Práctica 1: Alineamientos Práctica 1: Alineamientos

• Partimos de un archivo de datos que contiene 5 secuencias de mRNA asociado a la CFTR archivo de prácticas

• Abrimos el ClustalX en la carpeta “Curso de verano” del escritorio de tu PC.

• Hay la opción de usar el Clustal via web• Cargamos el archivo de datos en la

aplicación ClustalX.

Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos

Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos

Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos

• La mandamos alinear sin perfil previo.

• Si aparecen gaps hay que eliminar esas columnas.

• Por último recortamos para quedarnos con secuencias de longitud 250.

Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos

Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos

Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos

Práctica 1: AlineamientosPráctica 1: Alineamientos

Práctica 2: DistanciasPráctica 2: Distancias

• Usaremos el paquete webPhylip en la dirección http://biocore.unl.edu/WEBPHYLIP/

• Usaremos el programa DNAdist

• Hay varias opciones( Kimura, J. Cantor, etc..)

• El resultado es una matriz que sirve de entrada para el siguiente paso.

Práctica 2: DistanciasPráctica 2: Distancias

Práctica 2: DistanciasPráctica 2: Distancias

Práctica 2: DistanciasPráctica 2: Distancias

Práctica 3: N-J, UPGMAPráctica 3: N-J, UPGMA

• Partimos de una matriz de distancias para calcular el árbol.

• Hay dos métodos, Fitch-Margoliash, Neighbor-Joining

• El resultado es una tabla con los tamaños de las ramas, un árbol elaborado con caracteres ASCII en un archivo de texto y un código para dibujarlo.

Práctica 3: N-J, UPGMAPráctica 3: N-J, UPGMA

Práctica 3: N-J, UPGMAPráctica 3: N-J, UPGMA

Práctica 3: N-J, UPGMAPráctica 3: N-J, UPGMA

Prática 4: Dibujar el árbolPrática 4: Dibujar el árbol

• Se puede hacer directamente en el paquete. El resultado sale en un archivo ps.

• Sólo hay que darle a la opción adecuada en la salida de la práctica anterior.

• Hay otros programas para dibujar árboles, la entrada es el código del que ya hablamos anteriormente.

Prática 4: Dibujar el árbolPrática 4: Dibujar el árbol

Prática 4: Dibujar el árbolPrática 4: Dibujar el árbol

Práctica 5: Máxima verosimilitud

Práctica 5: Máxima verosimilitud

•Usaremos los como entrada de datos una colección de secuencias alineadas sin huecos. •El resultado será un árbol, el más verosimil.•La entrada tiene varias opciones que examinaremos en detalle.

Práctica 5: Máxima verosimilitud

Práctica 5: Máxima verosimilitud

Práctica 5: Máxima verosimilitud

Práctica 5: Máxima verosimilitud

Práctica 5: Máxima verosimilitud

Práctica 5: Máxima verosimilitud

Práctica 5: Máxima verosimilitud

Práctica 5: Máxima verosimilitud

Práctica 5: Máxima verosimilitud

Práctica 5: Máxima verosimilitud

Práctica 6: Máxima parsimonia

Práctica 6: Máxima parsimonia

•Existen dos programas para hacer máxima parsimonia.•La diferencia básicamente consiste en el algoritmo de búsqueda de la solución optima en el espacio de árboles•El procedimiento es similar a los anteriores métodos•Lo haremos directamente sobre el programa

Práctica 7: Un poco de experimentación

Práctica 7: Un poco de experimentación

Esta práctica es un resumen de todo lo visto hasta ahora.Se trata de hacer un árbol de filogénia para las 14 especies citadas en el artículo

Práctica 7: Un poco de experimentación

Práctica 7: Un poco de experimentación

Paso 1: Buscar las secuencias en el genbank.

Práctica 7: Un poco de experimentación

Práctica 7: Un poco de experimentación

Paso 1: Buscar las secuencias en el genbank.

Práctica 7: Un poco de experimentación

Práctica 7: Un poco de experimentación

Paso 1: Buscar las secuencias en el genbank. Paso 2: Traerlas y grabarlas en formato FastaPaso 3: Alinearlas con Clustal y recortarlasPaso 4: grabarlas en formato PhyllipPaso 5: usar el paquete Phylip para hacer los distintos tipos de árboles y compararlos.

Práctica 8: Un poco más alláPráctica 8: Un poco más allá

En esta práctica se trata de comprobar la potencia de los distintos métodos de reconstrucción a partir de una matriz de distancias. Paso 1: Considerar un árbol de 6 especies:Paso 2: Calcular la matriz de distancias.Paso 3: Usar esa matriz para calcular los árboles por los distintos métodos y compararlos con el de partida.

Práctica 8: Un poco más alláPráctica 8: Un poco más allá

Paso 1: Considerar un árbol de 6 especies:

A

BC

D

E

F

1

12

32

2.52.5

1

11.5

Matriz de distancias

ABCDEF

A B C D E F0 2 6 10 10 10 0 6 10 10 10 0 10 10 10 0 5 5 0 2 0

Práctica 8: Un poco más alláPráctica 8: Un poco más allá

Práctica 8: Un poco más alláPráctica 8: Un poco más allá

Práctica 8: Un poco más alláPráctica 8: Un poco más allá