776 TCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGT |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| 768 TCGCCNGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCCCCNNCGGTGGAGCATGTGGT

 

 

28

836 TTAATTCGATGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATATAGAGGACGATATCAGA || || | |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| 828 TTNTTTTGNTGCAACGCGCAGAACCTTNCCANCCCCNCACATATAGAGGACGATATCAGA 896 GATGGTATTTTCTTTTCGGAGACCTTTATACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTG ||||||||||| |||| | |||||| |||||| || | |||||| ||||||||||||| 888 GATGGTATTTTTTTTTTNGNGACCTTNATACAGATGNTNCATGGCGGTCGTCAGCTCGTN 956 TCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTACCTC.TAGTTGCCATCA || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| 948 TCNTNAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAANGAGCGCAACCCCTACCTNATAGTTGCCATCN 1015 AGTTTAGATTTTATCTAGATGTTGGGTACTTTATAGGGACTGCCGGTGATAATCCGGAGG || ||||| || ||||| ||| | || | | || || || 1008 AGGGGAGATTAAATNTAGATNNNGGGGATTTNAAATCNACCTAA......AANGGGGTTA 1075 AAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGGGCTGGGCTACACACGTGCTACA | | | ||| | | | | | | || 1062 TTGAAGTCAAAATGTTCANNNGGTTGNGAAAGTCCCGANTNCCCCGTTTGAAGTCGCGAT 1135 ATGGTGGTTACAATGGGTTGCGAAGTCGCGAGGC || | 1122 NCCGTANNCNANCNNNNCAAGGNNCN

Muestra 5 procedencia Antigua Guatemala, Cultivo: Tomate

Fast alignment of DNA sequences Candidatus liberibacter.txt and 101220J1_06C_5O12c.seq Ktuple=2 Gap_penalty=7 Upper line: Candidatus liberibacter.txt, from 37 to 1168 Lower line: 101220J1_06C_5O12c.seq, from 30 to 1163 Candidatus liberibacter.txt:101220J1_06C_5O12c.seq identity= 41.85%(485/1159) gap=1.11%(13/1172) 1 GCGCTTATTTTTAATAGGAGCGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAATCTACCTTTTTC || 1 .......NNNNNNNNNNNNANNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTNNNNCCCCNNNN 61 TACGGGATAACGCACGGAAACGTGTGCTAATACCGTATACGCCCTGAGAAGGGGAAAGAT | | | | | | | || || 54 AAANNGGANAAANANNNNANNNGNAGNANNANNANNNGNCCNNNNNNNNAGNNNAANNNA 121 TTATTGGAGAGAGATGAGCCCGCGTTAGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAATGCCTACCAA | | | | | | | | 114 NNNNGNNNNGGNGNNAANNNCNNNNCCCAANNGNNNNNNNANNNNANNNNAGGGNNNNNA 181 GGCTACGATCTATAGCTGGTCTGAGAGGACGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCC || | | | | || | 174 GGNG..GNNNNNNNAANNCNCACNNNNGNANNNNNNGAAAACNNNCNNANAANNCNNNNN 241 CAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGGGCAACCCTGATCCAG || | | || | | || | ||| | 232 GNGAGNAANCAGNGGGGAATANNNNNNANANNNGGGGGCANACCNNNNACCNANNCCANN

 

 

29

301 CCATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCGCCGGAGAAGATAA | | ||| | || || | || | || 292 CNNNNNNAANNAAAGAAAGNCCNNAAGNNNNNAAAANNTNNNTTNNCCCNNANAAAAAAA 361 TGACGGTATCCGGAGAAGAAGTCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGC....GGTAATA ||||| | | | | | |||| | || || | 352 NNNCGGTANNCCGNAGAANAANNNNCCNNNNNNAANTNNNNCCAGCNGNNNNNGGNAANA 417 CGAAGGGGGCGAGCGTTGTTCGGAATAACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGGTAATTA ||| || | | | | | | | || | | || 412 NGAANNNGGNNANNGNNGNTNNNNAAANNNNNCNNAANAGNNNGNGNNNNNNNNNAAANN 477 AGTTAGGGGTGAAATCCCAAGGCTCAACCTTGGAACTGCCTTTAATACTGGTTATCTAGA | ||||| |||||||||||| ||||| |||| ||| | | ||| | ||| 472 ANNNAGGGGNGAAATCCCAAGGNTCAACNNNGGAANNNCCTNNANAANAGGTNANNNAGA 537 GTTTAGGAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGCAGATATTCGGAGGA | |||||||| | | | | || | ||| | ||| |||||| ||| ||| | |||||| 532 GNTTAGGAGANGNGNGNGNAANTNNGAGNGNNNAGGNGAAATTNGCANATANTNGGAGGA 597 ACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGCCTGATACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGG || |||| || ||||| | |||| ||| | | | | |||||| ||||| ||| 592 ACNCCAGNGGNNAAGGCNGNTCACNGGCNNNANANTNNCNNNGAGGCGNGAAAGNNNGGG 657 GAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGAGTGCTAGCTGTTG || |||||| ||| ||| |||| |||||| | | | | |||||| | || | | | 652 GANCAAACANGATNAGANACCCNGGTAGTNCNCNCNGNNAACGATNANNNNTANCNGNNG 717 GGTGGTTTACCATTCAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGT || |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| | |||||| ||||| 712 GGNGGTTTACCATTCAGNGGCGCNNNNAACGCANTAAGCACTCCNCNNGGGGAGNACGGT 777 CGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTT ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | |||| 772 CGCNAGATNAAAACTCAAAGGAANNGACGGGGGCCCNCACAAGCGGTGGAGCANGNGGTT 837 TAATTCGATGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATATAGAGGACGATATCAGAG |||||||| ||| | |||||||||||||| ||| ||| ||||||| || |||||| 832 NAATTCGATNCAANGNGCAGAACCTTACCANCCCNNNACANATAGAGGNNGANATCAGAN 897 ATGGTATTTTCTTTTCGGAGACCTTTATACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGT |||||||||| |||| ||||||| | || | | | | || 892 ATGGTATTTTNTTTTNGGAGACCNNNANNCANNNGNNNNANNGNNNNNNNNANNNNNNGT 957 CGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTACCTCTAGTTGCCATCAAG | | ||| | || | | | 952 NNNNANNNNNNNNNNNNNTTTTNNNNNNNNNNNNNACCNNNTTTTNNAGNNNCTTTTCAT 1017 TTTAGATTTTATCTAGATGTTGGGTACTTTATAGGGACTGCCGGTGATAATCCGGAGGAA | | | ||| ||| | | | ||| 1012 GGGTTTNGAAGNCNCTAATCANTGGGTTTTGAAGGNCCCCTAANNCACTGGGTTGTNGAA 1077 GGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAAT ||| | | | | | | || ||| 1072 GGTCCGACGATGNNCCTGGGTTGTCGAAAGTCCGACAATGNCNCTNGGTTGTGAGGNNNN

 

 

30

1137 GGTGGTTACAATGGGTTGCGAAGTCGCGAGGC | | | |||| 1132 CTCGANNNCNNNNTNGGCNNNNNANGAAAGGCNG

Muestra 6 procedencia Bárcenas, Cultivo , Tomate

Fast alignment of DNA sequences Candidatus liberibacter.txt and 101220J1_06D_6O12c.seq Ktuple=2 Gap_penalty=7 Upper line: Candidatus liberibacter.txt, from 19 to 1122 Lower line: 101220J1_06D_6O12c.seq, from 107 to 1208 Candidatus liberibacter.txt:101220J1_06D_6O12c.seq identity= 38.87%(442/1137) gap=2.74%(32/1169) 1 GCGCTTATTTTTAATAGGAGCGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAATCTACCTTTTTC | | | |||| ||| | | | | 89 GNGGCNNAGGATCTCCNTNGCGGNNAGGGGGCCNGANCNCCCCCNCCNTANNACNAGCCN 61 TACGGGATAACGCACGGAAACGTGTGCTAATACCGTATACGCCCTGAGAAGGGGAAAGAT | | | | || | | 149 NCNTGNGGNNNGGNNANANNNCCCNTGACCCNCNNCGNNGCGCCCCCCANTNNCNCNNAG 121 TTATTGGAGAGAGATGAGCCCGCGTTAGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAATGCCTACCAA | | | | | | | | | | || 209 GGGGGNGNGNGNCCTCCCCNCNACCTCNGNGNNATNCGGCCCCNCGNGCNCCGCCCCCCC 181 GGCTACGATCTATAGCTGGTCTGAGAGGACGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCC | || | | || | | || | | | || || 269 TCGGNNGNGGNCNNGCN.....GNGGGGGCNTCTNNGCNCATAANGGGGGGGCNACCCCC 241 CAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGGGCAACCCTGATCCAG | | || | | | || | | || | 324 GANCCNCCCCCNNTGNCCCGNNNGNNGGNGGAANNNGCNCCCNCGGGNNGGTNNNNNNAN 301 CCATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCTCTTTCGCCGGAGAAGATAA || | | | | ||| | | || | |||| || 384 CCNTNNCTNCGCGGGGNNGAAAAACCCCCGNCA...........TCNCGGGAGGNNNAAA 361 TGACGGTATCCGGAGAAGAAGTCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAA | || | | | | | | | | || 433 NNNCCCCNGCCCANTANCNGGCCAGNCCNCCCCCGGGNTNTNNNGNNGGGGNGGCGGCGN 421 GGGGGCGAGCGTTGTTCGGAATAACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGGTAATTAAGTT || || | | | | 493 CCNTGCTTCCGANNCAACTCGGCGGAAANGGCCGGCNCAGNCCCNGNCAATNNACCTACG 481 AGGGGTGAAATCCCAAGGCTCAACCTTGGAACTG...CCTTTAATACTGGTTATCTAGAG |||| || || |||| ||||| || | | || | ||| 553 .GGGGNNAATNNCCCAGGCNCAACCCATNGCAACCGCCCNATNAANNTGNCTCCCTANCN 538 TTTAGGAGAGGTGAGTGG.AATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGCAGATATTCGGAGGA | ||||| || || || | | | ||||||||| | | ||| ||||| 612 TCCCNNCGAGGTNAGAGGANNNCCCCCGNNTNGTGGTGAAATTNNCNGNTATNTGGAGGC

 

 

31

597 ACACCAGT.GGCGAAGGCGGCTCACTGGCCTGATA.CTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTG |||| | ||| |||||||||||| ||| ||| ||| |||| | | | |||||| 672 NCACCNGNGGGCNAAGGCGGCTCACCNGCCNNATACCTGGNNCTGACNCNCNACAGCGTG 655 GGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGAGTGCTAGCTGT | | || | || | ||||||| ||| | || | | || ||| | || ||| ||| 732 GNGNGCCNCCCGGGCTGGATACCCCGGTCGNCCCCCCCGTCAACNANGANCGCTCNCTGN 715 TGGGTGGTTTACCATT.CAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTAC || ||| || |||| || ||||| || | || |||||| || | | || | 792 NGGNTGGCTTNCCATCGCACNGGCGCCGCNNANGCCNCNCACACTCCNCCCGNNGNGTCC 774 GGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTG | ||| | |||||||| | |||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| 852 NGNCGCCCCANTAAAACTCNNANGAATTGACGGGGGCCCGCCCNAGCGGTGGAGCANGTG 834 GTTTAATTCGATGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATATAGAGGACGATATCA | | | || | || ||||||| |||||||||||||||| ||| | || || | ||| | 912 GNTNANTTTGNTGAAACGCGCGGAACCTTACCAGCCCTNGACCCAAAGNGGNNGNTATNA 894 GAGATGGTATTTTCTTTTCGGAGACCTTTATACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCG ||| || || |||| | | || 972 NAGANGGACNTTNTTTTTNNNGNCCNTNNNNCNNNTNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNCG 954 TGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTACCTCTAGTTGCCATC | | | | || | | 1032 TTTNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNTTNNNANNNNNNNNNNNCCCCNTTTTNAANNNNNNN 1014 .AAGTTTAGATTTTATCTAGATGTTGGGTACTTTATAGGGACTGCCGGTGATAATCCGGA | | || | | | || | | | | | 1092 TANCAAGGGNTTNGAAANNNNNNTNNCCCCCGTTTTNAAGCCCCCNTAACAGGGGGTTNN 1073 GGAAGGTGGGGATGACGTC.......AAGTCCTCATGGCCCTTATGGGCTGGGCTACACA | ||| || | | ||| || | ||| | | | | || | 1152 GAAAGNCAACTATTTCATGGGTTGNGAAGNCCACNATTCCCCCNTTGTCGAGNNTAGNNA 1126 CGTGCTACAATGGTGGTTACAATGGGTTGCGAAGTCGCGAGGC | | || | | | | 1212 TNTNNNNNGNAGCNNNNTANGGANGTTGC

 

 

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7.1.3 Secuencias Fitoplasmas

Muestra 7, procedencia Jalapa, cultivo, papa

Fast alignment of DNA sequences Beet leafhoper transmitted virescence phytoplasma.txt and 7P1.seq Ktuple=2 Gap_penalty=7 Upper line: Beet leafhoper transmitted virescence phytoplasma.txt, from 1205 to 2583 Lower line: 7P1.seq, from 10 to 1378 Beet leafhoper transmitted virescence phytoplasma.txt:7P1.seq identity= 23.53%(317/1347) gap=5.61%(80/1427) 1196 TGAAAGCCCAATTAAAAAAAGAATTTTTTCCGTACATTGGTATTTTTTTACATCGGGACA | || || ||| | | ||| | 1 GGGCAGANTNNNNNNNAATNNNNNTTTNGGGAGNCNGANANAATTTGAACCCGGTCC... 1256 CCATGGGACACCACTATTTATATAAACTAAATGCAAACATTTTTTCTCTTTAAAGCCTCG |||| | | || || || | | 58 ...TGGGGTTAGGTATTACCCCGNNNCNNGGNTTAANCACCCCTTTAGGNNCCNGNCCNN 1316 TGCTTTTTTTTAATCTATTATTTCTACTTTATCTTTTCCGAATATTTCTATAGCTTTGTT | | | | | | | 115 GGGGAAGGGGAACANTCNGGCNAGGGAACGCCCCCCAANGGCCCGANCNNCCNAGGAGCC 1376 TTCTAAATTTTCTCGATTTTCATTAGGTTGAATTGCATTTTGATATATTCTATTTTTTTC ||| || || || 175 CANGGNNGATTCCNCCCCNAGGNAGGGGCTNNCGTNTNATTAGCNNNTTGNTGANGNAAT 1436 TTCTTGTTCTTCTTTTGTTATATATAATTTTTCATTTTTGAAAAAATGAAAAATTCCTTG || || | || | | | ||| 235 NNCTACGGGGGNAA....TAATCACAANCGGGANAAANCGCANNCANGAANNNNNNNNNN 1496 ACATTCTTCAATATATTTTTTATGTGGATTTTTTTCATTGAAAGCCCAATTAAAAAAAGA | || | | | 291 NNNNNNGNNGNGNGNGNNNANNNNNGNNAAGNANNNNNGGANNGAAANNNNNNANANNAN 1556 ATTTTTTCCTGGATTACAGATGATAATAGATAATTTGTTTTTATTTAGTGTTAATAATGG | | | || | | | | 351 NGTANAGGGGNNTNNNAGAANNACAAGGGNAANGGAGGGGNGGAAAGAGGNGNNNNNGNA 1616 TTGAAATTTATTCTTCCATACTGTCATTTTTTTTTGATTAC................... | || | || | | | 411 AATGNNAAAAACCTGGAAGGCTAAGAAGANAAGAACAATGNAATGGAAGGATAGAAGGGA 1657 ................AACCAATTATTCTTTTAGCATATTCTATTCCTTCAGGGTTTTGA | || || | | | 471 AANGTCATGGTGNGNGNANAAAAANAAAGNNAAGACAANTGATGAAAACGAANAAAGACN 1701 TCCCAATGATAGTAATTAGAATCATCCAAAATATCAATATCAGCATTATCATTATAATTG || | | |||| | || || | | | | | 531 AGGNAAAAAAGGAGNGNAGAAAANAGGAGAAACANAACAGGAACNGAGANNGGNTGAAAA

 

 

33

1761 TCAAATTTTAATTTACCTGATATTAAATTAAATTTAATTTTATGATGTTTTAAAAATGAT | || | | | |||| | || | ||||| | 591 GGGANAGAAAAAAAAAAGNNAANNANNCGAAATAGGAANGAATAGGGACAAAAAAAAGGG 1821 TTAATATGTTCTGTTTTACCAATTTTTGCTCCTCCTTCAAGAATAATTGGCTGTGGTCTT | | | || || | | 651 NCGNNAAAAAAGGGGGGAAAAAAAAANNGGNAAAAAAGAAAAGAGGANANANNTAAAGAN 1881 TTTCCTTCTTTAACTGTTTCCACTTGTTCTAAAATATCTTGTTGAAGATGAATTAAAACA | | |||| | | ||| | | || | 711 AAAAANAAACGGNNAAAAAANNCNGGGAGAAAAAAAAANNAGCGNAGAAANAANANAAAA 1941 GGTAAATCATTTTTAAAGGTATTAAAATCTTCTATATCATCTTCATTTAAATCATTATTT | | | | ||| ||| | || 771 CGAGANTAAGAGNAAAACAAG...........................AAANNCNAAATT 2001 AATTTTTCTCTTGTAAAATATTTTTTTAAAATACGTTCAATTTCAGCAATTCTTTTAAAT |||||| | | || |||| 804 TGGNAANNAAAAAAAAAATAGAGNCANCNNANGNGGCGGGNCGAAGNNGNAAAAATAAAG 2061 TTTTCTTTGGGTGGTTTTTCTATAAAAAAAACATCTATTTCGTTTGAAGCATCTTGAGTA | | | |||| ||| | || | || | | 864 NNGAAAAAGAAANGAAGNAAGAGAAAATAAANAGAGTGGCAGTGAGGAGANAAG.GNAAA 2121 GTCATGTTTTTATCAACATGCCAAAAACGCTCTCTTAAATTTTCTACATAATTATAGAAT || | | || || || || | | | || | | 923 NNCAAGGAAGAAANAAANGAAAAACAAGAAAAANGGNAAGATAAAGGANAGNTAAAACAG 2181 TGTTCTTCAAGTTCTTTGGCATTTTGTTCTTGAATATTATTAATAATAGTTGAGGATTTG | | | | | || | | 983 AGAGAAAAANANANANGAAGAGNGAAGGGAGTNAACAAANANGGAAATNGANNGAGTAAA 2241 CCTAATTCTATCCATTCAAAATCATTATCTTCTTTTATTTCTTTTTCAAAAGATTTAATA | | | | || | | | 1043 NAGNANAAGGNAANAANANGTGGAAACNAANAAGGGNATGNAANNCGTAANGNAACNAGA 2301 GTTCCTTTTAAAGGTTCAAAAATAGGTTCATCATCATTAATAATAAAATTATCAATGCTT | | | ||||| | | | | || | | | 1103 GGAGGAAAAANNNGAAAAAAAAGGGNAGGAA.......NAANNGCNANATANCNANGGGA 2361 TTAAAATTAGGTTTTTTGTCTAAAATTAATAAAACAGTTGTTGTTTTATCTTTTTTATTT | || | |||| || | | | | 1156 TANTAAAGGNGAAAAGANAGGAAAAGAAANGGANNAAAAAAAGGGAGAAACGGGGNGAAA 2421 TTCGCTATTAATAAGTATTTAATGTTATTTGTTGTATAAATATTTGCAAACAAATCAATA | || | || | | ||| ||| | | | 1216 ANANAGGANANCAAAAAAGAAAAAANAGGNAGAACANGAATGNAAAAAAANAGGGAANNA 2481 AAAAAAGCTTTGAAGTTTTGTAATTCAACCTCAAAGCAATTATTATAAGTGATAGTAATA |||| | | | | | || ||| ||| | || || || 1276 AAAANNGGCGAAANGGAGAAGATATAAAAAAAAAANAAATANCANGGANCGAAAGNAAAG 2541 TTTTTATATACTATTCTAATTTTTTTCTTATTCATTAATAAGGTCGA | | | | | || | | || | | 1336 GAANGAANNAAAAAGNANAAAAAAGCNCANAAAANAAANANGAAGGAAAAAAGA

 

 

34

Muestra 8, procedencia Jalapa, cultivo papa

Fast alignment of DNA sequences 101220J1_07F_8Tint.seq and Beet leafhoper transmitted virescence phytoplasma.txt Ktuple=2 Gap_penalty=7 Upper line: 101220J1_07F_8Tint.seq, from 19 to 1218 Lower line: Beet leafhoper transmitted virescence phytoplasma.txt, from 7 to 2395 101220J1_07F_8Tint.seq:Beet leafhoper transmitted virescence phytoplasma.txt identity= 22.09%(268/1213) gap=49.96%(1211/2424) 1 GAGATTGNNCGGNTGNNATCTNNACCGCNGGATTTCCAANGNANNNACCNNGNCGACAAT | ||| | ||| | | || | 1 ............CTTCTTTCTTGTGCTTTAAATTCGTTTAGTAAGCACAATTAACGAGGT 61 CCGCGCTGCCNGNGGNAACANCCGGGTGGTNAANCCCAGGGGNNNANACACNGNGTGGNC | || ||| || | | | | || 49 GAAGCCGACCAAGACGCACAACCTCATTAATTCTACTTAATAAACAAAAACAAGAAATTT 121 CCANAGNNNGCCCCTNCCNCCNNCCGNNNCTNNCCCTNACCCCNTNNCTNGNCCNTNCCA | | | | | | 109 ATTTTAAATGTAACCTTATTATATAATAATTGCTTTTAATTGTCAATAAAATTTTGCACG 181 GGGATGTGNNCGNTTTNTNNCCNGNGNCCNNCCCACCCCNTGNNGNAAGATCNAGGCCCC ||| ||| | | | | | | || || 169 CGGAAAAAATATATTTTAACCTTCGGCGGCCTAAATCGCCGCGCGCAATATTATCCTTTA 241 CCCNTNNACCNGNTTATGGANTNNGTTNNCTCCC.......................... | | ||| | ||| 229 TCTTGAACCTTAAATATACTCTATAAGGCCTCAAATAGCTAAAATTCAAGACTTTATAGA 275 .........................................TTCNNNCGNGGCNTTNGGG || | || 289 GTTTATAATGGAAATATATATCTTTAACATAATAAATGTTTTTTTTATGAAATTTTCTTT 294 NCCCCNGANAANAAGATCNNGCCAAACCTCCCNCGGGGTCTCCGNNNCNAGGNTANCNTG | | || || || | ||| | || 349 TTATATTTAATTATAATAAAGCTAATAAAGGTAATGCAGAACCGCCACTAGCGACTGCCA 354 NGN...CANNCNNGCANNNNGATTGCCCNCANNGNACNNGGGN................. || | | || | || || 409 CAGCTCCAATACCTAAAGCTAAAGCGCCATAACCGACAAAGGTCATAATTTCTTCATTGG 394 ............................................................ 469 TTAAGCCTGATTTTGTGTTGTCATTATTAGTGGATGGCTGATATTGTTTTTTAGTTTCTA 394 .........................NGNNCNTACNCCACNGGCNGANTTNGNNGNCCGNC | || | | | | | 529 TACATAATAAAAACAAAAAGACTCTAGATACTAACGTTCCGCGCAAATATCTAGAGTCTT 429 NGGGGGNGGGCCNNCCCNGGTAATTNTACANTCCNAGGNNACGTGCCNCGNGCGCGNNTC | ||||| ||| | || | 589 TATCATTTTAACATGTTTATTAATT.TACGGAACTTTAATACTATTGTTATTATAACATA

 

 

35

489 ACNCCNGGCTGGNTTGGGTNATTTCNAAGCANTANAAA...................... || | | || ||| || | 648 ACAAATTGAATGATTACAAGTTTTATAAATAAATTTGTTAATAAAAAATTTTGTATGAAA 527 ............................................................ 708 GAAAAAAATAGCGCGCGGTTTTTTATATAAAAAATGTCTGCATTTTATTTTGTAAATTGG 527 ............................................................ 768 TGGTGTCCTGGTGTCCTATATCCAAAAAGAAAGTAGTTTAGGCTTTGTTGTCAGTTTTGC 527 ............................................................ 828 TATGGTGTCCTGCATGGTGTCCCATGGTGTCCCGTGGTGTCCTGAAGTCAACCCTTTTTT 527 ............................................................ 888 TCCGTACATTGGTATTTTTTTACATCGGGACACCAGGACACCACTATTTATATAAACTAA 527 ............................................................ 948 ATGCAAACATTTTTTCTCTTTAAAGCCTCGTGCTTTTTTTTAATCTATTATTTCTACTTT 527 ............................................................ 1008 ATCTTTTCCGAATATTTCTATAGCTTTGTTTTCTAAATTTTCTCGATTTTCATTAGGTTG 527 ............................................................ 1068 AATTGCATTTTGATATATTCTATTTTTTTCTTCTTGTTCTTCTTTTGTTATATATAATTT 527 ............................................................ 1128 TTCATTTTTGAAAAAATGAAAAATTCCTTGACATTCTTCAATATATTTTTTATGTGGATT 527 ............................................................ 1188 TTTTTCATTGAAAGCCCAATTAAAAAAAGAATTTTTTCCGTACATTGGTATTTTTTTACA 527 ............................................................ 1248 TCGGGACACCATGGGACACCACTATTTATATAAACTAAATGCAAACATTTTTTCTCTTTA 527 ............................................................ 1308 AAGCCTCGTGCTTTTTTTTAATCTATTATTTCTACTTTATCTTTTCCGAATATTTCTATA 527 ............................................................ 1368 GCTTTGTTTTCTAAATTTTCTCGATTTTCATTAGGTTGAATTGCATTTTGATATATTCTA 527 ............................................................ 1428 TTTTTTTCTTCTTGTTCTTCTTTTGTTATATATAATTTTTCATTTTTGAAAAAATGAAAA 527 ............................................................

 

 

36

1488 ATTCCTTGACATTCTTCAATATATTTTTTATGTGGATTTTTTTCATTGAAAGCCCAATTA 527 ............................................................ 1548 AAAAAAGAATTTTTTCCTGGATTACAGATGATAATAGATAATTTGTTTTTATTTAGTGTT 527 ............................................................ 1608 AATAATGGTTGAAATTTATTCTTCCATACTGTCATTTTTTTTTGATTACAACCAATTATT 527 ..................................CCCNCCGGNCGGCNCCNGGTCCNACC ||| | | | | || 1668 CTTTTAGCATATTCTATTCCTTCAGGGTTTTGATCCCAATGATAGTAATTAGAATCATCC 553 ANGTCCTCCTGGAAGTNGNNCTGTCGTCACNNCACCGATTCAGCAGNAGGGCCGGCNNTC | || | | | ||| | 1728 AAAATATCAATATCAGCATTATCATTATAATTGTCAAATTTTAATTTACCTGATATTAAA 613 AGCTNATGGTCCNTATTGGGNGGTGANGATGGTGGNATAANNCNCCGNCCNGCGNTGCNC | ||| | | | ||| | ||| | | 1788 TTAAATTTAATTTTATGATGTTTTAAAAATGATTTAATATGTTCTGTTTTACCAATTTTT 673 CCCTATGCCGCGGNGCCGTCCTCNCGCGGGNAGCNCNGACNNACCNCGCGCNGGNNGTNN | | | | | || | | 1848 GCTCCTCCTTCAAGAATAATTGGCTGTGGTCTTTTTCCTTCTTTAACTGTTTCCACTTGT 733 TGGAGAACAACNNGGCGCGCGGCNCTGCGCNCGNGTNNCGCGGGGCGCACCCCCTTCGCG | | || | | | | | | || | | || 1908 TCTAAAATATCTTGTTGAAGATGAATTAAAACAGGTAAATCATTTTTAAAGGTATTAAAA 793 CGGNCNGACGGACNNTCNGTNNNNCNCNGGCGCGGNCGNGNNCNCGCCCCNGNNCGGCAG | | || | | | 1968 TCTTCTATATCATCTTCATTTAAATCATTATTTAATTTTTCTCTTGTAAAATATTTTTTT 853 CGCNTGCGTCNCANCNCGGTCGTGNNCNCGNNCGNNNTCGGCNNCNCNGGTGCACGCTCT | ||| | || | | | | || | 2028 AAAATACGTT....CAATTTCAGCAATTCTTTTAAATTTTTCTTTGGGTGGTTTTTCTAT 913 NNCACAACTCGCGGNACCCCNGTGTGCACAGGGNNCCCTANCCCCGTGTTNCACACCGCG | || | | ||| | | | | ||| | 2084 AAAAAAAACATCTATTTCGTTTGAAGCATCTTGAGTAGTCATGTTTTTATCAACATGCCA 973 GT...GCGCACTANAGGCCCGGCGCGCCCCCCCCACGNCGATNCNCCCCGCGACCCGNTN || | || | | | | 2144 AAAACGCTCTCTTAAATTTTCTACATAATTATAGAATTGTTCTTCAAGTTCTTTGGCATT 1030 CGCNACCCCANANCCCCNCGGTCTCCACTCACCCTNGGCCTAGGNGGCACAGCCNNGTTA | | | | | | | || | | 2204 TTGTTCTTGAATATTATTAATAATAGTTGAGGATTTGCCTAATTCTATCCATTCAAAATC 1090 ANN...TTCTAANCATGCCCCAGGANNAANNGCCNNCTNNCNNNNNCNNNCCCNTAAAAG | |||| | | | | | |||| 2264 ATTATCTTCTTTTATTTCTTTTTCAAAAGATTTAATAGTTCCTTTTAAAGGTTCAAAAAT 1147 GGGGAAANTANGATGTTTGATGCNTGGCNCANTATAANNCTGTGCCGGNAGNGNNNNAGN || | | || | || || | ||

 

 

37

2324 AGGTTCATCATCATTAATAATAAAATTATCAATGCTTTTAAAATTAGGTTTTTTGTCTAA 1207 NAGNNNNNNNNATCNNNNNNNNAA | | 2384 AATTAATAAAACAGTTGTTGTTTTATCTTTTTTATTTTTCGCTATTAATAAGTATTTAAT Muestra 9, procedencia Jalapa, cultivo papa

Fast alignment of DNA sequences 101220J1_07G_9Tint.seq and Purple top phytoplasma.txt Ktuple=2 Gap_penalty=7 Upper line: 101220J1_07G_9Tint.seq, from 15 to 1193 Lower line: Purple top phytoplasma.txt, from 9 to 1339 101220J1_07G_9Tint.seq:Purple top phytoplasma.txt identity= 22.64%(269/1188) gap=11.87%(160/1348) 1 NNGNTGTGCNCAATTGTTTTTCANTTTCTTNATCTCCGANCANTACCACCTCCCTNCNNN || | || | | | | | || | ||| 1 ......GGCTTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAAGCAATCTG.CCTTTAAGACGA 61 GNNTNCTTTCNTCTATTTTCTTCTTTTNTTANCNTCTNTTTTTAACCACATANTCNNNTT | | | || || | | | |||| || || 54 GGATAACAGTTGGAAACGACTGCTAAGACTGGATAGGAGATAGGAAGACATCTTCTTATT 121 TGTTTTTCNNANATTCNTNCTTTTNTTTCCCNTTNGCCCNTTNCTTTACCNNTTCTTNGA | | | | | | | || | | || | | 114 TTTAAAAGAACTAGTAATAGGTATGCTTAAAGAGGAGCTTGCGTCACATTAGTTAGTTGG 181 ACTANCCNAATCCTCCCNTTT.TNNCGCCCTCNTTNCTCCTTTCTNCNTTGCTCCGGTCN || ||| || | || | 174 TAGGGTAAAAGCCTACCAAGACTATGATGTGTAGCCGGGCTGAGAGGTCAAACGGCCACA 240 NCCNCNNTTTCTANTTTNTTTCNCTCCTTNNGNCGGTTTTTTTTTCTCTCGNCCCNTAAT | ||||| | || | | ||| 234 TTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAAGGAATTTTCGGCAAT 300 TTTCCCNTTCNTTCNTCGGTTTCGGNGTTTCNNCCCCNCCCCTNTTGNNTTTATTTCCTT | | || | | | || | | || 294 GGAGGAAACTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAACGATGAAGTATTTCGGTACGTAAAGTT 360 TTTTTTTTTCTNTTANCCNNNTNCNNGGGNCCTTCTCCCCTTCCCCNTTNNTATTCAAAA |||| || | | | | | || 354 CTTTTATTAGGGAAGAAAAGATGGTGGAAAAACCATTATGACGGTACCTAATGAATAAGC 420 TTTTNCCNNTCTTNCTANACCATN.................................... | | | || 414 CCCGGCTAACTATGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACATAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAAT 444 ............................................................ 474 TATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTAAATAAGTTTATGGTCTAAGTGCAATGCTCA

 

 

38

444 ...TTTTTTTTCTTGTGTNNAAGTTTCCNNTAGCNTCGNNNNNGNTCTNNTTCATTCCTA || | | || |||| | | | ||||| 534 ACGTTGTGATGCTATAAAAACTGTTTAGCTAGAGTTGGATAGAGGCAAGTGGAATTCCAT 501 NCTCNGNNTTCATNTTNATTTTTNTTTCTCNCNACAGCNNCACCCCTTCTATCA...... | | | | | | | | ||| | | | | 594 GTGTAGTGGTAAAATGCGTAAATATATGGAGGAACACCAGGAGCGAAGGCGGCTTGCTGG 555 ...............................................NGGTCNTCTTTTA | | || || 654 GTCTTAACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTA 568 AGTTTNGNNNTCTTTNCTCNCTCCTTCTCTCTCTCTGTCCNNGGTNNGCNGGTTTNTCTT | | | | || | | | || ||| 714 GTCCACGCCCTAAACGATGAGTACTAAACGTTGGGTAAAACCAGTGTTGAAGTTAACACA 628 ATATTTTANNTTGCCCGTTGCGCCTNTTCTCCCCCCCCGTTNCANCATNNTCNNTTCCNN || | | | | | | 774 TTAAGTACTCCGCCTGAGTAGTACGTACGCAAGTATGAAACTTAAAGGAATTGACGGGAC 688 CNTCCNCTTTNTCANNNTTNGCNTCCNATCTNTATNNNCGGCCTCNNTTTTGCACTNTTT | | | | | || ||| | 834 TCCGCACAAGCGGTGGATCATGTTGTTTAATTCGAAGGTACCCGAAAAACCTCACCAGGT 748 NTTCCNNTTCTCTTTTTGTTCTCNCCTCTTNTNTTTTNTTGNATTTNNNTTCTCCCCCGG || | || || || | | || | 894 CTTGACATGCTTTTGCAAAGCTGTAGAAATACAGTGGAGGTTATCAATTGCACAGGTGGT 808 NGANGACNGTCNCTCGCCCTGGACNCACCCCCCNTCCACCCCNCCCNTTTTTGGTTNCCN | | ||| || | | | ||| | 954 GCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAAC 868 AANTCGTNTNTNTAACNNGANNNTCNTNNCGGNNNANACCTCNNNNGNGAANNNNCNCNN | | | | | | | | || | | 1014 CCTTGTTGTTAATTGCCAGCATGTAATGATGGGGACTTTAGCAAGACTGCCAGTGATAAA 928 NNTNNNTNNNNNNNNCNNNACNNCNNNNNNNCGNNNNCNCNCNNNNCACNNNNNNANNNT || | | | | | 1074 TTGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACAAACG 988 NNAANCNNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNCANNNNCNCCNNNNNTNGNAGNNGGGCGCANAA | | | | | | | | | | || 1134 TGATACAATGGCTGTTACAAAGGGTAGCTAAAGCGCAAGCTTCTGGCGAATCTCAAAAAA 1048 CCNGTNTNTTTNTGNGGTTGNGNANNGGTANCGNCCTNNNCCTNNNCCACCCCNTNNCAT | || | | | | | || | | | | | | 1194 GCAGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAA 1108 GGGCTTGTTTGAGGGTTAACCCGAGCCCGTAGAGCAGNNNGCNTGAACNCGTTNGAGNNG || | | || || ||| | | || | 1254 TCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGGTTTGTACACACCGCCCGTCAAA 1168 AGNANNNNNNACTNNNGTTGNGNNNACC | 1314 CCACGAAAGTTGGCAATACCCAAAACCGGTGGCCTAACTTGAGCAATCAAGAGGGAGCCG

 

 

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Muestra 10, procedencia Salamá, cultivo tomate

Fast alignment of DNA sequences 10P1.seq and Purple top phytoplasma.txt Ktuple=2 Gap_penalty=7 Upper line: 10P1.seq, from 9 to 1193 Lower line: Purple top phytoplasma.txt, from 67 to 1464 10P1.seq:Purple top phytoplasma.txt identity= 29.14%(347/1191) gap=17.06%(245/1436) 1 NNNCNTGNNNNNNNCATNNNNANNNNNNNNNCANANAAACNGNTTNANCNCCCCCCTGNN || | | | | | | 59 ACAGTTGGAAACGACTGCTAAGACTGGATAGGAGATAGGAAGACATCTTCTTATTTTTAA 61 CNCGGNTTNNAGCCCCCGCNCGNAANCAGNTCCCCTTTNTGGGGCNGNNNNGGGGAGGGG | | | || || | | || ||| 119 AAGAACTAGTAATAGGTATGCTTAAAGAGGAGCTTGCGTCACATTAGTTAGTTGGTAGGG 121 ACCNNCNGCTGGTAAGACCTTTTAACCANAANNNNNTATANNNNNACCNNNNNTNNTGNG || ||||| | | | | | 179 TA.AAAGCCTACCAAGACTATGATGTGTAGCCGGGCTGAGAGGTCAAACGGCCACATTGG 181 GNCCNANTGGGGGNCAGGGAANGGTGGANAAGGTGGTTNTTAAANAAACAAGGGGGGAAN | | || | | | | | || || | | || || 238 GAC....TGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAAGGAATTTTCGGCAAT 241 TTTGACANNGNGGACAAGNGGGTGCNCCNNGAAA....ANGGGGACGAGGATGGAGAGCG | | ||| || | ||| | | | | | | || 294 GGAGGAAACTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAACGATGAAGTATTTCGGTACGTAAAGTT 297 GGGACGATGATGGAGNANNAGGAGAGGCAGAAAANGGNGGATNNGGGGGTANAAGAGGCT | | || | | || | || || | | 354 CTTTTATTAGGGAAGAAAAGATGGTGGAAAAACCATTATGACGGTACCTAATGAATAAGC 357 NANGAGGACNACCAGGCAAAAGAGGNNNGAAAGGGNCGGANGGAAATGGTGGACCGGNAG | | || | | || | || || || |||| | 414 CCCGGCTAACTATGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACATAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAAT 417 GGCNAGANGGTGAACANGGAGGGGAGGGAANGAAGGNNAAATCNGGTGNCGCAGNGANAA | | | | || || | | | | ||| | | 474 TATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTAAATAAGTTTATGGTCTAAGTGCAATGCTCA 477 NGGGAGGCNCTGGNTGGGANGGACGAGCTGGGNGACAGGGAGNAAGGAGGGAGAATNGGA | | | | | | | || || | | | 534 ACGTTGTGATGCTATAAAAACTGTTTAGCTAGAGTTGGATAGAGGCAAGTGGAATTCCAT 537 CNGAACGGGNGAGGAGGGNAAAACAAGGNAACANCNGGNGGAAAGATTGAGGAAAAANGG | | || | | | ||| | | | | | ||| || | || || 594 GTGTAGTGGTAAAATGCGTAAATATATGGAGGAACACCAGGAGCGAAGGCGGCTTGCTGG 597 GCNAAGGGGGAAAANTGGAATGCAAGGGNNNGNCAGGAAAACNGGGAAANNCGGNAANG. | || | || | | || ||| | | 654 GTCTTAACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTA 656 ............................................................

 

 

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714 GTCCACGCCCTAAACGATGAGTACTAAACGTTGGGTAAAACCAGTGTTGAAGTTAACACA 656 ..............................AAGGGTGAANCCGAGACGNGGGNGAGGGAG ||| |||| | | | | |||| 774 TTAAGTACTCCGCCTGAGTAGTACGTACGCAAGTATGAAACTTAAAGGAATTGACGGGAC 686 ANGAATTGGGGGGCANAGGGGGGCNCNNGGAGGAGGATGANNAGACGGGAANNANAGGAG | || || | | | || || ||| | | 834 TCCGCACAAGCGGT.....GGATCATGTTGTTTAATTCGAAGGTACCCGAAAAACCTCAC 746 CAGGAANCAAGGGGGAGNGG..NAGGNNGGGAANGCAGNGGGANAAAAGNNATATNANAG |||| | | | || ||| ||| | || | || 889 CAGGTCTTGACATGCTTTTGCAAAGCTGTAGAAATACAGTGGAGGTTATCAATTGCACAG 804 GAGGNAGGGTGNNGTGAANNANGGGNAAGGNCAGGNGGNGGNAAGGGNTNANANAANGGG | || | || | | || | || | | | 949 GTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGC 864 AATNGGATGAGNGNGNGGGGANNGGNNNNACGTGGAANNGAAAAAGGAANTAGGGTGAGA | | | | | || || | 1009 GCAACCCTTGTTGTTAATTGCCAGCATGTAATGATGGGGACTTTAGCAAGACTGCCAGTG 924 GGANNAANGNGGNNAAAANGGAAAAAATNGGGGGGAAGGGGGGGGAGATTTNCAGGGNAN | | || ||| | | | | || 1069 ATAAATTGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG..ACCTGGGCT 984 GGAANGGGGNGAANCNAGGGGAAANGAAGGGGNGNAAAAAGAGGGGGAAAGGGGGGNNAC || | | | | | | ||||| | ||| | || | 1127 ACAAACGTGATACAATGGCTGTTACAAAGGGTAGCTAAAGCGCAAGCTTCTGGCGAATCT 1044 NAANCNAGGNATNAANGGAGGGGATNAN................................ || || | | || | | 1187 CAAAAAAGCAGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTTGGAATCG 1072 ............................................................ 1247 CTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGGTTTGTACACACCGCC 1072 ..................................GGGGGGGAAAAGAANGGAAAAANGGN || || || | || | | 1307 CGTCAAACCACGAAAGTTGGCAATACCCAAAACCGGTGGCCTAACTTGAGCAATCAAGAG 1098 GGG......TANGNANAGGGGGAAGNNNNGGAANNANTGANANNANNANAAGGGAGGCCG || || | || || | || | | | | | |||| 1367 GGAGCCGTCTAAGGTAGGGTTGATGATTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCCTAGCCG 1152 ACNNGANGGGGCNGAGAGAATAANGGNAAAAANGTANANNAANAGANNATGGNNGAGAGA || || | || || || | | | 1427 ....GAAGGTGGGGATGGATTACCTCCTTTCTAAGGAAAAAGTTATCATCTTCAGT

 

 

41

Muestra 11, procedencia Salamá, cultivo Tomate

Fast alignment of DNA sequences 11P1.seq and Purple top phytoplasma.txt Ktuple=2 Gap_penalty=7 Upper line: 11P1.seq, from 50 to 1212 Lower line: Purple top phytoplasma.txt, from 32 to 1194 11P1.seq:Purple top phytoplasma.txt identity= 26.19%(307/1172) gap=5.02%(62/1234) 1 AAACNTNNNNNNNNNCNNNNNNAANCNNNNNNANAANTNTNNTGGNTTNNNCCTCCCTCC | | | || | 1 ..................GGCTTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAAGCAATCTGC 61 TTTGNAGNTTGGTTTCCANCGCCCGNCANNNAATTANATACCCCTTTAAGANCCNTGCCC || || || | | | | | || 43 CTTTAAGA...............CGAGGATAACAGTTGGAAACGACTGCTAAGACTGGAT 121 TGGGGAGGGGAACAACNGCTGGNAACGGCNGCCTANCANAACGNGGGGGGGTTAGACCAC || || |||| | | | | | || | | | | 88 AGGAGATAGGAAGACATCTTCTTATTTTTAAAAGAACTAGTAATAGGTATGCTTAAAGAG 181 ANGCGAGAAGGGGGTGAGGGNGANTCCCGGAG..AATNAGNANGNCCCTATATAAATNAG || | | || | || || |||| || 148 GAGCTTGCGTCACATTAGTTAGTTGGTAGGGTAAAAGCCTACCAAGACTATGATGTGTAG 239 ACGGGNATATGAGANCNCANGCCTTTTTTAATGTCTGTGGAGATGTGNGCCCATGTTGCN |||| | | ||| || | | | | | | | 208 CCGGGCTGAGAGGTCAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGA 299 NNCNGAANCACGGAAT............AGNAGNGCGTGGGGCTATNAGNCCTGGANANG | | | | ||||| || | || | || | | 268 GGCAGCAGTAAGGAATTTTCGGCAATGGAGGAAACTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAAC 347 AGGATGAGNGTANCTCTGNTAAACACAANCCTGANGGGAATNGANTGTNGGGGAC..... | |||| ||||| | | | ||| 328 GATGAAGTATTTCGGTACGTAAAGTTCTTTTATTAGGGAAGAAAAGATGGTGGAAAAACC 402 ...NTGACGGACCNGAAGGNGGCNGCNTCTNTTCATNAAAGNNNACNNCTACACTTCATN |||||| | || | || | | | | | | || 388 ATTATGACGGTACCTAATGAATAAGCCCCGGCTAACTATGTGCCAGCAGCCGCGGTAATA 459 TTGGNGACGGNGGGGGGGTNNNAATTCTGTAGGAANGNNNNNGGTTTTGGTAGTCAAGNN | | | | | | | | || | | || || || 448 CATAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTAAATA 519 GGGNGATNGANNCCACNNNAAAGTAGGGNGGTTGGNNGGATAAGGANGNNCNAACTNATN | || | | | || |||| | | || 508 AGTTTATGGTCTAAGTGCAATGCTCAACGTTGTGATGCTATAAAAACTGTTTAGCTAGAG 579 GAATATAATGGTNNATCATNTTNGCANTNGTANGGTCTGAATGGNGAAATNNAGNTTGNN ||| || | || | ||| | | || | | 568 TTGGATAGAGGCAAGTGGAATTCCATGTGTAGTGGTAAAATGCGTAAATATATGGAGGAA 639 NNTCATGNGGNAANGACTTNGTAATACCCCTGGAATCNCTTTGGGGGGNGTNGAGGGGGN || | | || | | | | || | | |||

 

 

42

628 CACCAGGAGCGAAGGCGGCTTGCTGGGTCTTAACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGG 699 GGAATTNANTNAACNTGGNTNNGGGTNANGCGNGCCANGGGGNANCNCTCNNNATCCANG | | | || || | | | | 688 AGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGAGTACTAAACGTTGG 759 GGNAANNGNAATGGCCCATTTNCATNNCCCCNTGTNCNCGGGATTCNCNCNGGGGNAANN | || || || | | | || | | 748 GTAAAACCAGTGTTGAAGTTAACACATTAAGTACTCCGCCTGAGTAGTACGT.......A 819 CNCTNTTNTNTNNTAGNNNTCAANNTNNATGGGGANATTNTNTANGNGGTGGNAANTATT | | | | || | | || | || 801 CGCAAGTATGAAACTTAAAGGAATTGACGGGACTCCGCACAAGCGGTGGATCATGTTGTT 879 NTGANCGCANNGAAGGTNNNNNGCNCNNTTTTAANGGNGNNNTNTTTTCCNNNTTTTAGN || | | | | | ||| | | ||| 861 TAATTCGAAGGTACCCGAAAAACCTCACCAGGTCTTGACATGCTTTTGCAAAGCTGTAGA 939 NAGNAAANTTTTTNNGNGCNCCACGCNGGGTNNGNNNATTTNGNTAANNACNTGGGNANG | | | | || | || | | 921 AATACAGTGGAGGTTATCAATTGCACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTG 999 GCNNNNTTNNGTNNCAGNNNNTGGGAAANNNCATTNNCNTGGCACTNGANGGNNNCANGN | | || || | | | | 981 AGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTTGTTAATTGCCAGCATGTAAT 1059 CTTNGNANTGGCTCCGNGNNTCAAANAAAANAANTCNNCTTCGNNGCNGNAGNTCNAGGA | | | | | | | || | | | | | | 1041 GATGGGGACTTTAGCAAGACTGCCAGTGATAAATTGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAA 1119 AAGNNAGCCNANTTTCCNCCNNNANTNATCNNAGCNNGCGAGACCGGTNTNTNTATACTC | | || || | | | | || 1101 TCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACAAACGTGATACAATGGCTGTTACAAAGGGTAG 1179 TNGNNNNGTANTCTTNNCTATNTAGNANAANAAN | | ||| || || | 1161 CTAAAGCGCAAGCTTCTGGCGAATCTCAAAAAAGCAGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGC

Muestra 12, procedencia Salamá, cultivo tomate

Fast alignment of DNA sequences 12P1.seq and Purple top phytoplasma.txt Ktuple=2 Gap_penalty=7 Upper line: 12P1.seq, from 89 to 1252 Lower line: Purple top phytoplasma.txt, from 7 to 1457 12P1.seq:Purple top phytoplasma.txt identity= 35.43%(412/1163) gap=20.99%(309/1472) 83 GGATAAAGAAACCCCNTTNCGAGCCCNGTAAAGAGGAAGGGTGAACATCTGGCAAGGAAA || | || | ||| | | | | | | || 1 GGCTTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAAGCAATCTGCCTTTAAGACGAGGATAAC 143 CGNCCAGNAAAAGACCCCGAAAAGNGNAGGNNNNCTTTNGTAGGATTCCNACCCAAGGTA | | | | | | ||| | ||| | | 61 AGTTGGAAACGACTGCTAAGACTGGATAGGAGATAGGAAGACATCTTCTTATTTTTAAAA

 

 

43

203 GGGGCTNGGGTCTGAATTAGGCGNGGGGGTGAGGCAATATNTTAGGAAGGNGTATGATCA | | | || | || || | |||| || | | | 121 GAACTAGTAATAGGTATGCTTAAAGAGGAGCTTGCGTCACATTAGTTAGTTGGTAGGGTA 263 AATAGCCTGGTNAAACCANACNCAGGAACGGGACNNAGTAGGTTNAACNNCCANGTTGGG || ||||| | || | | | | || | || |||| ||| ||| ||||| 181 AA.AGCCTACCAAGACTATGATGTGTAGCCGGGCTGAG.AGGTCAAACGGCCACATTGGG 323 ANTGAGACNCGGNCAAAANTNCNAGNGGAGGCAAAAATNGGNAATTTTCGGCAATGGAAA | |||||| ||| | ||| | | | ||||||| | | | |||||||||||||||| 239 ACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAAGGAATTTTCGGCAATGGAGG 383 AAACTNTNANCGAGGANCNCNGGGGGAAAAATAAATTTTTTGGGTATGAAAATTNCTTNA ||||| | | |||| | | | | | ||| || || | ||| |||| | ||| | ||| 299 AAACTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAACGATGAAGTATTTCGGTACGTAAAGTTCTTTT 443 ATAGAACAAAAAAACGTGGTGGAAAAACAGTGTGGGANNTTTTNTAATGAGGAGGCCCNG || || |||| |||||||||||| | || | |||||| | |||| | 359 ATTAGGGAAGAAAAGATGGTGGAAAAACCATTAT.GACGGTACCTAATGAATAAGCCCCG 503 GGTAATNATGTGCCAAGCGNCCGGGATTGAANNCATGGGGGGGGCTAAGGNTT....... | ||| |||||||| | | || || ||| ||||| | 418 GCTAACTATGTGCCAGCAGCCGCGGT...AATACATAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAATT 556 .TTAGAAANNTATGGAGGNNAAAANGNTNACTNAAGACTNAANAAATAATTTTCTAAAAN || | | || | | | | | | | | | 475 ATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTAAATAAGTTTATGGTCTAAGTGCAATGCTCAA 615 TTAAGTTNNGGTGNAAAAAGGGNNATTATNGNTNTNAGAAACATTCNTGGAAAAGAAATA || | | ||||| | | | || || | || | ||| 535 CGTTGTGATGCTATAAAAACTGTTTAGCTAG.....AGTTGGATAGAGGCAAGTGGAATT 675 NAAAATTACCANNACNANNCCNNNAATNNNAAGGNTGNTAGAGGGNAAAAAANGTTTNTA | | | | ||| | | || || | 590 CCATGTGTAGTGGTAAAATGCGTAAATATATGGAGGAACACCAGGAGCGAAGGCGGCTTG 735 AANANCNNGGGAGGGAANAAAAATGNANNCGNNCAGGNNGGGNTTNNNNTTNGNATCTTT | | | || | || | | | 650 CTGGGTCTTAACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT 795 GGNNAAAAAANNNTNA...GNNNATTNAAAAACTNTGNCNTNCNCAGAGAATGNCNTTNN || | | | | | |||| || | || || 710 GGTAGTCCACGCCCTAAACGATGAGTACTAAACGTTGGGTAAAACCAGTGTTGAAGTTAA 852 NNNNGGNANNTNGNTTTNTNNCGTCNCNCNNTAAAANAATANNNGNGTANA.ANTTNNNG | | || || | | || | 770 CACATTAAGTACTCCGCCTGAGTAGTACGTACGCAAGTATGAAACTTAAAGGAATTGACG 911 GGGGNAAAAAAANTCCNTGNAATNGAAANAANGANNNNCANANNTAGTNACNNCCNGGNA || | | | || | | | | || 830 GGACTCCGCACAAGCGGTGGATCATGTTGTTTAATTCGAAGGTACCCGAAAAACCTCACC 971 GNAAATTANCNANNNAAGGNCNAAAGTATTNAAAAANGNNGAGGGGATAATTTNTACAA. || | | | || | | |||| || | || ||| 890 AGGTCTTGACATGCTTTTGCAAAGCTGTAGAAATACAGTGGAGGTTATCAATTGCACAGG

 

 

44

1030 ............................................................ 950 TGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCG 1030 ............................................................ 1010 CAACCCTTGTTGTTAATTGCCAGCATGTAATGATGGGGACTTTAGCAAGACTGCCAGTGA 1030 ...........AAAAATNCGGAAAGAAANACNNGNGGGANCAATTTNTNGATNATCTTNT || | | | | || | || 1070 TAAATTGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACA 1079 TGAAANNNACNACGGANAAAAANNNCTT................................ || | || | 1130 AACGTGATACAATGGCTGTTACAAAGGGTAGCTAAAGCGCAAGCTTCTGGCGAATCTCAA 1107 ............................................................ 1190 AAAAGCAGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTTGGAATCGCTA 1107 ............................................................ 1250 GTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGGTTTGTACACACCGCCCGT 1107 ..AATCAGGGNNCTTGTAAAAANANAANTAGAGAAGAANTNGTNANAAGAATAAATNTGN || || | ||| || | || | | | | || | 1310 CAAACCACGAAAGTTGGCAATACCCAAAACCGGTGGCCTAACTTGAGCAATCAAGAGGGA 1165 AGNGAANNNGATTTANNAACNAAAAAAAAAAAAAGANGAGANNNGTTNAAAAAGANAANT | | | | || | || || 1370 GCCGTCTAAGGTAGGGTTGATGATTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCCTAGCCGGAA 1225 ATAATANTAANATCATNTANAAATANNAAAAA || | | ||| 1430 GGTGGGGATGGATTACCTCCTTTCTAAGGAAAAAGTTATCATCTTCAGT Muestra 13, procedencia Salamá, cultivo tomate

Fast alignment of DNA sequences 13P1.seq and Purple top phytoplasma.txt Ktuple=2 Gap_penalty=7 Upper line: 13P1.seq, from 9 to 1219 Lower line: Purple top phytoplasma.txt, from 58 to 1469 13P1.seq:Purple top phytoplasma.txt identity= 27.58%(334/1211) gap=19.00%(284/1495) 1 .................................................ACCCNTGNNNN || 1 GGCTTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAAGCAATCTGCCTTTAAGACGAGGATAAC 12 NNNCGTNNNNNNCNGCCCNCNCCAGNATCCTTCCTGA...NCCTCCCGGCNTGGGTNTGT | | || | | | | || | | 61 AGTTGGAAACGACTGCTAAGACTGGATAGGAGATAGGAAGACATCTTCTTATTTTTAAAA 69 TTTTAGTTGNCGGCACGGAATAACATANCNNTTTAAGACCCCTGCCCATGGGGAAGGG.. | | | ||| || | | | || ||||

 

 

45

121 GAACTAGTAATAGGTATGCTTAAAGAGGAGCTTGCGTCACATTAGTTAGTTGGTAGGGTA 127 ............................................................ 181 AAAGCCTACCAAGACTATGATGTGTAGCCGGGCTGAGAGGTCAAACGGCCACATTGGGAC 127 .GAACAACGGCTGGAAACAGCANNCTANCAGACCGGGGACGANTTANCNCANGGGGGGAT || ||||| || | | | | | || || || ||| 241 TGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAAGGAATTTTCGGCAATGGAGGAA 186 NCCNCCCNGAGGGGGGGCTCNCGGTCTGATTAGCTANTTGGTAAAAGAAATAGCTTNCGA | | || | ||| | || || | | ||| ||| 301 ACTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAACGATGAAGTATTTCGGTACGTAAAGTTCTTTTAT 246 AGGNGAT..................................................... | || 361 TAGGGAAGAAAAGATGGTGGAAAAACCATTATGACGGTACCTAATGAATAAGCCCCGGCT 253 ............................................................ 421 AACTATGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACATAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGG 253 .......................AATTAGTGGCTGGTTANAGCACACGGCAAAAAGNGNC ||| ||| |||| || || || || | 481 CGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTAAATAAGTTTATGGTCTAAGTGCAATGCTCAACGTTGT 290 NATGTTTCGGCGGGANCCACG...GAGNAGANNGGNGNCACAGNANANAANACTTGGNNN ||| | | ||| | | | || | | || 541 GATGCTATAAAAACTGTTTAGCTAGAGTTGGATAGAGGCAAGTGGAATTCCATGTGTAGT 347 ACGTAANATGATNGAAATCNNCGATAACGAGAAGANAGAGGGNCGAGNGCCGGG....NA || | | || ||| | || || || | || ||| | 601 GGTAAAATGCGTAAATATATGGAGGAACACCAGGAGCGAAGGCGGCTTGCTGGGTCTTAA 403 GCGACCNGACGGTCNAAACAAGGNGNCTGCNTGATNNTCATGCAGNAGAGANNAANATAN ||| || || | | || | | 661 CTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACG 463 CACNCGAAANTNTGGNGANNGGTGGGGGGGANNTCANNNATTCTGTACGAANGNACTATN | | | | | ||| | || | || | | 721 CCCTAAACGATGAGTACTAAACGTTGGGTAAAACCAGTGTTGAAGTTAACACATTAAGTA 523 GAGGNNTNGACNANTNNAAGNGNTNCTGAGAATTGNACCCAATCNNGNAGNAAGNACGTG || | | | || || || || | | || 781 CTCCGCCTGAGTAGTACGTACGCA....AGTATGAAACTTAAAGGAATTGACGGGACTCC 583 TTNCNNCGNGAGATNNNATGANCNNACTCATCNAATATATGNAATATCANNGNNNNAGTT | | | | | || | || | | || 837 GCACAAGCGGTGGATCATGTTGTTTAATTCGAAGGTACCCGAAAAACCTCACCAGGTCTT 643 ACANGGGGTTTTAAATGGGGANANTGAANCTCGAANNANNATNANGGAAANGNNNTNNGN | ||| || | | | | | | | | | 897 GACATGCTTTTGCAAAGCTGTAGAAATACAGTGGAGGTTATCAATTGCACAGGTGGTGCA 703 AAAGTNCCNGNNNNNACCCCCCANAGNGGNGGGTTAAAAGGNGNGANGAAATTCNAANCN | | | || | || | || | | | | | 957 TGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT

 

 

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763 AAAGCNNNGGGNNNAGAATTTAANANCGGAGNNCAAGGGNNANCCTNNNAAGNNNNANGC || || ||| || | | | | | 1017 TGTTGTTAATTGCCAGCATGTAATGATGGGGACTTTAGCAAGACTGCCAGTGATAAATT. 823 NANGGNAAANNNGTNGGGCACAATNANCAANCCNNNANAATATNCAACGTGGAATNGCCN || | || | | | | | | | || 1076 ...GGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACAAAC 883 ATNCGANGGAANNNCNCTNTNANAGNNNGANNNTNTNACNAGTCCAAAGTGGNTNAAAAN | | | | | || | | |||| 1133 GTGATACAATGGCTGTTACAAAGGGTAGCTAAAGCGCAAGCTTCTGGCGAATCTCAAAAA 943 NNNACTCNT.....GGNGNANACAAANNAATNTGNTANCATGGGAANNNTNNTCGGNCCN | || || | || | |||| ||| 1193 AGCAGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTTGG.AATCGCTAGT 998 TTTTTNTAATNGACANCCCTATTCNANAAANANNANGGNAACTNANTNNGNAATNACTGG | ||| || | | | || | | 1252 AATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGGTTTGTACACACCGCCCGTCA 1058 NNTT....NNATATCNCGTANTCANNTGNGCNGGNNNNAAANGNNAANNCNNNNCNCGGA | || || | || | | | | | 1312 AACCACGAAAGTTGGCAATACCCAAAACCGGTGGCCTAACTTGAGCAATCAAGAGGGAGC 1114 AATTNCNTGGTAAGGNTNAATGGANANANAACGNTGTANGTNNNGGGNNANAATNGGANN || | | | | || || || 1372 C........GTCTAAGGTAGGGTTGATGATTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCCTAG 1174 AANAGNTNCACCTCNTGNTATANNNCNNNGTATNGAANNGANGNTACNNCCTAGAAAAAT | | | || ||| | || 1424 CCGGAAGGTGGGGATGGATTACCTCCTTTCTAAGGAAAAAGTTATCATCTTCAGT

Muestra 14, procedencia Purulhá, cultivo tomate

Washington Potato Purple Top phytoplasma strain PPT-Wa8 16S ribosomal RNA gene, partial sequence Length=1504 Score = 334 bits (370), Expect = 6e-88 Identities = 299/391 (77%), Gaps = 3/391 (0%) Strand=Plus/Plus Query 170 ggnaactaaanggnntnttttnggtttttaaannaCNTTGTTNCNAAGGTATGNTTAANG 229 || ||| ||| || | |||| | |||||||| || || || | |||||||| |||| | Sbjct 140 GGAAACAAAAAGGCATCTTTTTG-TTTTTAAAAGACCTTCTTACGAAGGTATGCTTAAAG 198 Query 230 AGGGGCTNGNGCAATATTNTTTAGNTGGGAGGANAAAACCCTAGNAAGANCATAATGNGN 289 ||||||| | || | ||| |||| ||| ||| |||| |||| |||| || ||| | Sbjct 199 AGGGGCTTGCGCCACATTAGTTAGTTGGTAGGGTAAAAGCCTACCAAGACGATGATGTGT 258 Query 290 AACTGGACTGATAGGTTGAACANCCNCATTGGGACNGAGACACGGCCNAAANTCNNANGG 349 | ||||||||| |||||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||| || | || Sbjct 259 AGCTGGACTGAGAGGTTGAACAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGG 318 Query 350 GAGGCAANAATNGGGAATTTTCGGCAATGGAGGAAACTCTGACCGAGNANCNCCGCGGGA 409 |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||

 

 

47

Sbjct 319 GAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGGCAATGGAGGAAACTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGA 378 Query 410 ACAANGAAGNATTTGGGTNTGNAAAGTTCTTTTATTGanaaaaaaaaagtagtggaaaaa 469 || | |||| |||| ||| || |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 379 ACGATGAAGTATTTCGGTATGTAAAGTTCTTTTATTGAAGAAGAAAAAGTAGTGGAAAAA 438 Query 470 cnanagngncgttnttaantgaaanancnccggnananTATNTGCCAACACNCGNGGAAA 529 | | | | |||| || | |||| | | |||| | ||| ||||| || || || || Sbjct 439 CTATATTGACGTTATTCAATGAATAAGCCCCGGCTAACTATGTGCCAGCAGCCGCGGTAA 498 Query 530 GNACANAAGGGGCNGAGNNTNATCCNNAATT 560 | ||| | ||||| ||| | |||| |||| Sbjct 499 G-ACATAGGGGGC-GAGCGTTATCCGGAATT 527

Muestra 15, Control

Potato purple top phytoplasma PPT-AK1 strain AKpot1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence Length=1482 Score = 969 bits (1074), Expect = 0.0 Identities = 647/741 (88%), Gaps = 3/741 (0%) Strand=Plus/Plus Query 41 AANCCCCTTAATAGGTTTTAGTGGCGAACGGGCTGAGTAACACGNTNCGTTANCCTGCCT 100 || ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | || | ||||||| Sbjct 15 AAACCCTTTAAAAGGTTTTAGTGGCGAACGGG-TGAGTAACACG-TAAGT-AACCTGCCT 71 Query 101 TTAANACAAGNATAACANTTGGAAACGGTTGCTAAGACNGGATAGGAAACAAAAAGGCNT 160 |||| || || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | Sbjct 72 TTAAGACGAGGATAACAACCGGAAACGGTTGCTAAGACTGGATAGGAAACAAAAAGGCAT 131 Query 161 CTTTTTGTTTTTAAAAGACCTTCTTACGAAGGTNTGCTTAANGAGGGGCTTGCNCCACAT 220 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 132 CTTTTTGTTTTTAAAAGACCTTCTTACGAAGGTATGCTTAAAGAGGGGCTTGCGCCACAT 191 Query 221 TANTTAGTTGGTAGGGTAAAACCCTACCAAGACAATAATNTGTANCTGGACTGAGAGGTT 280 || ||||||||||| |||||| ||||||||||| || || |||| ||||||||||||||| Sbjct 192 TAGTTAGTTGGTAGAGTAAAAGCCTACCAAGACGATGATGTGTAGCTGGACTGAGAGGTT 251 Query 281 GAACANCCNCNTTGGGACTGAGACNCGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAA 340 ||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 252 GAACAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAA 311 Query 341 TTTTCGGCAATGNAGGAANCTCTAACCGAGCACCGCCNCGTGAACNATGAATTATTTCGG 400 |||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| Sbjct 312 TTTTCGGCAATGGAGGAAACTCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAACGATGAAGTATTTCGG 371 Query 401 TATGTAAAGTTCTTTTATTGaaaaaaaaaaaGTAGTGGAAAAACTATNTTGACNTTNTTC 460 |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| Sbjct 372 TATGTAAAGTTCTTTTATTGAAGAAGAAAAAGTAGTGGAAAAACTATATTGACGTTATTC 431 Query 461 AATGAATANCCCCCGGCTAANTATNTGCCAGCANCCGCGGTAAGACATAGGGGGCGAGCG 520 |||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 432 AATGAATAAGCCCCGGCTAACTATGTGCCAGCAGCCGCGGTAAGACATAGGGGGCGAGCG 491 Query 521 TTATCCNGAATTATTGGGCGTAAAGGGTGCNTANGCTGTTAAATAANTCTATAATTTAAT 580 |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||| Sbjct 492 TTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCTGTTAGATAAGTCTATAATTTAAT 551

 

 

48

Query 581 TTCAGTGCTTAACGCTNTCTTGTTATANAAACTGTCTTGACTANNGTGANATANAGGCAA 640 |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||| Sbjct 552 TTCAGTGCTTAACGCTGTCTTGTTATAGAAACTGTCTTGACTAGAGTGAGATAGAGGCAA 611 Query 641 GCGGAATTCCNTGTGTANCGNTAAAATGTGTAAATNTNTNNAGGAACACCANANNCNTNN 700 |||||||||| |||||| || |||||||||||||| | | |||||||||| | | | Sbjct 612 GCGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGTGTAAATATATGGAGGAACACCAGAAGCGTAG 671 Query 701 GCGGCTTGNTGGGTCTTTNCTGACNCTNANGCACNAANNCNTGGGNNNCNAACNNGATTA 760 |||||||| ||||||||| ||||| || | |||| || | |||| | ||| ||||| Sbjct 672 GCGGCTTGCTGGGTCTTTACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTA 731 Query 761 NATNCCCNGGTNNTCCNCNCC 781 || ||| ||| ||| | || Sbjct 732 GATACCCTGGTAGTCCACGCC 752

8 DISCUSIÓNES

La sintomatología observada en el cultivo de tomate y papa se caracterizan por el abultamiento en los lugares de inserción de la hoja, formación de tubérculos aéreos (para el caso de la papa), proliferación de brotes axilares, clorosis y una decoloración de las hojas superiores, las cuales tienden a tornarse moradas en algunas variedades, a partir de esto se realizó la determinación del agente causal, debido a que los microorganismos que provocan estos síntomas no crecen en medio de cultivo, para su determinación es necesario el uso de técnicas moleculares.

Según el análisis molecular utilizando los primers para PCR Clipo.F/O12c se determinó que la bacteria vascular Candidatus liberibacter solanacearum está asociada al cultivo de tomate, luego algunas de estas muestras se secuenciaron y al compararlas con la secuencia de Candidatus liberibacter solanacearum se determinó con mayor seguridad de que la sintomatología presentada por las muestras colectadas están siendo causada por éste agente causal, en el caso del cultivo del tomate.

Para el análisis molecular de fitoplasmas se utilizaron los primers universales para PCR P1/Tint dando como resultado positivo en muestras de ADN de papa y tomate, la muestras numero 3 y 10 corresponden a ADN de tomate colectado en purulhá, esta muestra al ser analizada para la bacteria y fitoplasma dio como resultado positivo para estos dos microorganismos, de aquí que surgió la inquietud de secuenciar este ADN para poder determinar que la sintomatología observada es provocada por los dos agentes y efectivamente en algunos casos existe la asociación de la bacteria y fitoplasmas con la sintomatología de la enfermedad.

También se realizó el análisis molecular al ADN del insecto llamado comúnmente Paratrioza (Bactericera cockerelli) el cual se cree que es el vector de la enfermedad, esta muestra dio como resultado positivo para Candidatus liberibacter solanacearum y también se secuenció y se determinó que este insecto puede ser transmisor de la enfermedad.

 

 

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9 CONCLUSIONES  

En el cultivo de tomate agente causal de la enfermedad conocida como Moradillo es: Candidatus liberibacter solanacearum y en algunos casos es provocado por fitoplasmas, el fitoplasma que se encontró asociado es el fitoplasma llamado Purple Top Phytoplasma.

Se realizó el análisis molecular y la secuenciación de ADN del insecto Bactericera cockerelli conocido comúnmente como paratrioza y se determinó que es transmisor de Candidatus liberibacter solanacearum, a partir de esto se puede concluir que la sintomatología de la enfermedad es provocada por un factor biótico.

Se determinó la presencia de fitoplasmas por medio de la técnica de PCR en plantas de tomate y papa con sintomatología de la enfermedad utilizando los primers para PCR P1/Tint, éstas muestras se secuenciaron y se determinó la asociación de la sintomatología con la presencia de fitoplasmas.

Se determinó la presencia del fitoplasma BLTVA en muestras con resultados positivo para fitoplasmas utilizando los primers específicos Fu5/BLTVAint.

Se determinó la presencia de la bacteria Candidatus liberibacter solanacearum por medio de la técnica de PCR en plantas con síntomas de la enfermedad conocida como Moradillo en el cultivo de tomate, no se encontró la bacteria en cultivos de papa, de las muestras con resultado positivo se secuenció su ADN y se determinó con mayor exactitud la asociación de Candidatus liberibacter solanacearum con la sintomatología de la enfermedad en tomate.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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10 RECOMENDACIONES

Para poder establecer un programa de manejo de la enfermedad en primer lugar es necesario conocer el agente causal y luego los factores que pueden influir en su transmisión como los posibles insectos vectores, malezas hospedantes de la enfermedad y de los insectos vectores, etc.

Al conocer el agente causal de dicha enfermedad se puede implementar un programa de manejo integrado de plagas con lo que se estará reduciendo el uso de agroquímicos con lo que se espera un menor impacto negativo al medio ambiente.

En los cultivos de tomate y papa se debe tener especial cuidado en el manejo del insecto llamado comúnmente Paratrioza (Bactericera cockerelli) ya que está asociado a la enfermedad, por lo tanto es necesario eliminar hospederos alternos, realizar rotación de cultivos, el uso de barreras vivas, entre otros.

También se recomienda realizar un estudio de distribución del vector y su análisis molecular para determinar la presencia del patógeno asociado al vector en cultivos de tomate, papa y cultivos alternos.

 

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