Nació en 1540 en Villa de Havia, Segovia.

En el año 1560 aparece en las listas de Caballeros ( posiblemente de la orden de Calatrava, dato aún no confirmado) y que muy posiblemente por herencia de su padre Juan del Cubillo (conocido también como Juan del Cubillo el Viejo y citado en la nómina de de Don Fernan García de la Torre 1560)

En 1561 fue nombrado notario del secreto del Tribunal de la inquisición de Sevilla, puesto que ocupó hasta el año 1569. Su trabajo consistía en anotar las declaraciones del acusado y los testigos.

http://www.revistaazogue.com/inquisicion.htm

http://archive.org/stream/historiacrticad04llorgoog#page/n4/mode/2up

Durante el periodo que trabajó para la inquisición se desarrollaron varios Autos de Fe que consistía en una manifestación pública en donde los condenados en un acto solemne eran abrazados nuevamente por la iglesia católica o eran castigados como herejes y esto incluía muchas veces la muerte del condenado.

Durante la época en que Alonso del Cubillo trabajó para la Inquisición, se dieron varios autos de fe de gran importancia en la ciudad de Sevilla. Los principales fueron en el año 1562 y el balance fue el siguiente: 9 quemados en persona. 1 quemado en estatua y huesos desenterrados. 15 quemados en estatua. 10 reconciliados por la secta luterana 11 penitenciados por cosas de la secta luterana con abjuración de vehementi 3 penitenciados por cosas de la

secta luterana con abjuración de levi. 1 penitenciado por perturbadores del Santo Oficio (único no luterano).

En el siguiente auto de fe en ese mismo año , la inmensa mayoría de las sentencias del Santo Oficio, se dictaron contra los "luteranos". Fueron quemados nueve en persona: Sebastián Martínez, Juan Moral, Cristóbal de Losada, Diego Suárez de Figueroa, Pedro Ramírez, Guillermo Bucer, Guillermo Rexiet, Juan Coxio de Ruán y Jerónimo González. Uno, difunto, en estatua. Y también en estatua, pero que habían huido al extranjero, quince más; entre los que estaban Casiodoro de Reina y Cipriano de Valera. Y veinticinco con diversas condenas. Por acusaciones ajenas al protestantismo, desfilaron otros once.

En el año 1563 a los 23 años de edad, se documenta una demanda en contra de Alonso del Cubillo al cual es señalado por la señora Margarita Zulema (portuguesa) por la muerte de su hija Catalina Nuñez a la que le lanzó un ladrillo a la cabeza mientras que ella cantaba en la calle junto a un grupo de mujeres. De esta denuncia no he podido encontrar el veredicto pero suponiendo que Alonso del Cubillo se mantuvo en su puesto de trabajo por 6 años mas.

Para el año 1569 siendo notario del secreto fue condenado entre otras penas al destierro temporal por haberse comprobado las injurias en contra de Hernando de Valencia.

Alonso regresa a Segovia en ese año y en algunos documentos aparece citado como escribano y en el año 1571 aparece nombrado como receptor de las rentas de Segovia ( de esta época existe un documento de sus cuentas). Estuvo realizando este trabajo hasta el año 1577 y el 18 de abril de ese año fue nombrado por Real título del Rey Felipe II como tesorero de Costa Rica con un salario de 300000 maravedíes anuales. Entra junto a Diego de Artieda Chirinos y Ucles a Costa Rica y otras 54 personas a Costa Rica y el 4 de febrero de 1579 y a sus 39 años de edad, toma posesión de su puesto. Para el día 8 de febrero aparece su firma en documentación enviada al Rey Felipe II solicitando que la provincia de Nicaragua y el pueblo de Nicoya se haga cargo del los sueldos de la provincia de Costa Rica debido a la mala situación económica en es momento. Durante los siguientes años se gobierna por decirlo de alguna forma con mano dura y para el año 1580 fray Diego de Jiménez guardián de Pacaca, se queja por las exigencias económicas a los “indíos”.

Durante los siguientes años se registran varios actos de presencia en el Reino de Castilla el primero de ellos se dio en el 1582 donde viaja a defender su título de hidalguía en Aranda de Duero donde aparentemente permaneció varios años o al menos hasta 1587. También algunos de sus hijos regresaron a esta villa donde algunos permanecieron de forma temporal ( Jerónimo del Cubillo ) y de forma permanente (Juan del Cubillo).

Posteriormente regresa a Costa Rica, donde permanece en su actividad de Tesorero y posteriormente diversifica sus actividades como creador de mulas

Alonso del Cubillo murió en Cartago en el año 1607