B IOINFORMÁTICA : I NTERFAZ GRÁFICA PARA COMPARACIÓN DE GENOMAS VÍA WEB Oscar Castro García...
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BIOINFORMÁTICA: INTERFAZ GRÁFICA PARA COMPARACIÓN DE GENOMAS
VÍA WEB
Oscar Castro GarcíaTutores: Jordi Gonzàlez, Mario Huerta
Julio 2009
ÍNDICE
IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
Qué es un genoma?
Secuenciación del ADN
TCAATATGGACGCCTGTAAAGGAGAGCATAGGCTATGTTTATGTTTCTAGGCGCGTCACGGTTAAAGCGAGCAAGCTATTGGGTTCGCTTACTTTGTTAGCGAGTTTAATATCTTTTGTGGTTGGTGCAGCATATGGTA
TTAC
La longitud de un genoma se contabiliza por su número de bases.
INTRODUCCIÓN
Sub-división de los genomas en 3 grandes Dominios (Carl Woese)
Archaea Bacteria Eucariota
INTRODUCCIÓN
Maximal Unique Matchings
• Secuencias que aparecen en los dos genomas• Únicas. No se repiten a lo largo de las secuencias• Longitud mas larga posible
En el proceso evolutivo de las especies, en ocasiones la cadena de un gen muta invirtiéndose completamente
..taggcATGGCACAATAGaact.. ..taggcATGGCACAATAGaact..
..taacctagGATAACACGGTAtt.
...taacctagATGGCACAATAGtt..
INTRODUCCIÓN
IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
• MUMmer [1999]• MUMs On-Line [2002]• MALGEN [2003]
• M-GCAT [2006]
ESTADO DEL ARTE
IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
• Proporcionar una interface gráfica vía web a la comunidad científica para el estudio de las relaciones entre genomas.
• Claves: visión en detalle de la comparación de genomas para poder observar los cambios evolutivos, interactividad con el usuario, fácil de manejar e intuitiva.
• Modificar la aplicación principal (FILOMUMS) para que lance nuestra interface.
• Generar los datos que necesitará nuestra aplicación.
• Gestionar el servidor web para poder lanzar nuestras aplicaciones.
OBJETIVOS
IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasConclusionesFuturos desarrollos
Pre-procesoGestio_genomes
IMPLEMENTACIÓN
Pre-procesoGestio_genomes
Rename
IMPLEMENTACIÓN
Pre-procesoGestio_genomes
Rename
Mumunix
IMPLEMENTACIÓN
Pre-procesoGestio_genomes
Rename
Mumunix
Lanza_mums
IMPLEMENTACIÓN
Pre-procesoGestio_genomes
Rename
Mumunix
Lanza_mums
FILOMUMS
IMPLEMENTACIÓN
Trabajo realizado
IMPLEMENTACIÓN
IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
Entorno de desarrolloSistemas operativos: Windows,
LinuxHerramientas de desarrolloC++ (gcc)ActionScript 2 (Flash)Java (Eclipse)PHPJavascript
ESPECIFICACIONES TÉCNICAS
IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
Host: PC Local:
DEMO Off-line
Host: revolutionresearch.uab.es
DEMO On-line
DEMO
IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
• Cumplimiento de todos los objetivos.• Abierto a nuevas funcionalidades para el
futuro.• Descubrimiento del mundo de la biología
molecular y de la bioinformática.• Participación en un proyecto puntero en
investigación.
CONCLUSIONES
IntroducciónEstado del arteObjetivosImplementación
Pre-proceso Trabajo realizado
Especificaciones técnicasDemoConclusionesFuturos desarrollos
• Ubicación de genes dentro del genoma• Acceso a bases de datos del NCBI• Seguimiento de MUMs comunes a varios
genomas• Localización de genes mediante un buscador
FUTUROS DESARROLLOS
BIOINFORMÁTICA: INTERFAZ GRÁFICA PARA COMPARACIÓN DE GENOMAS
VÍA WEB
Oscar Castro GarcíaTutores: Jordi Gonzàlez, Mario Huerta
Julio 2009