DISEÑO PRIMERS

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UNIDAD PROFESIONAL INTERDICIPLINARIA DE BIOTECNOLOGÍA INSTITUTO POLITÉCNICO NACIONAL TEC. DE RECOMBINACIÓN GENÉTICA DISEÑO DE PRIMERS BUZZO GARCÍA ILSE RAMÍREZ MARTÍNEZ LORENA ESTEPHANIA 5BM1

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Tecnologías de recombinación genética

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INSTITUTO POLITCNICO NACIONALUNIDAD PROFESIONAL INTERDICIPLINARIA DE BIOTECNOLOGA

TEC. DE RECOMBINACIN GENTICA

DISEO DE PRIMERS

BUZZO GARCA ILSERAMREZ MARTNEZ LORENA ESTEPHANIA

5BM1

Introduccin No se puede mirar la historia de la bioinformtica sin describir inicialmente la historia de la biologa. En realidad son los bilogos y los bioqumicos quienes hacen su primer acercamiento a la tecnologa computacional como elemento fundamental para su trabajo diario.La biocomputacin ha sido la base para ayudar en las grandes investigaciones sobre la vida; el diagnstico gentico por ejemplo tiene mucha influencia en la vida de todas las personas pero la mayora de la gente no est enterada de ello.La tecnologa proporciona un elemento terico y proporciona las herramientas prcticas, para que los cientficos puedan explorar las protenas y el DNA.Desde el principio de los aos 90, muchos laboratorios han estado analizando el genoma completo de varias especies tales como bacterias, levaduras, ratones y seres humanos. Durante estos esfuerzos de colaboracin, se han generado cantidades enormes de datos los cuales se recogen y se almacenan en grandes bases de datos, la mayora de las cuales son publicadas y accesibles.Adems de recopilar todos estos datos, es necesario comparar estas secuencias de nucletidos o de aminocidos a las semejanzas y a las diferencias de cada hallazgo. Puesto que no es muy conveniente comparar las secuencias de varios (cientos) nucletidos o aminocidos de manera manual, varias tcnicas de cmputo fueron desarrolladas para solucionar este problema. Adems, stos tienen menos errores que un acercamiento de manera manual. El uso de tcnicas de cmputo para analizar datos biolgicos se refiere como Biocomputing o Biocomputacin.El incremento exponencial en la cantidad de secuencias disponibles, as como la complejidad de las tcnicas que emplean los ordenadores para la adquisicin y anlisis de datos, han servido para la expansin de la bioinformtica.

Bioinformtica o Biologa Molecular Computacional: investigacin y desarrollo de la infraestructura y sistemas de informacin y comunicaciones que requiere la biologa molecular y la gentica (Redes y bases de datos para el genoma, microarrays). (Informtica aplicada a la biologa molecular y la gentica)Biologa Computacional: computacin que se aplica al entendimiento de cuestiones biolgicas bsicas, no necesariamente en el nivel molecular, mediante la modelizacin y simulacin. (ecosistemas, modelos fisiolgicos). (Informtica y matemticas aplicadas a la biologa)Biocomputacin: desarrollo y utilizacin de sistemas computacionales basados en modelos y materiales biolgicos. (Biochips, biosensores, computacin basada en ADN, redes de neuronas, algoritmos genticos). (Biologa aplicada a la computacin).Bsicamente, los sistemas informticos que se emplean en este campo son: Bases de datos Software para visualizacin Programas para control de reactivos, geles y otros materiales Generacin y ensamblaje de secuencias Programas para anlisis de secuencias Programas para prediccin de estructura de protenas Paquetes de integracin y ensamblaje de mapas genticos Software para clasificacin y comparacin Tcnicas de Inteligencia Artificial Gestin de datos Bases de datos locales o accesibles mediante redes de comunicaciones. Literatura mdica y cientfica unida a las secuencias. Distribucin de datos Redes de comunicaciones Aplicaciones Gestin de datos en el laboratorio Automatizacin de experimentos Ensamblaje de secuencias contiguas Prediccin de dominios funcionales en secuencias gnicas Alineacin de secuencias Bsquedas en las bases de datos de estructuras Prediccin de genes Prediccin de la estructura de protenas Evolucin molecular. rboles filogenticos Informacin Cientfica Documentos de difusin y apoyo a la BioinformticaBioinformticaBioinformtica es una disciplina cientfica emergente que utiliza tecnologa de la informacin para organizar, analizar y distribuir informacin biolgica con la finalidad de responder preguntas complejas en biologa. Bioinformtica es un rea de investigacin multidisciplinaria, la cual puede ser ampliamente definida como la interfase entre dos ciencias: Biologa y Computacin y esta impulsada por la incgnita del genoma humano y la promesa de una nueva era en la cual la investigacin genmica puede ayudar dramticamente a mejorar la condicin y calidad de vida humana.Segn la definicin del Centro Nacional para la Informacin Biotecnolgica "National Center for Biotechnology Information" (NCBI por sus siglas en Ingls, 2001):"Bioinformtica es un campo de la ciencia en el cual confluyen varias disciplinas tales como: biologa, computacin y tecnologa de la informacin. El fin ltimo de este campo es facilitar el descubrimiento de nuevas ideas biolgicas as como crear perspectivas globales a partir de las cuales se puedan discernir principios unificadores en biologa.Primer Es una cadena decido nucleicoo de una molcula relacionada que sirve como punto de partida para la replicacin delADN. Es una secuencia corta decido nucleicoque contiene un grupo 3'hidroxilo libre que forma pares de bases complementarios a unahebra moldey acta como punto de inicio para la adicin denucletidoscon el fin de copiar la hebra molde.Muchas tcnicas de laboratorio enbiologa molecularque utilizan ADN polimerasas necesitan partidores; tcnicas como lasecuenciacin de ADNy la reaccin en cadena de la polimerasa (PCR). Los partidores usados para estas tcnicas usualmente son molculas de ADN cortas y sintetizadas de forma qumica, de aproximadamente veintebasesde longitud. La construccin de estos partidores empieza con nuclesidos de 3'-hidroxilo (fosforamidita) adheridos a un material llamado vidrio de poros controlados (CPG por su sigla en ingls)DNA MAN Es un paquete de software para aplicaciones de biologa molecular. Este paquete proporciona un sistema integrado con funciones verstiles para el anlisis de la secuencia de alta eficiencia. Ya no es necesario un programa de anlisis de restriccin y otros para la alineacin de secuencias mltiples, el diseo de los cebadores de PCR, anlisis de secuencias de protenas o plsmidos dibujo. DNAMAN lleva a cabo todas estas tareas por usted.

La velocidad, la versatilidad, precisin y alta calidad de presentacin que tiene es una de las herramientas fundamentales de todo bilogo molecular. Tambin es un paquete de software de anlisis de secuencia con precios asequibles para cada universidad, institucin de investigacin, de laboratorio y cientfico de investigacin.

DNAMAN est disponible para Microsoft Windows, OSX y Linux. Archivos DNAMAN en las tres plataformas comparten los mismos formatos. El sistema de formato comn de DNAMAN facilita la comunicacin entre PC, Macintosh y Linux, y hace que su trabajo independiente de la plataforma.

ALGAS GRACILARIA Gracilariaes ungnerode algas rojas (Rhodophyta) de importancia econmica para la produccin deagary para uso alimentario de seres humanos y de varias especies demarisco. Varias especies del gnero se cultivan en varios pases en vas de desarrollo, incluyendoAsia,Suramrica,frica yOceana.

Clasificacin cientfica

Reino:Plantae

(sin clasif.)Primoplantae

Filo:Rhodophyta

Clase:Florideophyceae

Orden:Gracilariales

Familia:Gracilariaceae

Gnero:Gracilaria

GT01017F05fGracilariatenuistipitata tetrasporophyte ESTGracilariatenuistipitata var.liui clon de ADNc Gt01017F05, secuencia de ARNm

GenBank: HS979443.1GenBankFASTAIDENTIFICADORES

dbEST Id: 72955472Nombre EST: GT01017F05fGenBank: HS979443GenBank gi: 327365314

INFO CLONEClone Id: Gt01017F05Fuente: Laboratorio de Algas Marinas, Instituto de Biociencias, Universidad de Sao Paulo.Id de host: LAM # 62, USP, Haikou, isla de Hainan, ChinaADN de tipo: cDNA

PRIMERSPolyA Tail: Unknown

SECUENCIA GTCGACCACCATTGGGCAAGGACGTTGTTTCTTCCTATTTGCTCTTGGTCAGTAGAAACA ATCGCAGGGAAGATGCTGCGCACTGCAGCAAGAAGCGCTATGCGCTTCGGCGCTTCGAGA TCGTTGCGCGGACTTGCTACGAAGACCGATCTTCTCCCTCCTCTCAAGGTTGCCGTCACA GGAGCTGCCGGACAAATCGGGTATGCTCTTGTTATGCGCATCGCGAGTGGGGAAATGTTA GGTCCAGATCAGCTCTTAGAGTTAAGCCTCATCGAGACCGAAGCGGGAATGTCTCCTTTG CGTGGGGTTATGATGGAACTGGAGGATGGGGCTTTCCCCTTGCTCTCTAAGGTCACCGCG ACTACGGATCTTCGCGAAGGCTTTGGAGATGCCTCATTTGCCATGCTTATCGGAGCCCAG CCACGTACCAAAGGTATGGAACGCTCCGACTTGATGGCAGCGAATGCAAAGATCTTCGCG GAGCAAGGAAAGGCCTTGAACGAATCTGCTGCGGAAAATGCCAAGGTGCTTGTGGTCGGT AATCCTGCCAACACGAACGCGCTCATTGCATCCGAGAATGCTCCGGATATGTGGCCAGAA CAGTTCATTGCAATGACTCGTCTCGACCAGTCTCGAGCAAAAGCTTTATTGGCCGAAAAA GCCGACGTTCCTGTCAAGGACGTTGACCGCGTGATCATCTGGGGTAATCATTCGGCCACC CAATATCCAGATATTTCCCATGCGCCCCATTGGGGGGAAATGGGCAAAGTCAATTGTCAC TGATGAAAAAGGGATTAAAGAGGGACTTCATTCCGCGGGGCCAAAAAACCAGGGGCCCAG GGTTATCG

Entrada Creado: 01 de abril 2011ltima actualizacin: 01 de abril 2011

BIBLIOTECANombre Lib: LIBEST_026954 Gracilaria tenuistipitata tetrasporophyte ESTOrganismo: Gracilaria tenuistipitata var. liuiAislar: LAM # 62, USP, Haikou, isla de Hainan, ChinaVariedad: liuiSexo: tetrasporophytergano: talos de algasEl tipo de tejido: talos de algasDevelop. etapa: tetrasporophyteVector: vector fagmido pBK-CMVR. Sitio 1: EcoRIR. Sitio 2: XhoIAislar: LAM # 62, USP, Haikou, isla de Hainan, China

REMITENTENombre: Oliveira MCLaboratorio: Biologa Molecular y Bioqumica de Algas Marinas y GenmicaInstitucin: Instituto de Ciencias Biolgicas - Universidad de Sao PauloDireccin: Universidade de Sao Paulo, Instituto de Biociencias, Departamento de Botnica. R. do Matao, Travessa 14, n 321 Cidade Universitaria 05508-900 - Sao Paulo, SP - BrasilTel: 55 11 30917630Fax: 55 11 30917547E-mail: [email protected]

CITASTtulo: Anlisis de etiquetas de secuencias expresadas a partir de la agarfita Gracilaria tenuistipitata (Rhodophyta)Autores: Nyvall-Coll, P. Coll, J. Reis, MS, Pedersen, M., Setuball, J. , Varani, AM, Colepicolo, P. Oliveira, MCAo: 2011Estado: Indito

MAPA DE DATOS

FASTA

>gi|327365314|gb|HS979443.1|HS979443 GT01017F05f Gracilaria tenuistipitata tetrasporophyte EST Gracilaria tenuistipitata var. liui cDNA clone Gt01017F05, mRNA sequenceGTCGACCACCATTGGGCAAGGACGTTGTTTCTTCCTATTTGCTCTTGGTCAGTAGAAACAATCGCAGGGAAGATGCTGCGCACTGCAGCAAGAAGCGCTATGCGCTTCGGCGCTTCGAGATCGTTGCGCGGACTTGCTACGAAGACCGATCTTCTCCCTCCTCTCAAGGTTGCCGTCACAGGAGCTGCCGGACAAATCGGGTATGCTCTTGTTATGCGCATCGCGAGTGGGGAAATGTTAGGTCCAGATCAGCTCTTAGAGTTAAGCCTCATCGAGACCGAAGCGGGAATGTCTCCTTTGCGTGGGGTTATGATGGAACTGGAGGATGGGGCTTTCCCCTTGCTCTCTAAGGTCACCGCGACTACGGATCTTCGCGAAGGCTTTGGAGATGCCTCATTTGCCATGCTTATCGGAGCCCAGCCACGTACCAAAGGTATGGAACGCTCCGACTTGATGGCAGCGAATGCAAAGATCTTCGCGGAGCAAGGAAAGGCCTTGAACGAATCTGCTGCGGAAAATGCCAAGGTGCTTGTGGTCGGTAATCCTGCCAACACGAACGCGCTCATTGCATCCGAGAATGCTCCGGATATGTGGCCAGAACAGTTCATTGCAATGACTCGTCTCGACCAGTCTCGAGCAAAAGCTTTATTGGCCGAAAAAGCCGACGTTCCTGTCAAGGACGTTGACCGCGTGATCATCTGGGGTAATCATTCGGCCACCCAATATCCAGATATTTCCCATGCGCCCCATTGGGGGGAAATGGGCAAAGTCAATTGTCACTGATGAAAAAGGGATTAAAGAGGGACTTCATTCCGCGGGGCCAAAAAACCAGGGGCCCAGGGTTATCG

Carallia

Caralliaes un gnero derbolestropicalescon 13especiespertenecientes a la familiaRhizophoraceae .Se encuentra enAsiayMadagascar.Caralliafue descrito porWilliam Roxburghy publicado enPlants of the Coast of Coromandel3: 8, en el ao 1811.Laespecie tipoes:Carallia lucidaRoxb. =Carallia brachiata(Lour.) Merr.A continuacin se brinda un listado de lasespeciesdel gneroCaralliaaceptadas hasta febrero de2012, ordenadas alfabticamente.

Clasificacin cientfica

Superreino:Eukaryota

Reino:Plantae

Divisin:Magnoliophyta

Clase:Magnoliopsida

Orden:Malpighiales

Familia:Rhizophoraceae

Gnero:CaralliaRoxb.

Caralliabrachiata ribulosa carboxilasa grande (rbcL) gen de la subunidad 1,5-bifosfato, cds parcial; gen del cloroplasto para el producto cloroplastoGenBank: AF127677.1FASTAGrficosPopSetEl siguiente usuario popper control de la interfaz puede no ser accesible.Tab al siguiente botn para revertir el control a una versin accesible.Destruye el control de la interfaz de usuarioIr a:LOCUS AF127677 1401 pares de bases de ADN lineal PLN 16-MAY-2000DEFINICIN Carallia brachiata ribulosa 1,5-bisfosfato carboxilasa grande (rbcL) gen de la subunidad, cds parcial; gen del cloroplasto de cloroplasto producto.ADHESIN AF127677VERSIN AF127677.1 GI: 7839271Palabras clave.FUENTE cloroplasto Carallia brachiata ORGANISMO Carallia brachiata Eucariontes; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Traquefitas; Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; eudicotyledons bsicos; Rsidas; fabids; Malpighiales; Rhizophoraceae; Carallia.REFERENCIA 1 (bases 1 a 1401) AUTORES Schwarzbach, AE y Ricklefs, RE TTULO afinidades sistemticas de Rhizophoraceae y Anisophylleaceae y relaciones intergenricos dentro Rhizophoraceae, basados en ADN del cloroplasto, el ADN nuclear ribosomal, y la morfologa REVISTA Am. J. Bot. 87 (4), 547-564 (2000) PUBMED 10766727REFERENCIA 2 (bases 1 a 1401) AUTORES Schwarzbach, AE y Ricklefs, RE TTULO directo Sumisin REVISTA Envo (12-FEB-1999) Departamento de Biologa de la Universidad de Missouri, 8001 Natural Bridge Road, St. Louis, MO 63121, EE.UU.CARACTERSTICAS Ubicacin / Clasificacin fuente 1 .. 1401 / Organismo = "Carallia brachiata" / Orgnulo = "plstido: cloroplasto" / Mol_type = "ADN genmico" / Db_xref = "taxn: 61141 " gen