Bioinformática: Bioinformática: Conceptos GeneralesConceptos Generales

M.V. Gabriel B. Pinto y Med. M.V. Gabriel B. Pinto y Med. Vet. MSci Gabriela IglesiasVet. MSci Gabriela Iglesias

DATOS BIOLÓGICOS

Generación de archivos

BASE DE DATOS

Manejo y presentación de la

información

(FORMATO)

Transformación y análisis de la información

NUEVOS CONOCIMIENTOS

BIOLÓGICOS

DATOS BIOLÓGICOS

Secuencias codificantes parciales o totales

Secuencias regulatorias

Genes Completos

Cadenas polipeptídicas

Estructura tridimensional proteica

Funcionalidad proteica

NUCLEÓTIDOS

PROTEÍNAS

BASES de DATOS

US National Center for Biotechnology Information (NCBI)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov

EMBL´s European Bioinformatics Institute (EBI)

http://www.ebi.ac.uk

DNA Database of Japan (DDBJ)

http://www.ddbj.nig.ac.jp

Tipos de Bancos de Datos

DNA Databases

Genome Databases

Protein Sequence Databases

Protein Structure Databases

Primary Structure:secuencia

Secondary: patrones de -helices u hojas

Tertiary: arreglo de residuos en el espacio

Quaternary: interacciones proteína-proteína

Protein Function Prediction

Bases de datos seleccionadas y servicios de información

Secuencias de DNA Contenido URL

y proteínas

EMBL Secuencias de nucleótidos www.ebi.ac.uk

GenBank Secuencias de nucleótidos

y proteínas www.ncbi.nlm.nih.gov

SwissProt Secuencias de proteínas expasy.hcuge.ch/sprot

PIR Secuencias de proteínas www-nbrf.georgetown.edu/pir

Genome sequencing Genómico www.mcs.anl.gov/home/gaasterl

Identificación genes

GeneMark Identificación genes amber.biology.gatech.edu/

Grail Identificación genes compbio.ornl.gov/Grail-1.3/

Gene Finder Identificación genes dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331

Frame Detección de Frame-shift www.sander.ebi.ac.uk/frame

Análisis funcional Contenido URL

del genoma

GeneQuiz Anotación automática de

función de proteínas www.sander.ebi.ac.uk/genequiz

Magpie Análisis genómico www.mcs.anl.gov/home/gaasterl/magpie

Pedant Análisis automático

de proteínas pedant.mips.biochem.mpg.de/frishman

Complete genome Análisis genómico y

at NCBI comparación www.ncbi.nlm.nih.gov/Complete-Genomes

Familias Proteicas y patrones de secuencias

Prosite Sitios proteicos y patrones expasy.hcuge.ch/sprot/prosite.html

Blocks Patrones proteicos www.blocks.fhcrc.org

Pfam Familias proteicas y

perfiles www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/

Bases de datos seleccionadas y servicios de información

Estructura tridimensional Contenido URL

PDB Estructuras proteicas www.rcsb.org/pdb

FSSP Plegamiento proteico croma.ebi.ac.uk/dali/fssp

SCOP Plegamiento proteico scoop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop

CATH Plegamiento proteico www.biochem.ecl.ac.uk/bsm/cath

DSSP Estructura secundaria www.sander.ebi.ac.uk/dssp

PDBselect Estructura proteica

representativa www.sander.heidelberg.de/pdbsel

HSSP Alineamientos proteicos www.sander.ebi.ac.uk/hssp

PDBfinder Links a PDB,DSSP,HSSP www.sander.heidelberg.de/pdbfinder

Swiss-model Modelos por homología expasy.hcuge.ch/cgi-bin/swmodel-search-de

Whatif Modelos por 3D swift.embl- heidelberg.de/servers

DALI Comparación de estructuras croma.ebi.ac.uk/dali

Journal Abstracts

MEDLINE Literatura bioquímica www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed

Bases de datos seleccionadas y servicios de información

Sitios útiles para trabajar con ADN Sitios útiles para trabajar con ADN y proteínasy proteínas

http://www.mb.mahidol.ac.th/molbio/01_1http://www.mb.mahidol.ac.th/molbio/01_13.html3.html

http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/index.htmlindex.html

http://bioweb.pasteur.fr/#formatshttp://bioweb.pasteur.fr/#formats http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/

multalin/multalin.htmlmultalin/multalin.html http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/

interfaces/readseq-simple.htmlinterfaces/readseq-simple.html

USO Y APLICACIONES EN EL NCBIUSO Y APLICACIONES EN EL NCBI

                   

                                                                    PubMed Entrez BLAST OMIM Books TaxBrowser Structure

  Search for

Herramientas de uso molecular:Herramientas de uso molecular:

SSitios de corte con enzimas de itios de corte con enzimas de

restricción:restricción: http://http://www.neb.cwww.neb.comom

  Selección de oligonucleotidos y otras utilidades:Selección de oligonucleotidos y otras utilidades: http://http://www.idtdna.comwww.idtdna.com

Select the type of tool you Select the type of tool you want from the list on the right, want from the list on the right, then launch the tool from the then launch the tool from the list on the left.list on the left.

                                                                                          

                                                              

                                                              

                                                              

                                                              

                                                              

                                                              

                                                              

                                                              

                                                                                                              

                                                                                                              

                                                                                                              

  Manejo de secuencias: Manejo de secuencias: BioEditBioEdit

www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioeditbioedit.html .html www.cae.wisc.edu/softwarewww.cae.wisc.edu/software