1397 ييبپ ،120 ُبوasj.areo.ir/article_118056_bc4dc1a8d3f748aca51d9d3a29d4f84c.pdf1397...

10
ـوبش120 ، يط پبي1397 تجس یه و تحل یل مولکول ی جمعتی یر از مرغ یده از توالستفا ا با ی ناح یهHVR-I م شنومتوکندری ی چكير هصؽ ت حفظر. خة هيفعاذ هحؽ حبی ال به بصای بصكی پبيتياذ ظی ههی ايصای بب ظي حوبيظت اض ايعظ هفظدك ـظرى تظت خی هظهظبی ظ هكب اض خولبـر. هی ببتيكی اع ظبؼبيی ت ـض بيب تيكی زخبيص ظبـر. ذش هی برشیهم هيتذ ظ هی ـب اؼتفبذ تكبهلی گ تيكی ظ هطبلؼ حبضص، بشظ هبی اشضيبع تتيكی ظ هصغبىشی ايصاى، تؼراذ23 قطؼ هصؽشؼتبى فبشغ طق اض ه باى ػو آضهبيفیتدبة ا پػ اض ػولى خظ- گيصی، اؼتدصاج ذی اى ایدبم ا ـر. بدظؿHVR-I بحيظ D-loop مظ ظظرشیه هيتظب ب اؼظتفبذ اضظبی آغبضگص اختمبلی تكثيص قطؼبت تكثيص پػ ـر اض خبلك ؼبضیالی تبی يبر ـر. ذش هل تؼراذ21 الی تب ب هيفيظت برؼظت آهر هيبى تؼراذي اض اي ه5 SNP الیيل ت تحل بؼبيی ـر. اض تدطي ـ تؼراذی برؼت آهرب 3 يپ برؼظتتبپل ب هر ذؼتصؼی بر ه آهKF957610 KF957611 kF957612 ظت گصذيظر. پظػی ظى بتظبک خب ذش ب اض اخظسالی تبی ب هفبم ظرشیه هيت ذيگصبیعاذ ذخ ه ذشظکب ب ظى هظصؽظری هص یظرشا هبض ايظصاى ذشخظتیظ فيلط هصب شؼن گصذير.تبيح یظ فيل هفدك هصذ ه هصغبىهی بشی ايصاىظر بصخظیاخ ضيظبذ احتوظب بت ـتببتيكی ببی ظ هصؽری، هصی،رشا هبض هصؽهی بش هفبيدبى، آزشبت پليو شاک پصخط ذاش، هصؽ ابصيفظوی هصؽگلی خ خبهؽتصی هیبـر. ب ق ق:187 ~ 196 صا ضصهی هـج دا یبػبسؿ یش اسؿذ ط یيشدش ؿـگبظاد دام دا حاك مصال ی پيصا( ل هؼئذيؼ ) ـ دا یبس گشم داه ػل ی،سصـب ذـ دا ی،شدش ؿـگب دا. ضص ب ـيصاىبد گش اػششدش ؿـگبجبسبر دا ح اك صساػزبس س يخ دس يبكز: آثبى1396 بس س يخ دز يشؽ: دی1396 ؿوبسل: هؼئذيؼ سوبع09130573971 Email: [email protected] اظ بی هل يری: شع ط سی، یبح یD-loop سبدل ، یخ، دسخز كیشیط یل10.22092/asj.2018.116209.1568 :(DOI جيتال شناسه دي(

Transcript of 1397 ييبپ ،120 ُبوasj.areo.ir/article_118056_bc4dc1a8d3f748aca51d9d3a29d4f84c.pdf1397...

Page 1: 1397 ييبپ ،120 ُبوasj.areo.ir/article_118056_bc4dc1a8d3f748aca51d9d3a29d4f84c.pdf1397 ييبپ ،120 ُبو یلاوت ا هدافتسا اب یرلا غ م ا یتیعمج

1397 پبييط، 120 ـوبش

یبا استفاده از توال یاز مرغ الر یتیجمع یمولکول یلو تحل یهتجس

یتوکندریشنوم م HVR-I یهناح

چكير

حوبيظت اض ايظي بی بهی ايصای هاذ ظتيكی پبي بصای بصبه بی الالح عاذ هحؽة هيفر. خت حفظ هصؽ

زخبيص ظتيكی يبض ب ـبؼبيی تع ظتيكی اب هی ببـر. اض خول هكببی ظظهی هظ خظت هفظدك ـظرى تظع

ظتيكی تع اشضيببی هظش بحبضص، هطبلؼ ظتيكی تكبهلی گ ب اؼتفبذ هی ـذ ظم هيتهرشی هی ببـر. ذش

-خظى ػول اض پػ اتدبة آضهبيفی و ػاىب اض هطق الشؼتبى فبشغ هصؽ قطؼ 23 تؼراذ ايصاى، الشی هصغبى

HVR-Iبدظؿ .ـر ادبم ایاىذی گيصی، اؼتدصاج بظب هيتهظرشی ظظم D-loop بحيظ آغبضگصظبی اض اؼظتفبذ

برؼظت هيفيظت بب تالی 21 تؼراذ هل ذش .ـرر يببی تالی ؼبضی خبلك اض ـر پػ تكثيص قطؼبت تكثيص اختمبلی

بپلتيپ برؼظت 3بی برؼت آهر تؼراذ ـبؼبيی ـر. اض تدطي تحليل تالی 5SNPه اض ايي هيبى تؼراذ آهر

اخظس اض ذش ببک خظبی ظى بتظت گصذيظر. پظػ KF957610KF957611 kF957612آهر ه بب هر ذؼتصؼی

ذشخظت ايظصاى هبضظرشای هصظری هظصؽ ظى ببظک ذش هخذ عاذبی ذيگص هيتهرشی ظم هفبب بیتالی

ب احتوظب ضيظبذ اخظر بصخظی ايصاى الشی بهی هصغبى ه هصذ هفدك فيلظی تبيح گصذير. شؼن هصبط فيلظی

ابصيفظوی هصؽ ذاش،پصخط شاک پليوتآزشببيدبى، هفش بهی هصؽهبضرشای، هصری، هصؽ بی ظتيكی ببـتبت

ببـر.هی خبهؽتصی خگلی هصؽ

196~187ق: ق

هصهی ضصا

اكالح ظاد دام داـگب ؿششد یياسؿذ طش یبسؿبػ یداـج

(يؼذ هؼئل) پيصای مصال

.داـگب ؿششد ی،داـذ ـبسص ی،ػلم داه گش یبسداـ

ـيصاى بصض

صساػز اكالح جبسبر داـگب ؿششداػشبد گش

1396 دی : يشؽدز يخسبس 1396 آثبى : يبكزدس يخسبس

09130573971 سوبع يؼذ هؼئل: ؿوبس

Email: [email protected]

یلطشییدسخز ك یخ،، بدلسD-loop یبح یی،سع طش: يریهل بیاظ

10.22092/asj.2018.116209.1568 :(DOI ) شناسه ديجيتال

Page 2: 1397 ييبپ ،120 ُبوasj.areo.ir/article_118056_bc4dc1a8d3f748aca51d9d3a29d4f84c.pdf1397 ييبپ ،120 ُبو یلاوت ا هدافتسا اب یرلا غ م ا یتیعمج

هقره

س سدذی جبى جوؼیز ثیؼشن هشى اايل اص اكدضايؾ ثد داؿدش

دبی چدبشؾ اص حیدای دشسئیي ثخلف خسای یبصبی سأهیي

هحوددذی ) ثبؿددذهددی سػددؼ حددبل دس ـددسبی دس اػبػددی

ثددشص سص اكددضايؾ جددبى جوؼیددز اكددضايؾ(. 1390 وددبساى،

ؿد هی طشیی هبثغ كشػبيؾ داهی، ثبػث ثشای هحلالر سوبضب

حدبل دس ـدسبی هدسد دس هـل ايي سػدؼ سدع دشیدل ثد

(. 2008 ودبساى، Silva) اػدز ثیـدشش ثبالسش، طشیی طدس ثد

ؿذ دزيشكش ػوم هـدأ هـدششى جدذ يدي اص دب هدشؽ سودبم د

ث اػز( گبشع گبشع) هشهض جگلی گ ن آى اذگشكش

ودبساى، Adebambo) گشددثش هی آػیب ؿشة جة بحی

ثددیي دس ددن ـددس يددي دس ددن ایگدد ثددیي سددع (. 2009

هدسد هضع ث حبضش حبل دس داسد جد هخشلق ـسبی

ودبساى، Silva)اػدز گـش هجذل ػلوی بیاجوي یػاله

طشیی كاكل سؼییي طشیی سع ثشآسد جز اهشص(. 2008

-سلدبر اػدبع ثش هششی دیـشكش بیسیي اص بجوؼیز ثیي

ايي اص يی .ؿدهی اػشلبد DNAهشل ػطح دس هجد بی

Animal Science Journal (Pajouhesh & Sazandegi) No 120 pp: 187-196

Molecular Analysis of LARI chicken population based on HVR-I region of Mitochondrial

DNA.

By: Z Karami1, N Pirany2*, B Shiran3 1MSc Student, Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Shahrekord University,

Iran. 2Associated professor, Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Shahrekord

University, Iran. 3Professor, Department of Plant Breeding and Biotechnology, Faculty of Agriculture,

Shahrekord University, Iran

Received: October 2017 Accepted: December 2017

Iranian native chickens are considered as the basic genetic material for breeding programs.

Breeding programs principally require identification and conservation of genetic diversity of

these populations. Assessment of mitochondrial genome in one breed and comparing it with

other breeds can give a good indicator of diversity in that population. In order to assess the

genetic diversity among Iranian Lari chickens, 23 chickens were selected from Larestan

county in Fars Province as the sample of the study. Then, DNA was extracted after blood

sampling. The HVR-I section of D-loop region of mitochondrial genome was amplified

using specific primers and then the amplified fragments were sequenced after purification.

A total of 21 high quality sequences was obtained, among which 5SNPs were identified.

Three haplotypes were found from the analysis of the obtained sequences. They were

recorded in GenBank under access codes of KF957610, KF957611, and kF957612. Similar

mitochondrial genome sequences of other breeds existing in GenBank and Iranian Marandi

and Mazandarani chickens were obtained and then the corresponding phylogenic tree was

drawn. Phylogenic results indicated that Iranian Lari chickens are more similar to Marandi

and Mazandarani, Azerbaijan native, barred Plymouth Rock, and Silky and Sonerati chicken

breeds. Then it can be concluded that Iranian Lari native chickens breed may have genetic

similarities with these breed.

Key words: genetic diversity, D-loop region, haplotype, phylogenetic tree.

188

Page 3: 1397 ييبپ ،120 ُبوasj.areo.ir/article_118056_bc4dc1a8d3f748aca51d9d3a29d4f84c.pdf1397 ييبپ ،120 ُبو یلاوت ا هدافتسا اب یرلا غ م ا یتیعمج

اػز هیشذسيبيی1 طم اص اػشلبد ب،سؽ د يدي ػداى ثد

كدذب سدب ظاددب جذ گیشیدی ثشای طشیی اطالػبر اص هن هجغ

هیشدذسی (. 2011 وبساى، Cuc) ؿذ اػز هطشح هجل ؼل

اػز ػیشدالػوی اذاهی جدد ثدذى دبی ػدلل ثیـدشش دس د

داسای بػدز ػدلل ثشای اشطی سشیذ ث هبدس اذاهي ايي. داسد

DNA اص هؼشول اخشلبكی حلویDNA دس اػدز ایؼش

دس آى سوشيجدی طدل دذ هدی دذ سا طى 37 جدبسی بیگ

طدددم(. Wallce ، 1992) اػدددز ثدددبص جلدددز دددضاس 16 طیدددس

كبهذ اػز D-loop بم ث ایبحی داسای هیشذسی شگد

هطو ايي دس جؾ ع ش هع ثبثشايي ثد ایذ سهض طى

ودبساى، Anderson) ثشای ؼل بی هشوبدی ثدبهی هدی هبدذ

1981 .)

هیشذسی سػط سخوي شزا اص هبدس ث كشصذاى هشول هی طم

دس ش گد ای سا ثشسػدی هبدسی ؿجش هیشاى س ايي اص ؿد .

ػ ث D-loop بحی (. Hallerman ، 2003) شد سؼییي بحید

3هطؼ ؿدهی سوؼین هـخق "بهال 2شششیHVR-Iاشبی دس

اػدز HVR-II هیبی هطؼ 5' اشبی دس HVR-III هطؼ 3 '

اكدشاد دس لئسیذی سـییشار هیضاى ثبالسشيي داسای I III احی

ثشسػی دس احی ايي هطبشؼ ػشيغ، سبهل ثخبطش ؼشذ هخشلق

اػدز اسصؿدوذ ثؼدیبس دب گ هیبى ساثط اسصيبثی طشیی سع

(Sultana Mannen ، 2004.) طدددم بهدددل سددداشی اشدددیي

دبی طى طل وچیي ثبص جلز 16775 طل ث هشؽ هیشذسی

ثدب ثدبص جلدز 1227 طدل ث D-loop بحی آى ثش اهغ هخشلق

Desjardins) اػددز ؿددذ گددضاسؽ X 52392دػششػددی ددذ

Morais، 1990 .)دس هیشددذسی شششددی دداحی اص اػددشلبد

دذ دذ ؿیش ششل بحی هطبشؼ ثب ثبس اشیي هششی آبشیضبی

mtDNA هخشلق دشذگبى گشكدز كدسر RFLP سؽ ثد

هدبدسی جذ ػاى ث( گبشع گبشع) هشهض جگلی هشؽ گ صيش

ودددبساى، Fumihito) ؿدددذ هؼشكدددی الدددی ظاددددبی هدددشؽ سودددبم

هیشذسی طم ساشی دبي ثش هطبشؼبر سبى صهبى آى اص(. 1994

ثهی هشؽ ظاد 20 هیشذسی D-loop بحی .اػز يبكش ػشػز

ادذضيبيی ثدهی هشؿبى سدآيلذ، ػلیذ، شگسى وچیي طادی

هؼدیش كیلطشیي ساثط ثشسػی ثبص جلز 1231-1232 طل ث

گشكدز هشاس ثشسػی هسد هبدسيـبى هـأ ايدي دس د 42 هطبشؼد

7 دس بدلسیخ بيدز دس. ؿدذ هـدخق A-G دبدلگش شیجد

هـدأ طاددي داخدل اص ظاددب اص ثشخدی ؿذ گشكش ادذ گشكشد

طاددي ثدهی بی هشؽ دبي آػیب ؿشم جة اص گشكش ـأر هشؿبى

سحویودی دس .)2007 ودبساى، Oka (اذ داد ساسـیل د ثد

ثدددهی هدددشؽ هیشدددذسی HVR-I بحیددد سحلیدددل سجضيددد هظدددس

شدبي .ؿدذ هـدخق بدلسیخ 6 گشكز، سؼذاد اجبم ايشاى هشذی

ثدهی هدشؽ ثدب ايدشاى هشدذی ثدهی هشؽ شد هـخق كیلطی

هدشؽ ػدلیذ، شگدسى داسددشخط ساى دلیودر آرسثبيجبى ـس

داسد ثیـششی ضديی خبؼششی جگلی هشؽ اثشيـوی، هودي د

جـشاكیدبيی ضديدی دشیدل ث اػز ثدهی هشدذی دظاد صيؼدشگب

ايشاى هشذی هشؽ طشیی هـبثز وچیي آرسثبيجبى ـس ثد

. دس هطبشؼد (1390 وبساى، هحوذی) ثبؿذ ایهذيششا بیظاد

ثدب هبصذسای هشؽ 20 طشیی ديگشی سع يدبثی سداشی اص اػدشلبد

HVR-I 6 دس بيدددز ثشسػدددی هدددسد هیشدددذسيبيی بحیددد

كیلدطی شدبي .ؿدذ جبيگب سي ؿل ؿبػدبيی 10بدلسیخ دس

ثدهی ايشاى، هشذی هشؽ ثب هبصذساى ثهی هشؿبى شد هـخق

هدشؽ داس،ددشخط ساى دلیودر ػلیذ، شگسى آرسثبيجبى، ـس

داسدذ هدشاس دػش يي دس( ػشاسی) خبؼششی جگلی، اثشيـوی،

ايدي ثب "احشوبال هبصذسای هشؽ گشكشذ شیج چیي آب ثبثشايي

دس .)1388 وددبساى، دیشاددی(ددبی طشیددی داسد ددظاد ؿددجبز

500اجبم گشكز، ( 2013) كشحی Yacoub سػط سحویوی

اص ثبص جلز ػدداى ثدهی هشؿدبى هیشدذسيبيی D-loop بحید

ثدهی هشؿبى يبثی ؿذ هـخق گشديذ ساشی گدبشع گد

سؿدز د دس ثبص احذ 14 ثب سشاسی ساشی جلز يي گبشع

ـبى شبي ايي. ؿذ دیذا بهشؽ ايي دس C T بدلسیخ 2 داسذ

.Gچیي ن Gallus gallus ث ثهی هشؿبى ظادبی داد

g. spadice G. g. bankiva دس سحویوددی .داسددذ سثددط

506ديگشی سی هیشدذسيبيی D-loopجلز ثبص اص بحید

12جبيگب سي ؿل دس 18گ هشؽ ايشبشیبيی كسر گشكز، 5

% بدلسیدخ دب ثد 90بدلسیخ ؿبػبيی ؿذ شبي ـبى داد د

189

Page 4: 1397 ييبپ ،120 ُبوasj.areo.ir/article_118056_bc4dc1a8d3f748aca51d9d3a29d4f84c.pdf1397 ييبپ ،120 ُبو یلاوت ا هدافتسا اب یرلا غ م ا یتیعمج

هشثد ثددذ د هـدأ آدب ؿدج هدبس دذ هدی ثبؿدذ Eگش

(Ceccobelli Lorenzo ،2013.)

هشلدبر ديگش ايشای ادبیظ سوبم ثب السی ظاد ثذى ػوهی ؿل

ـدیذ، ثلدذ ثذى لی طس ث اػز ددش ػویدن ددي ػدی

ػش كشم ػش چي . ثبؿذهی گؿز ؿدل هدبسی اكدطالح ثد

اكدیل، دبی اسيش دس اؿلت دش سگ ثلذ، ؼجشب گشدى. ثبؿذهی

حشی سگ دش ایه ااع ثشخی دس ایه ث هبيل صسد سیدش

-هدی ػدگیي ظاددبی جض لی ظش اص السی ظاد هشؿبى. ثبؿذهی

صى یلددگشم 4 سددب 3 حددذد يؼددبش ثددبشؾ هشؿددبى صى. ثبؿددذ

ثبؿدددذ. دسثیـدشش هدی یلدگشم 5 سدب 4 ػدي ودیي دس دب خدشع

گبی صى هؼي، بیخشع دن ثیـدشش یلدگشم 5/6 سدب 6 ثد

ثد هبگی 7 دس اؿلت سخن گزاسی جؼی ثلؽ ػي .سػذهی

هدشؽ سخدن سشیدذ . ؿدهی ؿشع سيض بیهشؽ سخن ثب سخن گزاسی

هدی گدشم 50 هشؽ سخن ش هشػط صى ثب ػذد 80 سب 60 ثیي ػبشیب

(. شدزا دذف سحویدن دس ايدي 1392ثبؿذ )شطلدی ددس سحیویدبى،

دظؾ ثشسػی ساشی بحی طم هیشذسی ظاد السی ثد.

اخصا شؾ هاذ

دددبی خدددى اػدددشخشا آسی ودددهحدددل آصهدددبيؾ، حددد جودددغDNA

ؿیددش السی هطؼدد هددشؽ 25 سؼددذاد دددظؾ ايددي اجددشای ثددشای

ث سؼذاد سوشيجب هؼبی هشؽ خشع اص خيـبذ چدبس هطود

. ؿددذ اص آددب خددى گشكشدد اشخددبة كددبسع ؿشػددشبى السػددشبى

(2007 وددبساى، Bailesسؽ ) سػددطDNA اػددشخشا

دػددشگب سػددط DNA ویددز آى اص گشكددز. دددغ كددسر

طل سی اشششكددددسص سػددددط یلیددددز آى اػددددذشكشهشش

.ؿذ سؼییي دسكذ8/0

پليوصاض ایضديص اهؿ آغبضگصب اتدبة

20 ثشگـددز سكددز اخشلبكددی آؿددبصگش د اص دددظؾ ايددي دس

دس سكدز آؿدبصگش .ؿدذ اػشلبد هیشذی طم بحی لئسیذی

دس دن ثشگـدز آؿبص ثبصی 16756-16775 كبكل -668 كبكدل

ثب الی ( هشؽHVR-I)بحی هیشذسی بهل طم اص ثبصی 649

Desjardins)ؿدذذ هدی هشلدل ( X52392) دػششػی ؿوبس

Morais، 1990) ثبؿدذ هدی صيش ؿشح ث آؿبصگش د ايي ساشی

(.آشوبى MWG ػبخز ؿشز)

F (5'-GGCTTGAAAAGCCATTGTTG-3') R (5'-CCCCAAAAAGAGAAGGAACC-3')

دس( آشودبى یدبطى ؿشز) 4گشم ؿشع Taq اصهخل اػشلبد ثب

6 طدهی DNA دبگشم 50 ؿدبهل هیششیشدش 20 بيی حجن

.گشكدز اجدبم دلیودشاص ایصجیش آؿبصگش، اؾ ش اص دیهل

گشاد ػبشی دسج94 دهبی دس ؿذى ثشبه حشاسسی ؿبهل اػشؿش

30 دهیو، 3 هذر ث 95 اػشؿدز دهدبی ثدب دهدبيی چشخد دسجد

گدشاد ػبشی دسج 55اسلبل ثبی، دهبی 30 هذر ث گشادػبشی ثد

ثبی 90 هذر ث گشادػبشی دسج 72 سثیش ثبی، دهبی 45 هذر

گشادػبشی دسج 72 بيی سثیش دهبی 10 هدذر ثد جدز دهیود

اص اطویدبى حلدل جدز .گشكدز كدسر ػبصی اػشؿش ػول

ثدب ( آشودبى هدشى ) اگدبسص طل سی دب و ظش هسد هطؼ سثیش

.ؿذذ اشششكسص دسكذ 5/1 ؿلظز

تؼييي تالی

ای دلیودشاص جز اكضايؾ دهز ساشی، هحلالر اؾ صجیدش

يي شس جبی سؼییي ساشی اػدز، لدى M13دس شس

ؿذ ػذغ بحی لى ؿذ دس گبم سؼیدیي سداشی )هدبشطى

آشوبى( جز جبگزاسی لئسیذبی كلسػغ داس ثب دشايوشبی

اخشلبكی صيش سثیش ؿذ.M13-F (5'-GTAAAACGACGGCCAG-3')

M13-R(5'-CAGGAAACAGCTATGAC-3') بی ثذػز آهذ، چى سودبهی سـییدشار ساشیدغ اص ثشسػی اشی

جلز ثبص هشاسداؿشذ ثدبثشايي ودیي 1-455لئسیذی دس كبكل

ب هشاس گشكز.سؼذاد هجبی هوبيؼ ساشی

ب تالی تحليل تدطي

اكضاس Bioedit شم سػط السی هشؽ ث هشث بیساشی لی اثشذا

Hall( ،1999دس ) دشدى وشديدق 6 اص ددغ ادؿدبم كبيدل يي

يب جبيگضيي، حزف ب، لئسیذبیساشی هـدخق ؿدذ اضدبك

دسى كبكدددل .ؿدددذ هـدددخق دددب بدلسیدددخ سؼدددذاد شیجددد دس ؿدددذ

لئسیدذی سدع (ششصيگػدیشی ) بدلسیذی بدلسیذی، سع

ودبساى، Arlequin 3.5 (Excoffier اكدضاس دشم سػدط

ثذػز آهذ ثد ودشا سداشی بیػذغ ساشی .ؿذ هحبػج (2005

190

Page 5: 1397 ييبپ ،120 ُبوasj.areo.ir/article_118056_bc4dc1a8d3f748aca51d9d3a29d4f84c.pdf1397 ييبپ ،120 ُبو یلاوت ا هدافتسا اب یرلا غ م ا یتیعمج

)دیشاددی هبصددذسای ددبی حبكددل اص وددیي بحیدد اص د ددظاد

وي ( ث1390هشذی )هحوذی وبساى، ( 1388وبساى،

سػط سي )2011 وبساى، (MEGA5 Tamura اكضاس شم5

NJ 7 ثدددش دبيدددML هشثطددد كیلدددطی دسخدددز ؿدددذذ وشديدددق

ویي ث .ؿذ ظاد سػن ػ ايي بی بدلسیخ ضديی سؼییي جز

دس هجدد بی ساشی ديگش ثب السی هشؽ (جبهغ) لی ساشی سؽ

كیلدطی دسخدز وشديدق ( NCBI ،2010) جدبی طى ثبي

بدلسیددخ ددبی ثذػددز آهددذ سػددط ثشبهدد .ؿددذ سػددن هشثطدد

Sequin ) 2010دس دبيگب اطالػبسی( NCBI .ثجز گشديذ

بحث تبيح

گشكدز دس هدبثوی یدض ثد اجبم خثی ث و 21 دس يبثی ساشی

ب دبس دشیل یلیز دبيیي ساشی يب ششدالػوی اص هجوػ داد

بی حبكل دس هطو ساشی شدى وشديق اص دغ .گزاؿش ؿذذ

HVR-I جلز ثدبص 455 حزف وب بخاب يي بحی ث طل

ثیـششيي سـییشر لئسیذی دس آى بحید هدشاس داؿدشذ هجدبی

هوبيؼ ساشی بی ثذػز آهذ هشاس گشكز. ددغ اص هوبيؼد سؼدذاد

ثشسػی هسد بیساشی ثیي اص بدلسیخ 3 ساشی حبكل، سؼذاد 21

5 داسای ؿذ سؼییي ثددذ )جدذل (SNP) ؿدل چذ جبيگدب

1).

دسى هـبذ ؿذ دس شیجد سـییدشار ؿل چذ جبيگببی سوبم

ايدي .ثد ودذيگش حبكدل ؿدذ ثدد دیشيویدذی ددسيی ثبصبی

هـبذ ؿدذ. ثیـدششيي 446 سب 199 ؿوبس اص ػوذ طس ث سـییشار

حذد دس ثد بدلسیخ ال ث هشث بدلئیذی ؼجی كشاای

(.1ؿددددذ )جددددذل هددددی ؿددددبهل سا هدددداسد اص دسكددددذ 2/76

بی برؼت آهر ذش و بی هصؽ الشی ب تفكيک خؽيت SNPبپلتيپ ب هقؼيت -1خر

هیضاى كشاای ثش حؼت جلز ثبص SNPههؼیز

446

306

281

217

199

كشاای دس

هشؿب

كشاای دس

خشػب

جوغ كشاای

)دسكذ(

بدلسیخ ؿوبس

TTACC8 8 (2/76 )161

T T A C T 0 3 (3/14 )32

CC GTT 2 0 (5/9 )23

ثبؿذهی اثؼش و سؼذاد ث ؿل چذ جبيگب سؼذاد جبآى اص

طدل ث ؿذ اػشلبد لئسیذی سع يؼی ديگش دبساهشش اص شزا

DNA لئسیدذی سلبر هشػط ذاسد ثؼشگی و اذاص

(. سددع1987، ثبؿددذ )Neiهددی جبيگددب ددش دس سدداشی د ثددیي

ؿدذ صد سخودیي 0002433/0±/00185 السی هشؽ دس لئسیذی

ثشای ( 002/0-019/0) اػز هوذاسی هحذد دس ايي هوذاس

سدع هوذاس (.Nei ، 1987) ؿذ اػز رش يبسير هجدار

ايي ؿذ ثشآسد 04095/0±/1205 حبضش جوؼیز دس بدلسیذی

ددبیاليددي ثددشای( 29/0-78/0) ؿددذ گددضاسؽ هحددذد دس ػددذد

(. هیدضاى 2008 ودبساى، (Muchadeyiاػز سجبسی گؿشی

سع لئسیذی بدلئیذی ثذػز آهذ دس هشؽ السی ثیـدشش اص

(.2هوبديش ثذػز آهذ دس هشؿبى هبصذسای هشذی ثد )جذل

191

Page 6: 1397 ييبپ ،120 ُبوasj.areo.ir/article_118056_bc4dc1a8d3f748aca51d9d3a29d4f84c.pdf1397 ييبپ ،120 ُبو یلاوت ا هدافتسا اب یرلا غ م ا یتیعمج

پلئيری هصؽ الشی بب ؼبيص گطاشـبت تع هلئتيری تع HRV-Iبی بحي هتص هقبيؽ ذشلر هلئتير -2خر

سؼذاد ظاد هشؽ

و

سؼذاد

بدلسیخ

سع دسكذ لئسیذی

SD±لئسیذی

سع

SD±بدلئیذی AGCT

- - 7/33 3/26 3/13 7/26 - - هشؽ الی

4095/0±/1205 00243/0±00185/0 15/30 65/27 99/12 22/29 3 21 هشؽ السی

7400/0±0085/0 0051/0±0032/0 2/30 6/27 1/13 2/29 6 19 هشؽ هبصذسای

8200/0±0969/0 0115/0±00689/0 43/33 26/ 71 43/13 26/ 41 5 10 هشؽ هشذی( اهشجبع 1390 هشؽ هشذی اص )هحوذی وبساى، (1388، هشؽ هبصذسای اص )دیشای وبساى، (Desjardins Morais ،1990)( اص Gallus gallus) اطالػبر هشث ث هشؽ الی

ؿذ اػز.

دػششػددی ددذ ثددب آهددذ ثذػددز ددبیبدلسیددخ بيددز دس

KF957610 KF957611KF957612 جبی ثبي دس

ثدب دظاد ايدي لدی ػذغ ساشی( NCBI،2010)گشديذ ثجز طى

كیلدطی ودداس .ؿدذ سؼیدیي آهذ ثذػز بیبدلسیخ اص اػشلبد

-سداشی ديگدش ثب السی هشؽ D-loop بحی HVR-Iساشی يخؾ

بی هشؽ هبصذسای هشذی ثجز ؿذ دس ثبي جبی طى سػن

1السی ثدب بدلسیدخ ؿدوبس 1هـخق ؿذ بدلسیدخ ؿدوبس

4 3السی ثدب بدلسیدخ ؿدوبس 2هبصذسای بدلسیدخ ؿدوبس

هبصذسای ضديی ثیـششی داسد 6 4هشذی بدلسیخ ؿوبس

هشدذی 2السی ثب بدلسیدخ ؿدوبس 3وچیي بدلسیخ ؿوبس

هبصذسای یض ضديی ثیـششی داسد ايي شدبي 2بدلسیخ ؿوبس

دذ ش ػ بدلسیخ هسد هطبشؼ دس ظاد السی اجذ ـبى هی

ثب د گ ثهی ثجز ؿذ دس ثبي طى هدی -ؿشايط طشیی هـبث

(.1ثبؿذ )ؿل

هشؽ بحی D-loop وداس كیلطی ساشی ثخؾ HVR-I 2ؿل

بی ثجز ؿذ دس ثبي جبی طى سا ـبى هی السی ثب ديگش ساشی

دذ هـخق ؿذ ساشی ايي بحی دس هشؽ السی ثب هشؽ ثدهی

ايدشاى، هدشؽ ثدهی آرسثبيجدبى، هشذی ايشاى، هشؽ ثهی هبصذسای

داس، شگدسى ػدلیذ، هدشؽ اثشيـدوی هدشؽ دلیور ساى دش خدط

جگلی خبؼششی )ػدشاسی( ضديدی ثیـدششی داسد د يدی اص

داليل ايي هـبثز سا هی سداى ثد دشادذگی ايدي دظاد دس ثیـدشش

هبطن ـس ايشاى ثخبطش اػشلبد اص يظگیبی وبيـی ػشگشهی

احشوبال اخشال طشیی آى ثب سد ب ػبيش ظادبی هشؽ ثدهی

هشسجط داؼز.

گيصی تيد

HVR-I هشذی هبصذسای، هشؽثب هشؽدس هشؽ السی ساشی بحی

داس، دلیودسشاى ػدلیذ، خدط ددش دلیوسشاىػلیذ،شگسىايشاى،

ايدي داسدثیـششیثهی آرسثبيجبى ضديی یوذـبيش هشؽ

ث ػلزاػزهويضديی اصهدشؽ السی ايدشاى طشیدی سـدبث

ثبؿذ. ثب سج ث شبي حبكل ظادباييثاجذادیطشين هـبثز

ساى اظبس ود دس جوؼیز هشؽ السی سع طشیدی ددبئیی هی

یدذ سجدبسی دس ثیـدشش جبيی د ظاددبی ددش سش جد داسد. اص آى

هبطن ـس يب جبيگضيي ظادبی ثهی ؿذ يب ثدب آدب اخدشال

يبكش اذ شضم سج جذی ث حلظ ايي رخبيش ثبسصؽ طشیی ثدیؾ

اص ددیؾ احؼدبع هدی ؿدد. چدشا د ددشسؽ ايدي دظاد ثد دشیدددل

ػبصگبسی ثب ؿشايط ثهی ش هطو وچیي ثد دشیدل اػدشلبد اص

لش ؿدددزايی خباسدددب ػدددذم یدددبص ثددد هددداد خدددسای ثبهیوبدددذ ػددد

ساذ بی ثهی هی اسداسی ث كشك اػز. وچیي ثجز ساشی ظاد

دس جز ؿبػبيی ايي ع ظادب ث هشخللبى اكالح ظاد وي

ؿبيبی وبيذ. اص طشكی ث ػلز ثدبال ثددى ؿدذر اشخدبة دس گلد

192

Page 7: 1397 ييبپ ،120 ُبوasj.areo.ir/article_118056_bc4dc1a8d3f748aca51d9d3a29d4f84c.pdf1397 ييبپ ،120 ُبو یلاوت ا هدافتسا اب یرلا غ م ا یتیعمج

هشؿبى ثهی ث ػاى بی سجبسی خطش اكضايؾ وخی دسآب،

يي رخیش طشیی ثباسصؽ هی ساذ ايي ویل سا دؿؾ دذ. اص

طشكی ايي ش واس ثبيدذ دس ظدش گشكشد ؿدد د سودبم شدبي

حبكل دس ايي سحوین هشث ث ثخؾ چی اص طم هدشؽ السی

هی ثبؿذ ثذيی اػز ثب اكضايؾ سؼذاد هببی طهی هسد هطبشؼ

اػز شبي ث گ ديگشی ثیبى ؿذ. هوي

بدلسیخ هشث ث هشؽ هشذی 5(، بدلسیخ هشث ث هشؽ السی )LAR 3( سشػین ؿذ ثب اػشلبد اص ساشی N-Jوداس كیلطی )وداس دسخشی -1ؿل

(MRA )6 MAZ( بدلسیخ هشث ث هشؽ هبصذسای )

193

Page 8: 1397 ييبپ ،120 ُبوasj.areo.ir/article_118056_bc4dc1a8d3f748aca51d9d3a29d4f84c.pdf1397 ييبپ ،120 ُبو یلاوت ا هدافتسا اب یرلا غ م ا یتیعمج

( ساشی لی هشؽ السی ثشخی ظادبی هشؽ هجد دس ثبي جبی طى ث وشا ذ دػششػی آب NJ)وداس دسخشیوداس كیلطی -2ؿل

تفكص قرشذای

ثذيػیل اص صحوبر آهبيدبى دشدش سشجدی ددس دشدش یدبی اص

ودبسی دس سید ؿج بی داهذضؿی السػشبى ؿدیشاص ثخدبطش

آيذ.و ب سـش هذسدای ثؼول هی

پاورقی ها 1-Mitochondrial DNA (mtDNA)

2-Control Region (CR)

3-Hyper Variable Regions (HVR)

4-Hot Start Tag Master Mix

5-Neighbor-Joining (NJ)

6- Alighnment

7-Maximum Likelihood (ML)

194

Page 9: 1397 ييبپ ،120 ُبوasj.areo.ir/article_118056_bc4dc1a8d3f748aca51d9d3a29d4f84c.pdf1397 ييبپ ،120 ُبو یلاوت ا هدافتسا اب یرلا غ م ا یتیعمج

هببغ

. ف ػلیجدبی، . آ هحوذ بؿدوی، . ى دیشای، . س گلدی، سضدبصاد

هدشؽ اص جوؼیشی هلشی سحلیل سجضي. (1388) .ف هجشی،

طددم HVR-I بحیدد سدداشی اص اػددشلبد ثددب هبصددذساى ثددهی

53كدلح 1ـبسصی جلذ. ثیسشطی هجل. هیشذسی

.66سب

. آ هحودذ بؿدوی . ؿجبع،. ى دیشای،. ف ثیگ، دؼش هحوذی

HVS-I ثخدددؾ سداشی سؼیدیي . (1390) طدددم D-loopبحید

ساثطدد سشػددین هشددذی ثددهی هددشؽ اص جوؼیشددی هیشددذسی

. الدی هشؿدبى ػبيش ثب آى كیلطی ػلدم دبی ددظؾ ـدشي

.9سب 1كلح 21 داهی.جلذ

(. هجددبی دددشسؽ یودد 1392شطلددی دددس، م.ف. سحیویددبى، آ. )

كؼشی ؿبخز هشؽ خدشع السی. چدبح ال، اشـدبسار

.42سب 14ب طاليی، كلح

Adebambo, A.O., Alabu, V., Mwacharo, J.,

Oladejo M., Adewale, M., Ilori, R.,

Makanjuola, L., Afolayan, B., Bjornstad, O.,

Jianlin, H. and Hanotte, O. (2009). Lack of

phylogeographic structure in Nigerian

village chickens revealed by Mitochondrial

DNA D-loop sequence analysis. Poultry

Science, 9:503-507.

Anderson, S.A.T., Bankier, G., Barrell, M.,

Bruijn, A., Couson, J., Drouin, I., Nierlich,

B., Roe, F. and Sanger, P.H. (1981).

Sequence and organization of the human

mitochondrial genome. Nature, 290:457-

465.

Bailes, S.M., Devers, J.J., Kirby, J.D. and

Rhoads, D.D. (2007). An expensive, simple

protocol for DNA isolation from blood from

blood for high-throughput genotyping by

polymerase chain reaction or restriction

endonuclease digestion. Poultry Science,

86:102-106. Cuc, N.T.K., Simianer H., Groeneveld, L.F.

and Weigend, S. (2011). Multiple maternal

lineages of Vietnamese local chickens

inferred by mitochondrial DNA D-loop

sequences. Asian-Australian Journal of

Animal Sciences, 24:155-161.

Ceccobelli, S. and Lorenzo, P.D. (2013).

Phylogeny, genetic relationships and

population structure of five Italian local

chicken breeds. Italian Journal of Animal

Science, 12:410-415.

Desjardins, P. and Morais, R. (1990). Sequence

and gene organization of the chicken

mitochondrial genome. A novel gene order

in higher vertebrates. Journal of Molecular

Biology, 212:595-634. Excoffier, L., Laval G and Schneider, S.

(2005). Arlequin version 3.0: an integrated

software package for population genetics

data analysis. Evolutionary Bioinformatics

(Online), 1:47-50.

Fumihito, A., Miyake, T., Sumi, S., Takada,

M., Ohno, S. and Kondo, N. (1994). On

subspecies of the red jungle fowl (Gallus

gallus gallus) suffices as the matriarchic

ancestor of all domestic breeds. National

Academy of Sciences of the United States of

American, 91:12505-12509.

Hall, T.A. (1999). BioEdit: a user-friendly

biological sequence alignment and analysis

program for windows 95/98 NT. Nucleic

acids symposium series 4:95-98.

Hallerman, E.M. (2003). Population Genetics:

Principles and application for fisheries

scientists. American Fisheries Society,

Bethesda, USA.

Muchadeyi, F.C., Edind, H., Woollny CBA.,

Groenereld, E. and Weigend, S (2008).

Mitochondrial DNA D-loop sequences

suggest a southeast Asian and Indian origin

of Zimbabwean village. Animal Genetics,

39:615-622.

National Center for Biotechnology Information

(NCBI) [Internet]. 1980. Bethesda (MD):

National Library of Medicine (US), National

Center for Biotechnology Information;

[1988] – [cited 2010 Apr 06]. Available

from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.

195

Page 10: 1397 ييبپ ،120 ُبوasj.areo.ir/article_118056_bc4dc1a8d3f748aca51d9d3a29d4f84c.pdf1397 ييبپ ،120 ُبو یلاوت ا هدافتسا اب یرلا غ م ا یتیعمج

Nei, M. (1987). Molecular Evolutionary

Genetics. Columbia university press, New

York.

Oka, T.Y., Nomura, K., Kawashima, S.,

Kuwayama, T., Hanada, H., Amano, T.,

Takadam, M., Takahata, N.,Hayashi, Y. and

Akishinonomiya, F. (2007). Analysis of

mtDNA sequences shows Japanese native

chickens have multiple origins. Animal

Genetics, 38:287–293. Silva, P., Guan, X., Ho-Shing, O., Jones, J.,

Xu, J., Hui, D., Notter, D. and Smith, E.

(2008). Mitochondrial DNA-based analysis

of genetic variation and relatedness among

Sri- Lankan indigenous chickens and the

Ceylon jungle fowl (Gallus lafayetti).

Animal Genetics, 40:1–9. Sultana, S. and Mannen, H. (2004).

Polymorphism and evolutionary profile of

mitochondrial DNA control region inferred

from the sequences of Pakistani goats.

Animal Science, 75:303-309. Tamura, K., Peterson D., Peterson N., Stecher

G., Nei M. and Kumar S. (2011). MEGA5:

molecular evolutionary genetics analysis

using maximum likelihood, evolutionary

distance, and maximum parsimony methods.

Molecular Biology and Evolution,

28(10):2731-2739.

Wallce, D.C. (1992). Mitochondrial genetics a

paradigm for aging and degenerative

diseases. Science, 256:628-632. Yacoub, H.A. and Fathi, M.M. (2013).

Phylogenetic analysis using D-loop marker

of mtDNA of Saudi native chicken strains.

Animal Science Journal, 44:5-6.

196