GUÍA RÁPIDA DEL PROGRAMA ImageJ/Fiji...

1

GUÍA RÁPIDA DEL PROGRAMA ImageJ/Fiji 1,46

Programa de análisis de imagen.

Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2018. Fernando González Andrés.

2


3

1. ABRIR UNA IMAGEN YA ALMACENADA EN FORMATO jpeg (jpg).

. Pg. 5

2. CALIBRACIÓN DE LAS MEDIDAS ESPACIALES Pg. 6

3. . BINARIZAR LA IMAGEN Pg. 7

4. ANALIZAR LOS PARÁMETROS MORFOMÉTRICOS Pg. 11

4.1. Seleccionar el tipo de análisis que se pretenden realizar Pg. 11

4.2. Ejecutar el análisis Pg. 12

5. RECUPERAR LOS DATOS *.csv EN UN ARCHIVO DE EXCEL Pg. 16

6. REALIZAR LAS MEDIDAS MANUALES Pg.


4


5

1. ABRIR UNA IMAGEN YA ALMACENADA EN FORMATO jpeg (jpg).

Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2016 Fernando González Andrés.

Se recomienda utilizar imágenmes que hayan sido guardadas en formato *.jpg

Una vez seleccionado el archivo, el aspecto que tiene la imagen que se abre es la que figura en la imagen de la derecha

6

2. CALIBRACIÓN DE LAS MEDIDAS ESPACIALES.

Señalar la “línea recta” en le menú de botones y dibujar una línea de longitud conocida, basándose de la regla que se ha fotografiado en la imagen.

A continuación en el menú desplegable Analyze señalar Set Scale. Indicar la distancia que previamente se la dibujado sobre la regla, las unidades en que está medida y señalar “Global” para que utilice esa calibración en todas las mediciones


7

3. BINARIZAR LA IMAGEN

3.1. El primer paso es cambiar el tipo de imagen a imagen en blanco y negro de 8 bit

Image Type 8-bit


8


3.2. Para binarizarla seleccionar la siguiente ruta en el menú desplegable

Process Binary Make Binary

9


3.3. Si la binarización automática no señala correctamente los elementos que se pretenden analizar, será necesario definir el umbral para el proceso de binarización de manera manual

Con esta opción se elige los valores de la escala de grises (0 a 256) que tras la binarización pasan a ser negros y los que pasan a ser blancos

ImageAdjust Threshold

10


La imagen superior indica la distribución de los niveles de grises en la fotografía.Desplazando el deslizador superior se señalará el límite inferior de la escala de grises que quedará seleccionado, y desplazando el inferior se señalará el límite superior

Deslizador que fija el límite inferior

Deslizador que fija el límite superior

11

4. ANALIZAR LOS PARÁMETROS MORFOMÉTRICOS

4.1. Seleccionar el tipo de análisis que se pretenden realizar

Analyze →Set Measurments


Se recomienda seleccionar los que se presentan en la figuraEl apartado “Shape descriptors” incluye los factores de forma

12

4.2. Ejecutar el análisis

E primer lugar se selecciona la forma “rectángulo” y se señalan los elementos del archivo de imagen binarizado, que se pretenden analizar


13

A continuación en el menú desplegable “Analyze” se elige la siguiente opción:

Analyze → Analyze particles


14


En la pantalla emergente hay que señalar el tamaño de objetos que se pretenden analizar

Además es muy importante indicar al programa que muestre los resultados

15


Tras presionar en la pantalla anterior el botón OK, se obtiene una ventana emergente con los perfiles de los objetos y otra con la base de datos de resultados, que se puede guardar en formato *.csv

16

5. RECUPERAR LOS DATOS *.csv EN UN ARCHIVO DE EXCEL


17

6. REALIZAR LAS MEDIDAS MANUALES

Señalar en la barra de botones superior el tipo de medida que se quiere realizar y posteriormente tomar la media en la imagen

Acontinuación en el menú desplegable pulsar Analyze→Measure


18


19

Cada medición que se realiza se va añadiendo de forma automática a la base de datos de resultados


GUÍA RÁPIDA DEL PROGRAMA ImageJ/Fiji...

Documents

Transcript of GUÍA RÁPIDA DEL PROGRAMA ImageJ/Fiji...