Conceptos b ásicos de an álisis de imagen en patolog ía....Conceptos b ásicos de an álisis de...

Carlos LópezMarylène Lejeune

Área de Biología Molecular y Investigación Servicio de Anatomía Patológica

Hospital de Tortosa Verge de la Cinta

Conceptos bConceptos báásicos de ansicos de anáálisis de lisis de

imagen en patologimagen en patologíía.a.

PrPrááctica anatomopatolctica anatomopatolóógicagica

Microscopia manualMicroscopia manual

Subjetividad humanaSubjetividad humana

� Presencia o ausencia de marcaje

� Variación de intensidad en una escala de color

� Distribución micro-anatómica de la señal

�� Tamaño de las células dianas

�� Distribución de las células dianas (clusters)

Software de anSoftware de anáálisis de imagenlisis de imagenSoftware de anSoftware de anáálisis de imagenlisis de imagen

Filter ranges•Edit “measure” command•Edit “area measurement” command•Set ranges for area to filter unwanted object

Statistics•Display the sum, minimum, maximum, range, mean values,standard deviation and total number of object included in thecount for measurement type

HSI histogram-based model•Edit “segmentation” command•Edit “histogram based” command•Choose HSI channels values•Identification of the range of positive brown color

Automatic count/size of stained components

Spatial filtering•Edit “filters” command•Select morphological filters•Application of erode, dilate and open values

Contrast features•Edit “contrast enhancement” command•Select luminance channel•Application of brightness-contrast-gamma values

Optimization of the image

Microsoft Excel datasheet output

Database Conversion

Spatial Calibration (40x)Unit/Pixel = µm / pixel on the x and y axis

Aspect ratio = 1

Original digital color image opening(file Format Support TIFF)

Start Macro

Enhance function

Combination of contrast and filters values

Combination of segmentation and ranges values

Measurement data•Display the number of object encountered•Display the area value of each object

A

C

D

E F

G

I

B

H

Correction dataSeparation of clustered object as individual cells usingthe mean area of individual cells as correction factor

Color segmentation

J

Software de anSoftware de anáálisis de imagenlisis de imagen

SegmentaciSegmentacióón por umbraln por umbral

2550255255255255

1071451946103172

1249515217811778

57188131545112

8756203996894

00255000

15618180170145152

1215518914795121

113611186102150

93101205692132

ISHBGR

Filtro de umbral (threshold): asignar cada píxel a un cierto grupo y clasificar cada elemento de volumen según sus propiedades intrínsecas como objeto o no-objeto

Los umbrales específicos de color:

- CMYK: C M Y K

- RGB: R G B

- HSI: H S I

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