Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST. Alineamiento múltiple de secuencias Resumen de...

Alineamiento múltiple de secuencias

PSI-BLAST


Resumen de cómo se utiliza PSI-BLAST


PSI-BLAST: manual de instrucciones (1)PSI-BLAST: manual de instrucciones (1)

1.- Se va a la página de BLASTP,

se introduce una proteína problema,

se selecciona la base de datos (BD)

y se marca la opción PSI-BLAST.

Introduce la secuencia problema

Selecciona la base de datos

Selecciona PSI-BLAST


PSI-BLAST: manual de instrucciones (2)

Resultados de la búsqueda inicial (en forma gráfica)

2.- En primer lugar, PSI-BLAST utiliza BLAST (con

huecos) para buscar en la BD las secuencias parecidas a la

secuencia problema.

Alineamiento múltiple de secuenciasResultados de la búsqueda inicial (listado)




3.- A continuación, PSI-BLAST hace un

AMS que incluye todas las secuencias cuyo parecido con la secuencia problema

ha obtenido una puntuación

estadísticamente significativa.

Selecciona las secuencias que se van a usar para hacer el AMS y construir un perfil

Nueva ronda de PSI-BLAST



4.- Este AMS se utiliza para construir

un perfil, que se utilizará para volver a

buscar en la BD otras secuencias que

se ajusten a él.

Selecciona las nuevas secuencias que se van a usar

para hacer un nuevo perfil


Nuevas secuencias (encontradas al

buscar con el perfil)

Secuencias que ya están en el perfil



5.- PSI-BLAST selecciona las nuevas

secuencias que se ajustan al perfil

(porque han obtenido una puntuación

significativa) y las añade a las anteriores. Vuelve a construir el

perfil e inicia una nueva ronda de

búsqueda en la BD. (Este es el mecanismo

iterativo)

Selecciona la nueva secuencia, que se va a usar

para hacer un nuevo perfil


Nueva secuencia (encontrada al buscar con el nuevo perfil)

Secuencias que ya están en el perfil



6.- PSI-BLAST se detiene cuando ya no encuentra nuevas secuencias que añadir al perfil o cuando ha realizado el número

determinado de iteraciones marcadas por el usuario (normalmente,

entre 3 y 5)

No se han encontrado secuencias nuevas que añadir al perfil. Puedo

dar el proceso por terminado.



Resultado final de la búsqueda (en forma gráfica)

Otras opciones para ver los resultados

Guardar los resultados (en

varios formatos)



Resultado final de la búsqueda (en forma de árbol de distancias)



Resultado final de la búsqueda (alineamiento múltiple de secuencias)



Puedes guardar los resultados de la

búsqueda de diversas maneras

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