GBIF, portales de datos, IPT, artículos de datos, Francisco Pando
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El Nodo Español de la iniciativa GBIF
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2
• Que es GBIF
• Implementación de GBIF en España
• Las colecciones como prioridad de GBIF
• Retos que plantea la explotación de la información de las colecciones
Sumario
El Nodo Español de la iniciativa GBIF y el papel de las colecciones en el mismo
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3
Iniciativa GBIF
• Es una iniciativa internacional, a 10 años vista, para hacer accesible por Internet toda la información disponible sobre los organismos vivos conocidos a nivel mundial (se ha hablado de GBIF como el “proyecto genoma humano” de la biodiversidad)
• A instancias de la OCDE (1996, MegaScience Forum)
• Los miembros ordinarios de GBIF son estados
• Los estados miembros se comprometen a establecer un nodo nacional de GBIF que –entre otras cosas-- será portal de esta información, además contribuyen económicamente a la inciativa
Global Biodiversity Information Facility
Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad
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4
•Junio de 1999: el Consejo de Ministros de la OCDE acuerda crear GBIF
•Marzo del 2001: GBIF nace oficialmente
•2002: La Secretaría Mundial del GBIF se instala en Copenague
•2003: Primer plan de trabajo anual de GBIF y primeras convocatorias de proyectos y contratos
Cronología de GBIF
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5
• Informatización de las colecciones de Historia Natural
• Tecnología e interoperabilidad de bases de datos
• Catálogo electrónico de nombres científicos
• Formación y cooperación
• “Species bank”: bases de datos con información sobre especies (descripciones, claves, imágenes, …)
• Biblioteca Virtual de la Biodiversidad
Programas temáticos
Iniciativa GBIF
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El catálogo electrónico de nombres de organismos conocidos para la ciencia posibilitará el enlace entre muchos tipos de bases de datos biológicas y no biológicas
Iniciativa GBIFContenidos y relaciones
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7
España firma el MoU
Plan de actuaciónAbril 2001
Resolución del MCYT
Sesiones informativas
Trabajos iniciales
GBIF.ES UC, arranca
De la voluntad política a la realidadGBIF en España
Febrero 2001
Invierno 2002
Otoño 2002
Julio 2002
Julio 2003
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8
Museo Nacional de Ciencias Naturales
Real Jardín Botánico
Resolución
del MCYT
Consejo Superior de Investigaciones Científicas
Nodo Nacional de GBIF
Unidad de Coordinación
Impleméntación
GBIF en España
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9
– Estructura en red (U. coordinación + centros y proyectos)
– Unidad de Coordinación dentro de un centro– Sin presupuesto para financiar proyectos
Propuesta de implementación
GBIF en España
ANEP
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10
El sistema de información del nodo español del GBIF está formado por una Unidad de Coordinación (UC) y por una federación de bases de datos integrada por los Centros Asociados a la Red (CAR)
GBIF.ES = UC +CAR
GBIF en España
• Acceso unificado
• Información distribuída
Los proveedores de datos retienen el control sobre los mismos
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11
Esta misión se plasma en las siguientes tareas:• Proporcionar soporte técnico (información, formación,
estándares, software y asesoramiento)• Asegurar la coherencia entre las iniciativas nacionales
y la arquitectura informática de GBIF, para garantizar la interoperabilidad
• Investigar como maximizar el valor de los datos, al desarrollar herramientas de análisis, validación y visualización de los mismos
• Recopilar y difundir información relevante para las colecciones y para el conocimiento y gestión de la información sobre biodiversidad
GBIF en EspañaUnidad de Coordinación
Misión: apoyar a las colecciones, centros y proyectos relevantes sobre biodiversidad para que participen en GBIF
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12
• Decisiones iniciales:– Nombre, logotipo, ubicación de la UdC, acuerdos de
cooperación con el CTI del CSIC, y con los departamentos pertinentes del MCYT (ahora MEC)
• Acciones iniciales:– Contratación de personal, instalaciones informáticas y de
comunicación, presencia Web (www.gbif.es), ...
– Plan de formación y apoyo, implementación de una plataforma DIGIR, herramientas de informatización, …
– Estado de las colecciones y proyectos de biodiversidad en España
• Proyectos:– 2 de “seed money” del GBIF
– 13 Acciones Especiales del Ministerio
GBIF en EspañaActividades
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13
• Conocer la situación • Establecer líneas de actuación y prioridades
Informe disponible en www.gbif.es Sobre la base de datos de BioCase
Colecciones: informe
En total:101 colecciones
47
30
49
18
5
0
0
1
0
10
20
30
40
50
60
70
80
Botánica Zoología Miscelaneo Microbiología
Número y tipo de las colecciones
Número de colecciones de historia natural Número de colecciones vivas
GBIF en España
Botánica 47 30 77
Zoología 49 18 67
Miscelaneo 5 0 5
Microbiología 0 1 1
Número de colecciones de historia natural
Número total de colecciones
Número de colecciones vivas
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14
3.550.805
8.299.1762.169.917
2.037.723
98.479
2.7748.000
0
Zoología Botánica Miscelánea Microbiología
Ejemplares informatizados Ejemplares sin informatizar
Zoología 8.299.176 3.550.805 11.849.981 30%
Botánica 2.037.723 2.169.917 4.207.640 52%
Miscelánea 2.774 98.479 101.253 97%
Microbiología 0 8.000 8.000 100%
Número total de ejemplares
Porcentaje informatizado
Ejemplares sin informatizar
Ejemplares informatizados
• Distinta magnitud según la disciplina • Esfuerzos de informatización en marcha
GBIF en EspañaColecciones: informatización
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47 herbarios y más de 4 millones de especímenes
GBIF en EspañaColecciones: Botánica
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16
49 colecciones y más de 12 millones de especímenes
98% de los especímenes en 12 colecciones
GBIF en EspañaColecciones: Zoología
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• Por el tamaño: posición intermedia• Por el número de colecciones: alta dispersión• Diferente situación entre la Botánica y la
Zoología en cuanto a:– Tamaño– Proyectos de informatización y acceso a datos
(Acciones especiales del MCYT: 13 = 9 +4)– Organización
GBIF en EspañaColecciones: puntos a recordar
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18
AHIM
• 1992: Primera reunión de trabajo (herbarios portugueses y españoles)
• 1994: Se constituye formalmente
• 2004: Miembros: 46 centros y 25 individuos
www.ahim.org
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19
• Boletín
• Foro de Internet
• Asamblea anual
• Exsiccata
• Viajes de recolección • Sitio Web
• Aplicación para informatizar colecciones
AHIM: actividades
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20
• Fauna iberica• Flora iberica• Flora Micológica
Ibérica• Flora Lichenologica
Iberica • Flora Briofítica Ibérica • Flora Phycologica
Iberica
• Proyecto Biota-Especies (Islas Canarias)
GBIF en EspañaProyectos de biodiversidad (en curso)
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21
GBIF en EspañaColecciones y proyectos
Proyectos Centros
Colecciones
Formación y cooperación
Informatización de las
colecciones de Historia
Natural
Biblioteca virtual de la biodiversidad
Tecnología e interoperabilidad de
bases de datos
Catálogo electrónico de nombres científicos
“Species Bank”
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22
• Informatización de las colecciones de historia natural
• Tecnología e interoperabilidad de bases de datos
• Catálogo electrónico de nombres científicos
• Formación y cooperación
• “Species bank”: bases de datos con información sobre especies (descripciones, claves, imágenes,…)
• Biblioteca Virtual de la Biodiversidad
Programas temáticos de GBIF:
Papel de las colecciones en GBIF
• Informatización de las colecciones de Historia
Natural
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23
Porqué las colecciones son prioritarias:
• Fuente primaria de información• Proporcionan la mayor y más fiable fuente de
información sobre la biodiversidad del planeta• Los ejemplares de las colecciones son falsables
– Calidad, reproducibilidad
… y GBIF es Ciencia
Papel de las colecciones en GBIF
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24
Colecciones de Historia Natural
• Base del trabajo
• Resultado del trabajo
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25
• Esta es la diferencia clave entre las colecciones y otras fuentes de información (Literatura, observaciones, base de datos a nivel de especies, ...)
La información esta disponible para ser revisada y reevaluada
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26
Información en las colecciones
• de personas
• de habitat / ecológica
• el ejemplar (est.
moleculares, biometría,..)
• histórica / fenológica
• taxonómica
• de localidad / distribución
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27
Para que sirven la informaciónde las colecciones
• “Para todo:”– Salud pública – Contaminación ambiental (DDT, Hg, …)– Agricultura (plagas, OGM, ...)– Pérdida de habitat– Especies invasoras– Cambio climático– …
Suarez, A.V. & Tsutsui, N.D. ( 2004). The Value of Museum Collections for Research and Society. BioScience 54 (1): 66-74
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28
Retos que plantean el uso de esta información
1. Acceso a la información de una colección
2. Acceso a la información de todas las
colecciones
3. Acceso a la información para la sociedad
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29
1. Acceso a la información de una colección
• Con base de datos múltiples índices múltiples usos
• Acceso tradicional a la información : n-1 tareas complicadas o imposibles
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30
• Al añadir los puntos correspondientes al resto de las colecciones ibéricas, aparecen áreas nuevas considerables
• Las colecciones, y por tanto su información, son un recurso distribuido. Los datos de todas la colecciones son necesarios
• Prácticamente la mitad de estos ejemplares (c. 6.000) se conservan en el herbario del Real Jardín Botánico, que es la colección de referencia para estos grupos
• Un caso: ejemplares de varios grupos de hongos (Aphyllophorales, Gasteromycetes s.l. y Myxomycetes) de la península ibérica: 13.500 registros (solo datos georeferenciados)
2. Acceso a la información detodas las colecciones
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31
Acceso unificado, información distribuida
Red GBIF
Precursores:
REMIB de
Conabio, México
TSA de
Univ. Kansas
2. Acceso a la información detodas las colecciones: la solución
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32
www.gbif.net
(Iniciado en diciembre 2003)
Provedores de datos:
•21 países
•4 organizaciones
23.880.960 registros
2. Acceso a la información detodas las colecciones: red GBIF
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33
Base para el acceso
unificado:
• Perfil común:
Las bases de datos de los centros – cada una con su propia estructura y sistema– se exportan a otra con el perfil de la red; una tabla con campos comunes que resultan accesibles de manera uniforme
• Estándares: www.tdwg.org
2. Acceso a la información detodas las colecciones: perfil común
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34
• Los usuarios de la información sobre biodiversidad se encuentran con el escollo de que la misma especie se puede citar con distintos nombres, o que un mismo nombre puede hacer referencia a especies (o conceptos de especie) diferentes
3. Acceso a la información para la sociedad
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35
Ejemplo: el helecho machoFl. iberica
Dryopteris filix-mas
Dryopteris affinis
ssp. affinis
ssp. borreri
ssp. stilluppensis
Dryopteris oreades
Dryopteris submontana
Dryopteris pallida
ssp. pallida
spp. balearica
Dryopteris carthusana
Dryopteris expansa
Dryopteris dilatata
Fl. Països Catalans Dryopteris austriaca
ssp. assimilis
ssp. dilatata
ssp. spinulosa
Dryopteris filix-mas
ssp. borreri
ssp. filix-mas
ssp. oreades
Dryopteris villarii
ssp. submontana
ssp. balearica
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36
ssp. affinis
D. affinisD. filix-mas
spp. filix-mas
D. filix-mas
D. oreades
ssp. oreades
ssp. stilluppensis
ssp. borrerissp. borreri
Fl. iberica Fl. Paisos Catalans
Ejemplo: nombres y conceptos
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37
By Nozomi Ytow & al.
Ejemplo: nombres y conceptosAbstracción y generalización
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38
• Koperski & al. 2000. Referenzliste der Moose Deutschlands: 45% de los táxones son inestables
• Clasificaciones vigentes alternativas:– Fl. iberica, – Fl. Països Catalans– Fl. Andalucía Occidental– Fl. Europaea– Med. Check List
5+
• Información implícita: Identificaciones en las colecciones no indican
la taxonomía usada
3. Acceso a la información para la sociedad: ¿Como de grande es el problema?
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39
Retos que plantean el uso de la información de las colecciones
11 Acceso a la información de una colección
11 Acceso a la información de todas las
colecciones
11 Acceso a la información para la sociedad– Se necesitan herramientas de visualización y
algoritmos que den cuenta de los posible conflictos de los nombres y de los conceptos de las identificaciones
– Es conveniente registrar la taxonomía empleada en las identificaciones, tanto en las etiquetas como en las bases de datos
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40
• Cada colección grande o pequeña es una pieza importante para entender y conocer la biodiversidad en la tierra a todas las escalas
• GBIF es la iniciativa que hace posible que las colecciones jueguen el papel que merecen en el conocimiento y gestión de la biodiversidad
• La misión del nodo español de GBIF es la de facilitar la participación en GBIF de colecciones y proyectos colaborando con ellos y aportando soporte técnico
• Sin colecciones no hay ciencia de la biodiversidad, sin ciencia, no hay buen conocimiento, sin buen conocimiento no puede haber ni buen uso, ni buena conservación de la biodiversidad
Conclusiones
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41
CréditosGBIF.ES, Unidad de Coordinación
Marisa EstebanSilvia LusaJesús FernandezDavid RodríquezIsabel Ortega
Nodo Nacional de BioCaseCarmen DieguezMercedes ParisFrancisco SastrónJorge Lobo