Edición y diseño de estructuras biológicas para la investigación.Un entorno de Software libre para Bio y Químico-Informáticos.

Carlos del Castillo Carlos del Castillo OrtizOrtizFélix Saavedra Félix Saavedra RodríguezRodríguez

IntroducciónIntroducción

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Proyecto basado en Java, de código abierto.

Plataforma visual informática para químicos y biólogos, basada en Eclipse Rich Client Platform (RCP).

Plugin que hereda la arquitectura y la funcionalidad básica de las interfaces visuales Eclipse, así como el sistema de ayuda, actualización de software, preferencias, una plataforma de despegue, etc.

Bioclipse está desarrollado con la colaboración de varios estamentos:

• “Proteochemometric Group”, departamento de bio-ciencia farmacéutica• Universidad de Uppsala (Suecia)•Grupo de Investigación en Informática Molecular de la Universidad de Colonia, por el Centro de Bio-informática (CUBIC).

IntroducciónIntroducciónDesarrollado especialmente para el estudio de cadenas de proteínas, moléculas, etc.

Se puede encontrar una larga lista de composiciones químicas pre-dibujadas más sencillas.

Bioclipse se conecta por Internet a varias bases de datos para actualizar y descargarse nuevos modelos.

Existe una extensa librería que permite modificar las estructuras e interactuar con ellas en dos y tres dimensiones.

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Bioclipse 1.0.1 (1 Febrero 2007)•CDK (bc_cdk)•Jmol (cb_jmol)•Biojava (bc_biojava)

Bioclipse 1.1.3 (21 Junio 2007)•Actualización plugins y scripts•RSS Feeds•Uso de BBDD relacionales•Mejora Interface de Usuario•…

Bioclipse 2.0 Beta (versión estable para primeros meses de 2008)

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1) 1) Prerrequisitos

El único requisito es tener Java 5.0Java 5.0 (o superior) instalado. Puedes descargarlo desde: Sun y seleccionar "Java Runtime Environment (JRE) 5.0".

2) 2) Descargar Bioclipse

Descarga la última versión de Bioclipse, desde:http://sourceforge.net/projects/bioclipse/

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3) 3) Instalación

Bioclipse se distribuye como un archivo ZIP. Se extrae el archivo en cualquier parte del disco duro local.

Se creara el directorio “Bioclipse". En este directorio, se encuentra el archivo ejecutable de Bioclipse en formato “.jar”.

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•La consola de Bioclipse muestra mensajes destinados al usuario.

•La ventana de propiedades muestra las características actuales de un recurso. (modificables)

•En el navegador de fuentes se encuentra la carpeta base o raíz. Si queremos cambiar la carpeta raíz, hacemos clic con el botón derecho y seleccionamos "Set Root folder" y tendremos un nuevo directorio base.

•Puedes cambiar el tamaño y mover los puntos de vista para que Bioclipse tenga el aspecto que quieras. El diseño quedara guardado para sesiones posteriores.

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•Importación y exportación en diversos formatos de archivo.

•Edición visual de estructuras moleculares en 2D.

•Visualización 3D de moléculas y proteínas.

•Edición y visualización de secuencias y características (ADN, ARN, proteínas etc.)

•Graficacion y edición de diversos tipos de espectros, ej. NMR, MS.

•Recuperación de los recursos (secuencias, proteínas, etc.), con datos de carácter público (en repositorios).

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•PDB- editor con resaltado de sintaxis para trabajar con archivos PDB.

•CMLRSS-visor para la descarga de productos o contenidos químicos publicados en la web mediante RSS-feeds.

•Chemtree para mostrar una vista jerárquica de subestructuras moleculares y macromoleculares.

•Visualizacion de propiedades quimicas.

•Poderoso lenguaje basado en Mozilla Rhino para la automatización de tareas.

•Conexión con programas externos, e. j. PyMol. 10

Se ejecuta en su computadora local, pero también da la posibilidad de comunicarse con servidores para la recuperación de datos y servicios de cómputo. La potente arquitectura se basa en Eclipse[2].

Destacamos tres principales aplicaciones, que son la edición de representaciones de moléculas bidimensionales, la visualización y programación de estructuras en 3D y la edición de secuencias de aminoácidos

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1. Nos colocamos en el navegador donde deseamos crear el directorio con el ejemplo de muestra.

2. En el menú, seleccionamos "Operations -> install sample data".

3. Confirmamos, y el directorio será creado en el titulo "Sample data", que contiene varios recursos para realizar pruebas.

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BIOCLIPSE EN COMUNIDADBIOCLIPSE EN COMUNIDADCódigo Abierto -> ComunidadCódigo Abierto -> Comunidad

DESARROLLODESARROLLO• Scripts• Plugins• Moléculas y Secuencias• Funciones• Interfaces• Tutoriales• Motores• Testing• BIOCLIPSE v.2.0

HERRAMIENTASHERRAMIENTAS• Repositorios• Blogs• RSS feeds• Foros• Chats

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•http://www.bioclipse.net

•http://wiki.bioclipse.net

•http://bioclipse.blogspot.com

•http://en.wikipedia.org/wiki/Bioclipse

•http://sourceforge.net/projects/bioclipse/

•http://bioclipse.softonic.com

•Menú Help/Help Contents.

•Canal IRC #bioclipse15

RUEGOS RUEGOS O O

PREGUNTASPREGUNTASGRACIAS POR SU

ATENCIÓN

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