Fac pubmed

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Búsqueda de informacióncientífica

Prof. Dr. Armando PacherCETIFAC – Centro de Teleinformática de FAC

Bioingeniería UNER

XXIII Congreso Nacional de Cardiología

San Miguel del Tucumán

2004

2

Contenidos

PubMed – Medline

BIREME - Lilacs

3

Las charlas de este curso pueden continuar en forma virtual y permanente en el Foro de Informática en

Cardiología de FAC: [email protected]

El material proyectado por el Dr. Lombardo y el que se proyectará se colocará en la Web:

www.fac.org.ar/fec/cursofac/cong04

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Recordemos la necesidad de limitar las búsquedas

• Utilización de operadores lógicos

• AND

• OR

• NOT

Recordar la Teoría de ConjuntosConjunto A y Conjunto B

Intersección - Unión - Diferencia

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• Operador AND (= Y)

A Y Barrhythmia AND ventricular

material que incluya arritmia y ventricular

Limitar las búsquedas

Intersección

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• Operador OR (= O)

A OR Barrhythmia OR ventricular

material que incluya o arritmia o ventricular


Unión

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• Operador NOT ( = NO)

A NOT Barrhythmia NOT ventricular

trabajos que incluyan arritmia pero no ventricular


Diferencia

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Operadores AND OR NOT

• arrhythmia AND ventricular:

• encuentra trabajos de arritmia ventricular

• arrhythmia OR ventricular:

• encuentra tanto trabajos de arritmia como trabajos que tengan la palabra ventricular

• arrhythmia NOT ventricular:

• encuentra trabajos de arritmia no ventricular *

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Operadores AND OR NOT: combinaciones

• arrhythmia AND ventricular NOT ischemia:

• encuentra trabajos de arritmia ventricular sin isquemia

• arrhythmia AND ventricular AND treatment NOT ischemia:

• encuentra trabajos de tratamiento de arritmia ventricular sin isquemia

• arrhythmia AND ventricular NOT sustained AND treatment NOT ischemia :

• encuentra trabajos de tratamiento de arritmia ventricular no sostenida sin isquemia *

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Acceso a PubMed

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PubMed (Medline)

• Búsquedas simples: con o sin operadores AND OR NOT

• Utilización de “Limits”: acotación de los resultados• Journal Browser: para hojear revistas• Citation Matcher: ubica trabajos conocidos• MeSH Browser: búsquedas avanzadas• Clinical Queries: mediante categorías (therapy,

diagnosis, etiology, prognosis) y elección de sensibilidad y especificidad.

• Cubby: almacenamiento y actualización de búsquedas

Habilitar cookies antes de comenzar las búsquedas

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arrhythmia

Búsqueda simple: arrhythmia

15arrhythmia: 101.249 citas

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Si están habilitadas las cookies Hystory guardará lasbúsquedas y las mostrará en orden cronológico

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History: combinación de búsquedas

• Se utiliza el signo numeral # delante del número de búsqueda:• #2 AND #6• #3 AND (drug therapy OR diet therapy).

• Número máximo de búsquedas a almacenar: 100• Duración de la actividad de la cookie: ocho horas• Limpieza de búsquedas:

• Clear History

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Guardado de una búsqueda

• Click en Details• Clic en URL

• aparecerá la URL de la búsqueda• Guardar en Favoritos o Bookmarks

• No funciona si se utilizó History (pues dura sólo ocho horas)

19arrhythmia AND ventricular: 36.674 citas

Por defecto, si hay más de un término el operador es AND

20arrhythmia AND ventricular AND treatment NOT sustained: 15.608

21

arrhythmia AND ventricular AND treatment NOT sustained AND 2001: 1074

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Utilización de “Limits”

• campo de búsqueda (título, autor, etc.) • grupo etario• sexo• humano o animal• idioma• disponibilidad de abstracts• fechas de publicación o de indexación• tipo de publicación (ensayo clínico [clinical trial], editorial,

etc.)• La mayoría descartan PreMedline

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Agregando “Limits”

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Resultado con “Limits”: 31 citas

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Id. anterior, trabajos sólo de 2001: 7 citas

Traducción: buscar ensayos clínicos que tengan abstracs, publicados en 2001, sobre tratamiento en adultos de arritmia ventricular no sostenida.

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Tipos de artículos

• Clinical Trial • Editorial • Letter • Meta-Analysis • Practice Guideline • Randomized Controlled Trial • Review

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Subgrupos por edad

• All Infant: birth-23 months • All Child: 0-18 years • All Adult:19+ years • Newborn: birth-1 month • Infant: 1-23 months • Preschool Child: 2-5 years • Child: 6-12 years • Adolescent: 13-18 years • Adult: 19-44 years • Middle Aged: 45-64 years • Middle Aged + Aged: 45+ years • Aged: 65+ years • 80 and over: 80+ years

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Búsqueda por autor

• En el campo AUTOR introducir el apellido e iniciales, sin puntos ni comas:• smith ja • jones k

• Si se ingresa sólo apellido se buscará en todos los campos, salvo que este dato esté indexado en MESH o que se acompañe de [au]:• Yang encontrará Yin-Yang [MeSH] o Yang [Text Word]• Yang [au] sólo buscará en autores

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Descripciones de campo y tags [ ]

• Affiliation [AD]: datos de contacto• All Fields [ALL] búsqueda en todos los campos• Author [AU] búsqueda por autor• Entrez Date [EDAT]: fecha en que ingresó el artículo• Journal Title [TA] • Filtro [sb]

• loall[sb] – citas con liks externos• free full text[sb] - citas con full-text gratuitos• full text[sb] – citas a artículos full-text

• Etc., etc...• Información completa:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html#SearchFieldDescriptionsandTags

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Nombre de publicaciones

• Campo título• Título completo:

• Molecular Biology of the Cell• Abreviatura de Medline:

• mol biol cell• El número ISSN (código internacional estandard):

• 1059-1524 (ausente en publicaciones antiguas)• Título según aparece en el catálogo de NLM• Si hay [ ] o ( ) quitarlos:

• j hand surg [am] debe ingresarse j hand surg am• Exclusivamente títulos: [ta]

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Mapeo automático de términos

• Orden de búsqueda:• MeSH• Translation Table• Journals Translation Table• Author

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MeSH Translation Table

• Sistema de traducción automático• MeSH Terms• See-Reference mappings for MeSH terms• MeSH Subheadings• Publication Types• Pharmacologic Action terms• Sinónimos o equivalentes en inglés

• Si el término ingresado tiene un equivalente en esta tabla, la búsqueda se hará automáticamente en términos MeSH

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Journals Translation Table

• Sistema automático de traducción de nombres de publicaciones• Ingresando new england journal of medicine se hará la

búsqueda automáticamente como "N Engl J Med"[Journal]

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Uso de * y “ ”

• * Permite búsquedas de troncos de palabras• card* encontrará cardiac, cardiovascular, etc.

• “” buscan frases exactas.• Anulan el mapeo automático de términos

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Subcategorías de Journal/Citation

• Se obtienen mediante el agregado del prefijo “jsubset” y las letras de la subcategoría: • neoplasms AND jsubsete

• E citas o publicaciones sobre bioética• H Publicaciones de administración de salud• IM Index Medicus• N enfermería• Q historia de la medicina• S ciencias del espacioT• X HIV SIDA

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PubMed Central

• Búsquedas de publicaciones que tienen contenidos full text• Se accede desde PubMed Central o con los comandos:

pubmed pmc local[sb]Ejemplo: “sudden death” AND pubmed pmc local[sb]

Publicaciones con abstracts

• Comando: hasabstract • Ejemplo: “sudden death” AND hasabstract

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Journal Browser

• Herramienta para hojear publicaciones

• Se ingresa el nombre de la publicación, o la abreviatura correspondiente de MEDLINE o el identificador ISSN.

• Mediante “Limits” se elige el ejemplar buscado

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Ingreso del nombre de la publicación

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Codificación de la publicación

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Acceso a la totalidad de lo publicado: 17.965 citas

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Utilización de Limits: fecha de publicación

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Utilización de Limits: fecha de publicación: 55 citas

43

Citation Matcher

• Herramienta para buscar artículos cuando se dispone de la cita

• Se ingresan los datos conocidos en los diferentes campos

44

Cuando se conoce la cita bibliográfica

45

Cuando se conoce la cita bibliográfica

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Obtención directa cuando se conoce la cita bibliográfica

47

Busqueda de artículos que contenganen el título, abstract o en MeSH palabrascorrespondientes, seleccionadasmediante un poderoso algoritmo.Posee opciones, incluyendo combinacionescon búsquedas:

#3 AND english[la] Books y LinkOut rescatan abstracts de librosy links a sitios Webs relacionados

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MeSH Database Encabezados de Temas Médicos

• Herramienta de mayor complejidad y eficacia: aplica la lógica que utilizan los bibliotecarios.

• Cada cita en la sección de MEDLINE en la base de datos de PubMed es indexada con los Medical Subject Headings (o MeSH) que describen el tema contenido en el artículo.

• MeSH Database permite la búsqueda de citas por términos MeSH.

• Los términos MeSH se dividen en encabezados y subencabezados *

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MeSH Browser (actualmente Mesh Database con algunas diferencias)

50

Buscar el término MeSH

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Muestra los términos que tiene indexados

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Verificar el árbol y agregarlo (“Add”) a la búsqueda

53

Buscar subencabezados o subtérminos MeSH

54

Incluir subtérminos MeSH, de a uno por vez

55

Realizar la búsqueda en PubMed

56

Incluir límites si son necesarios

57

Verificar el esquema MeSH utilizado (Details)

58

Opción de guardar la búsqueda MeSH

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Ej.: Inmunología en la Enfermedad de Chagas congénita

• Escribir en "Search for:" el término a buscar (Chagas) y hacer clic en "Go"

• Elegir en el listado el término MeSH más adecuado (Chagas Disease) y hacer clic en "Browse this term"

• Arbol de categorías MeSH: clic en "Add this term to the Search using operator: AND"

• Hacer clic en "Detailed display" y agregar, de a uno por vez, los términos/subtítulos MeSH necesarios para acotar la búsqueda. Si es necesario, incluir "Limits” y/o “Add Terms”

• Hacer clic en "PubMed Search"

60Búsqueda compleja

61

Traducción de una búsqueda compleja

• ((((((Hypertension/drug therapy[MESH] AND Clinical Trial[ptyp]) AND English[Lang]) AND "adult"[MeSH Terms]) AND "human"[MeSH Terms]) AND ("2001/02/16 01.46"[EDat] : "2004/03/18 01.46"[EDat])) AND ("2004/02/16"[EDat] : "2004/03/17"[EDat]))

• Esta sería la traducción aproximada:

• "Buscar trabajos de marzo de 2004, sólo escritos en idioma inglés, que sean ensayos clínicos en humanos, mayores de 19 años, sobre el tema terapia con drogas de la hipertensión arterial”

62

Almacenamiento y actualización de búsquedas

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Registro en Cubby

• Nombre de usuario (3-10 caracteres alfanuméricos) • Contraseña: (6-8 caracteres alfanuméricos) • Recordatorio: Nombre de soltera de la madre o nombre de

una mascota• Anotar cuidadosamente: importan mayúsculas y minúsculas• El login dura 12 horas (necesita que estén activadas las

cookies)

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• Clinical Queries• Filtros de categorías, sensibilidad y especificidad

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Filtros de categorías, de sensibilidad y de especificidad

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BIREME-LILACS - Medline Latinoamericana”Herramientas similares a PubMed

Idiomas castellano, portugués e inglés

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Información general

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Límites

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Páginas de ayuda

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Páginas de ayuda

73

Similar a metodología MESH

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Categorías y subcategorías

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Categorías y subcategorías

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Conceptos finales(“para no marearse”)

Dr. Alberto Vázquez, XX Congreso Nacional de Cardiología, Córdoba, 2001

• Planificar una estrategia • No sentarse a la PC sin un plan;• escribir antes la búsqueda,• que no deberá ser ni muy amplia ni muy acotada;• abrir un solo frente por vez y agotarlo;• si se encuentra un buen trabajo, detenerse y leerlo ...

al otro día se hará una mejor búsqueda;• en PubMed escribir todo en inglés (ayudarse con un

buen diccionario y/o con sitios como HonSelect).

• No es difícil, pero hay que sumar “horas de silla”. *

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