Post on 24-Jan-2016
BIOINFORMÁTICABIOINFORMÁTICA
Vicente Arnau LlombartVicente Arnau Llombart
E-mail: Vicente.Arnau@uv.es
BIOINFORMATICABIOINFORMATICA
BIOINFORMÁTICA es la aplicación de los ordenadores al estudio de la
Biología.
Software Hardware
El Genoma HumanoEl Genoma Humano
La molécula de ADN fue descubierta en 1951 por James Watson, Francis Crick y Maurice Wilkins empleando la técnica de difracción de los rayos X. En 1953, James Watson (izquierda) y Francis Crick (derecha) describieron la estructura en doble hélice de la molécula de ADN como una especie de escalera de caracol con muchos escalones. En 1962 ambos recibieron el Premio Nobel de Medicina por su trabajo.
El Genoma HumanoEl Genoma Humano
http://es.encarta.msn.com/
El Genoma HumanoEl Genoma Humano
La molécula de ADN tiene la estructura de una escalera formada por azúcares, fosfatos y cuatro bases nucleotídicas llamadas Adenina (A), Timina (T), Citosina (C) y Guanina (G).
El código genético queda determinado por el orden de estas bases, y cada gen tiene una secuencia única de pares de bases. Los científicos utilizan estas secuencias para localizar la posición de los genes en los cromosomas y elaborar el mapa del genoma humano.
El Genoma HumanoEl Genoma Humano
CGACCGAACATAATCAGCACTGTGATACAGAACAATGGAATTATTGGTCAAAATATGGATAGTCAATCCTCGTTGAGCTTGTAATTGAATTCCCCATGATTGGCATCAAAATTTGACCTTTTAATTTTTTACCATTTTTCGCAAATTTTGATGATGTTACCCCTTATCGAAAATGCAAAATTGGACCCAAAAATTGATTTTTCAAAATCCTTCAAAAAATTGATTTTGTCAGTTTGTATTGGTAAAAAGCTGTAAAAAAAAAGCTATTGGTTCATCTTTATAAGCATTTTTGGCCAAGTTATGAAGAAAAGACCATTCGTAAATAGCGGATTTTTCCAAAAACCGATTTTCCGAATTTCCATAATACATCAATAGGTTTTTGGCCATAACTTTGAAATAATAGTCTGAATTCGGAATGTCATATATCGTTGAGCTCGTAATTAAATTTCCATTCAAACTGTATTCAAAATTGGAATTCTATTTTTTACCAATTTTTTGCAAATTTTGATGATGTTACCCCTTACCGAAAATGCGAAAATCGACCCAAAATTTAATTTTTCAAAATCTTTCAAAAAGTGATAGGGATACTTAGTATTGGTAAAAAGCTGTAAAAAAACAGCCATTGGTTTATCTTTATGACCATTTTTAGGCAAGTTACGATGTATAGATCTTTTGCAAAAAGCGGATTTTTCCAAAAACCGATTTTCCATAATAAAATAATCTGTTTTTTGGCCATAACTTTAAAAATAAGAGTCTGAATACGGAATGCCATATCTCGCTGAACTCGTAATTACATTTTCATTCAAACTGTATTCAAAAATTGGAATTCTATTTTTTACCCATTTTTTGCAAATTTTGATGATGTTACCCCTTACCGAAAATGCGAAAATCGACCCAAAATTTAATTTTTCAAAATCTTTCAAAAAGTGATAGGGATACTTAGTATTGGTAAAAAGCTGTAAAAAACAGTCATTGGTTTATTTTTATGACCATTTTTAGGCAAGTTACGATGTATAGATCTTTTGCAAAAAGCGGATTTTTCCAAAAACCGATTTTCCATAATAAAATAATCTGTTTTTTGGCCATAACTTTAAAAATAAGAGTCTGAATATGGAATGCCATATCTCGTTGAGCTCGTAATTAAATTTCCATTCAAACTGTATTCAAAAATTGGAATTCTATTTTTTCCCATTTTTTGCAAATTTTGATATGTTACCCCTTACCGAAAATGCGAAAATCGACCCAAAATTAAATTTAAAATCCCTCAAAAAGTGATTGGGATAATTAGTATTGAATATCTCTTAAACTGTTATTCTTTTAACTATACGATCATTGTTAATCCAGTTTAGGCAAGTTACGATGTATAGATCTTTTGCAAAAAGCGGATTTTTCCAAAAACCGATTTTCCATAATAAAATAATCTGTTTTTTGGCCATAACTTTAAAAATAA
GA……
El Genoma HumanoEl Genoma Humano
Dogma central de la Biología Molecular
El Genoma HumanoEl Genoma Humano
El Genoma HumanoEl Genoma Humano
El Genoma HumanoEl Genoma Humano
Plegamiento de proteínas en dos pasos.
El Genoma HumanoEl Genoma Humano
U V C L U S T E RU V C L U S T E R
Programa de análisis de grafos.
Lee fichero de interacciones de base de datos DIP.
Crea Grafo de Interacciones y Tabla de Distancias.
Analiza la Tabla de Distancias.
Predice futuras interacciones.
G R A F O D E I N T E R A C C I O N E SG R A F O D E I N T E R A C C I O N E S
Leemos de la base de datos un conjunto de interacciones directas entre proteínas y creamos el grafo.
Bni1 Act1
Aip1 Srv2
Aip1 Act1
Pfy1 Act1
Pfy1 Srv2
Srv2 Sla1
G R A F O D E I N T E R A C C I O N E SG R A F O D E I N T E R A C C I O N E S
El grafo generado puede tener tantas proteínas como las existentes en cualquier especie.
G R A F O D E I N T E R A C C I O N E SG R A F O D E I N T E R A C C I O N E S
G R A F O D E I N T E R A C C I O N E SG R A F O D E I N T E R A C C I O N E S
Convertimos Grafo de Interacciones en Tabla de Distancias entre proteínas.
UVCLUSTER: ANÁLISIS DE TABLA DE DISTANCIASUVCLUSTER: ANÁLISIS DE TABLA DE DISTANCIAS
Opción A: Ejemplo de Pro_A y distancia de corte DC = 1.
UVCLUSTER: ANÁLISIS DE TABLA DE DISTANCIASUVCLUSTER: ANÁLISIS DE TABLA DE DISTANCIAS
Opción B: ejemplo de selección de 16 proteínas.
R E S U L T A D O SR E S U L T A D O S
R E S U L T A D O SR E S U L T A D O S
R E S U L T A D O SR E S U L T A D O S
R E S U L T A D O SR E S U L T A D O S
http://wilab.inha.ac.kr/interviewer/http://wilab.inha.ac.kr/interviewer/
El Genoma HumanoEl Genoma Humano
http://www.cecalc.ula.ve/bioinformatica/BIOTUTOR/ (curso de Bioinformática)
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/ (base de datos que contiene el código genético de todas las especies de las cuales se ha conseguido secuencias total o parcialmente su genoma).
http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/ (excelente página sobre plegamiento de proteínas. Con artículos de investigación actuales).
http://www.biocarampangue.dm.cl/enlaces.htm (muchos cursos sobre biología).
http://solon.cma.univie.ac.at/~neum/protein.html (buena página web sobre plegamiento de proteínas. Con muchos artículos, software, bases de datos, …).
El Genoma HumanoEl Genoma Humano
Pierre Baldi & Soren Brunak. "Bioinformatics. The machine learning approach". Second edition. A Bradford Book. The MIT Press, Cambridge, Massachusetts. London, England. ISBN: 0-262-02506-X. 2001.
Dan Gusfield. "Algorithms on Strings, Trees, and Sequences". Cambridge University Press. ISBN: 0 521 58519 8. 1997.
Attwood, T.K. & D.J. Parry-Smith. “Introducción a la Bioinformática”. Ed. Prentice Hall. 2002.
Bibliografía básica:
El Genoma HumanoEl Genoma Humano
Attwood, T.K. & D.J. Parry-Smith. 1999. Introduction to Bioinformatics. Addison Wesley Longman Limited, Edimburgo.
Baxevanis, A.D. & B.F. Francis Oullette (Eds.). 2002. Bioinformatics. A practical guide to the analysis of genes and proteins. 2nd Ed. Wiley-Interscience, New York.
Bishop, M. 1999. Bioinformatics. Taylor & Francis, UK.
Gibas, C. y P. Jambeck. 2001. Developing Bioinformatics Computer Skills. O'Reilly
Higgins, D. y W. Taylor. 2000. Bioinformatics: Sequence, structure and databanks. Oxford University Press.
Kanehisa, M. 2000. Post-genome informatics. Oxford University Press
Li, W-H. 1999. Molecular evolution. Sinauer Associates Inc., Massachusetts, 2nd. Ed.
Rashidi, H.H. and L.K. Buehler. 2000. Bioinformatics Basics. Applications in Biological Science and Medicine. CRC Press, Boca Raton.
Salzberg, S., D. Searls, and S. Kasif (Eds). 1998. Computational Methods in Molecular Biology. Elsevier Science.
Strachan, T. The Human Genome. 1992. Bios S.P.
Swindell, S.R., R.R. Miller y G.S.A. Myers. 1997. Internet for the Molecular Biologist. Horizon Scientific Press, Norfolk, UK.
Tisdall, J. 2001. Beginning Perl for Bioinformatics. O'Reilly
Bibliografía complementaria:
BIOINFORMÁTICABIOINFORMÁTICA
Vicente Arnau LlombartVicente Arnau Llombart
E-mail: Vicente.Arnau@uv.es
El futuro está aquíEl futuro está aquí